张志凯
- 作品数：27 被引量：131H指数：8
- 供职机构：中国疾病预防控制中心传染病预防控制所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家重点基础研究发展计划国家重大科学仪器设备开发专项更多>>
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- 炭疽芽胞杆菌基因组中串联重复序列拷贝数的分析
- 2006年
- 目的研究炭疽芽胞杆菌基因组中多位点串联重复序列遗传标记的遗传变异规律。方法根据文献上发表的串联重复序列位点,利用已发表的13对引物,对88株炭疽芽胞杆菌基因组DNA进行PCR扩增,扩增产物进行琼脂糖和聚丙烯酰胺凝胶电泳,利用凝胶影像分析软件对PCR产物DNA片段的碱基含量进行测算,计算出串联重复拷贝数。对部分PCR扩增产物DNA片段进行测序,利用DNAStar软件进行序列比对,分析不同菌株间的串联重复序列遗传变异规律。结果(1)炭疽芽胞杆菌基因组中的串联重复序列位置,同一菌株具有相对稳定的串联重复拷贝数。(2)88株炭疽芽胞杆菌DNA上的13个串联重复序列遗传标记中,有的串联重复序列拷贝数变异较小,有的却存在着复杂的多态性;(3)有些串联重复序列单位内的核苷酸数目不变,但核苷酸的排列组合有差异,不过其重复单位内都包含着一个相同的稳定不变的核心核苷酸序列。结论炭疽芽胞杆菌基因组DNA中串联重复序列可以精确定位,测定结果可以数值化,并且串联重复序列在菌株DNA中具有相对的稳定性,因此,串联重复序列是研究炭疽芽胞杆菌遗传特征的较好指标,具有鉴别炭疽芽胞杆菌菌株间差别的能力。
- 田国忠俞东征海荣魏建春马凤琴蔡虹张建华郑玉红付秀萍张志凯张恩民徐冬蕾
- 关键词：炭疽芽胞杆菌串联重复序列
- 初步研究我国土拉菌的亚种及遗传进化关系被引量：3
- 2011年
- 目的研究我国土拉弗朗西斯菌(土拉菌)亚种类型及各菌株之间的遗传进化关系。方法对于来源于我国北方地区的10株土拉菌,采用2种型特异引物C1C4和RD1进行PCR,根据扩增产物片段长度来判断所属亚种;同时,使用fopA、tul4和16SrRNA引物,进行3种特异基因的PCR,然后测序;这10株土拉菌及网上已公布基因组序列的3株B型土拉菌、1株subsp.novicida,应用MEGA4软件,进行3种特异基因为基础的系统进化分析。结果采用2种型特异引物C1C4和RD1,鉴定10株土拉菌均为B型亚种;根据MEGA4构建的进化树,我国10株土拉菌可以分为2种基因型,410108、410109和410111为B1型,另外7株土拉菌为B2型;而国外的3株B型土拉菌归为B3型。结论我国北方地区分离的土拉菌可能以B型为主,对于土拉菌B型亚种的起源,我国土拉菌可能早于欧美国家。3种基因为基础的系统进化分析可作为土拉菌基因分型的一种可靠方法。
- 王艳华海荣张志凯夏连续蔡虹梁莹申小娜俞东征
- 关键词：土拉弗朗西斯菌系统进化分析基因型聚合酶链反应
- 中国鼠疫耶尔森菌的分子生物学特征与遗传学意义被引量：5
- 2004年
- 目的 根据中国鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子生物学特征分析其遗传背景。方法利用实验研究中rRNA基因指纹图(ribotyping)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、随机扩增DNA多态性(RAPD)及插入序列(IS)等方面工作的原始数据,通过聚类分析等统计学手段,探究中国鼠疫菌株间的遗传学距离,分析各种方法作为鼠疫菌分子识别特征的意义。结果 rRNA基因指纹图型与脉冲场电泳型之间是相对应的,但同属于7拷贝rRNA基因的田鼠菌株与西藏仲巴菌株,其间的遗传学距离,却较6拷贝rRNA基因的菌株还远。而随机扩增型与rRNA基因型之间对应关系较不明确,有较多的例外情况。用相似值可以表示这些菌株之间的遗传距离。结论 中国的鼠疫菌具有多种独特的分子生物学特征,其中新疆灰旱獭疫源地和西藏南部冈底斯山地理环境复杂,有较多的自然屏障,使鼠疫菌在流行过程中,限于局部地区,各自独立进化,产生了相互混合存在的多种基因类型。
