宁尚伟
- 作品数：9 被引量：4H指数：1
- 供职机构：哈尔滨医科大学生物信息科学与技术学院更多>>
- 发文基金：黑龙江省教育厅科学技术研究项目吴阶平医学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生文化科学更多>>
- lncRNA与癌症：生物信息学方法探索和挑战
- 研究证明长非编码RNA(lncRNA)在多种重大人类复杂疾病中起到重要调控作用,包括癌症的发生、发展与预后。因此,开发生物信息学算法、软件和数据库系统研究癌症风险lncRNA具有重要意义。近年来,我们课题组以癌症lncR...
- 宁尚伟
- 关键词：癌症生物信息学计算生物学
- 文献传递
- 复杂疾病关联的人类非编码RNA多态研究
- 宁尚伟
- 系列RNA-seq数据的表达模式聚类方法研究
- 2013年
- 目的转录组测序技术为研究特定组织细胞生理状态和分子水平变化提供有力方法。为了建立分子水平变化和组织细胞生理功能之间的关系并排除随机因素的干扰，需要建立基于系列RNA-seq数据的表达模式分析方法。方法本文提出了一种整合的方法（geneexpressionclustermethod，GECluster）用于对系列样本模式聚类。整合曲线拟合以及信息熵建立模型并提取特征属性，最后按照上面模型提供的特征属性对基因进行层次聚类分析。结果表达趋势一致的基因被很好地聚到一个类别中，功能富集分析发现这些基因具有很强的功能相关性，并与文献报道相吻合。结论GECluster可以更灵活客观对多样本系列RNA—seq数据挖掘共表达基因，为后期功能分析提供了更有效的研究方案。
- 赵辉曹峰林宁尚伟王乐天宿滨李霞
- 关键词：转录组测序信息熵聚类分析
- 基于基因功能相似性预测小分子药物与lncRNA的相关关系被引量：1
- 2017年
- 目的开发靶向表达失调的非编码RNA的小分子药物,以提供一种全新的癌症治疗策略。方法通过整合小分子与lncRNA的靶基因数据,基于基因功能相似性,构建小分子与lncRNA关联关系模型,预测小分子潜在相关的lncRNAs,对显著相关的小分子-lncRNA关联网络进行拓扑性和功能性分析,依据数据库和文本挖掘评价预测的小分子-lncRNA关系。结果得到280个小分子与79个lncRNA之间805对显著相关关系;网络中小分子节点呈现幂律分布;同一小分子靶向的lncRNA对共享疾病(5.0995×10-6),同一lncRNA关联的小分子对共享疾病(3.1577×10-28)和副作用(2.1668×10-67),并具有相似的化学结构(2.053×10-62);在慢性骨髓白血病、恶性胃肠道间质