- 海荣俞东征魏建春夏连续史献明张志凯张恩民
- 关键词：鼠疫耶尔森菌遗传学分子生物学特征脉冲场凝胶电泳
- 鼠疫耶尔森菌基因组中IS100插入位点的特异性分析
- 2008年
- 目的通过鼠疫耶尔森菌基因组中插入序列IS100位点的特异性研究，对我国鼠疫菌基因组的构成类型和特点进行分析。方法以鼠疫菌东方变种C092全长序列为参考，选择5个位置的IS100位点，在IS100基因相邻两外侧设计1对引物，在IS100基因内设计1对向外引物使其分别能够与两外侧引物扩增。对来自13个生态型的91株鼠疫菌和1株假结核耶尔森菌进行PCR扩增，产物进行克隆测序分析，同时把各菌株的IS100位点情况标记在我国鼠疫疫源地类型概图上进行分析。结果实验所用91株鼠疫菌在所选定IS100位点出现含有和不含IS100的插入序列，基因片段组成相对C092序列已发生改变，而且这些IS100基因型的组成在我国鼠疫自然疫源地中呈现区域性分布。结论IS100基因型别分布与我国鼠疫菌疫源地分型分布基本一致．并直接反映了鼠疫菌基因组某特定位点的基因组成状况及其在进化过程中的高度流动性。
- 李丽娜俞东征海荣魏建春付秀萍张恩民张志凯马凤琴蔡虹张建华徐冬蕾
- 关键词：基因组
- 一种区分田鼠型与非田鼠型鼠疫耶尔森菌的PCR-RFLP方法
- 2014年
- 目的建立一种快速区分鉴别田鼠型与非田鼠型鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)的分子分型方法。方法设计特异引物对93株不同来源、不同生物型鼠疫菌的天冬氨酸酶基因(asp A)进行PCR扩增,用限制性内切酶Hpy CH4Ⅳ对扩增产物进行限制性片段长度多态性(RFLP)分析;直接测序法检测asp A基因多态性。结果 asp A基因扩增产物经Hpy CH4Ⅳ酶切后呈现2种基因型:田鼠型鼠疫菌(38株)均为101、126 bp 2个条带;非田鼠型鼠疫菌(55株)均为227 bp单一条带。测序结果证实酶切识别位点发生突变导致带型差异。结论初步建立了鼠疫菌PCR-RFLP(聚合酶链反应-限制性片段长度多态性)法asp A基因分型方案,通过Hpy CH4Ⅳ酶切带型差异区分高毒力的非田鼠型菌株与低毒力的田鼠型菌株,适用于疫源地流行病学调查。
- 郑霄夏连续海荣张志凯蔡虹尤鑫平静李伟
- 关键词：鼠疫耶尔森菌聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分子分型
- 内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段分型特征研究被引量：1
- 2016年
- 目的研究分离自内蒙古不同鼠疫疫源地、不同宿主和媒介的鼠疫耶尔森菌的差异区段基因型分布特征。方法选取内蒙古3个鼠疫疫源地分离的鼠疫耶尔森菌307株,采用差异区段分析法,设计24对引物进行DFR位点扩增分型,用Bio Numerics软件分析。结果通过差异区段分型方法共发现13种基因型,其中5种基因型（Gnm1-Gnm5）为本研究首次报道。长爪沙鼠疫源地有9种基因型,主要基因型为G11（71.8%,122/170）;达乌尔黄鼠疫源地有6种基因型,主要为G10（44.1%,41/93）和G11（35.5%,33/93）;布氏田鼠疫源地有4种基因型,主要为G14（90.9%,40/44）。3个疫源地均分布有G11型。结论内蒙古鼠疫耶尔森菌差异区段基因型分布具有明显的地理分布特征,对分析内蒙古鼠疫的传播和遗传演变具有重要的分子流行病学意义。
- 蒋羽李建云梁莹蔡虹彭遥王宇萌刘芳徐冬蕾王姝懿张志凯海荣张忠兵李伟范蒙光
- 关键词：鼠疫耶尔森菌分子流行病学
- 青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫疫源地鼠疫耶尔森菌遗传特征分析被引量：2
- 2018年
- 目的研究青藏高原喜马拉雅鼠疫疫源地那曲和比如地区鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)菌株的分子分型特征,确定具有该分型特征的鼠疫菌在青藏高原鼠疫疫源地的分布情况。方法应用板块重排、差异区段分析、间区规律短回文重复、多位点可变数目串联重复序列分析方法对分离自青藏高原地区、四川省、云南省的98株鼠疫菌进行分析。结果那曲和比如地区的鼠疫菌菌株中第57~60板块的排列方式与测序菌株Z176003一致,在其他实验菌株中未发现该重排特征。结论分离自那曲和比如的鼠疫菌菌株具有独特的分子分型特征,该特征在本地区的菌株中普遍存在,且菌株多态性持续分化。
- 王宇萌梁莹张恩民马娜申小娜蔡虹张志凯夏连续梁未丽代瑞霞李伟
- 关键词：鼠疫耶尔森菌青藏高原
- 基因和抗原检测技术在鼠疫监测中的应用与评价被引量：6
- 2007年
- 目的 对鼠疫特异性基因和抗原检测新技术进行鼠疫监测现场的应用及评价。方法检测来自鼠疫自然疫源地的各类标本中鼠疫菌DNA和F1抗原,采用多重PCR、胶体金免疫技术和酶联免疫吸附试验,与鼠疫菌培养和反向间接血凝试验进行平行对照。结果 使用5种方法平行检测鼠类、蚤类标本1798份,共判定鼠疫标本132份,总阳性率为7．34%;与单纯鼠疫菌培养阳性相比（113份,阳性率为6．28%）,其中鼠疫菌培养与基因、抗原检测的总阳性率为7．34%,与单纯检菌阳性率比较检出率提高16．81%,符合率达到97．13%。结论 在鼠疫监测中增加基因与抗原联合检测,可以提高鼠疫的确诊率。
- 海荣俞东征史献明张忠兵唐永娇王鹏夏连续魏绍振徐兵秦迎旭张志凯石国祥徐冬蕾蔡虹张恩民魏建春耿英芝黄德惠赵斌汪立茂马凤琴黄富王月张涛张建华
- 关键词：鼠疫耶尔森菌基因抗原
- 云南玉龙与青藏高原鼠疫菌差异序列的比对研究被引量：2
- 2019年
- 目的观察云南玉龙鼠疫菌株D106004和青藏高原鼠疫菌株Z176003在基因组上的差异及遗传学特征。方法应用BLAST软件,将鼠疫D106004和Z176003菌株编码序列(CDS)进行差异比对。选取22个差异CDS,设计相应引物22对,在来源不同(青藏高原喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地和云南齐氏姬鼠、大绒鼠鼠疫自然疫源地)、时间跨度约50年、分布地区包括西藏、青海、四川、甘肃、云南的6种生态型119株鼠疫代表性菌株进行PCR扩增,并将PCR产物测序验证。菌株均来自中国疾病预防控制中心传染病预防控制所传染病预防控制国家重点实验室。结果119株鼠疫代表性菌株的22个差异CDS,PCR扩增产物实际测序结果累计序列长度为2.13 × 10^6 bp;差异CDS在云南玉龙D106004与青藏高原Z176003菌株所属疫源地内119株鼠疫代表性菌株中同源性较高,78.2%(2 047/2 618)序列不存在差异,21.8%(571/2 618)序列上存在缺失、错义、移码3类基因突变差异。差异特征在疫源地6种生态型鼠疫菌株中稳定存在,呈现6种不同的地理分布。结论云南玉龙D106004和青藏高原Z176003菌株,二者同源性较高,亲缘关系相近,基因组上存在的差异较小,但不同生态型菌株的遗传性特征稳定存在.
- 王梅唐新元海荣俞东征梁莹张恩民张志凯申小娜李伟
- 关键词：自然疫源地
- 布氏田鼠鼠疫菌102 kb pgm基因座结构研究被引量：7
- 2003年
- 目的 研究布氏田鼠鼠疫菌株 1 0 2kbpgm基因座结构与其他类型鼠疫菌是否有区别 ,及其与布氏田鼠鼠疫菌株的独特特征的关系。方法 采用聚合酶链反应 (PCR)的方法 ,共设计 2 5对嵌套的引物 ,以喜玛拉雅旱獭鼠疫菌株和布氏田鼠鼠疫菌株的染色体DNA为模板 ,分段扩增该区域内的DNA ,选择差异较大的扩增片段进行克隆和测序 ,与已发表的序列比较。结果 布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座一端缺失了1 952个碱基 ,即插入序列IS1 0 0。另外 ,在测序的这段基因中 ,一类似于可变数量串联重复序列 (VNTR)的区域 ,布氏田鼠鼠疫菌比已发表的序列多出几个拷贝。结论 布氏田鼠鼠疫菌株的 1 0 2kbpgm基因座序列改变了 ,一端缺失了插入序列IS1 0 0 ,这就使得它的毒力岛不容易丢失 ,保持了 pgm+表现型的稳定 ;与其毒力的关系 。
- 张志凯俞东征张建华海荣蔡虹魏建春
- 关键词：鼠疫耶尔森氏菌布氏田鼠
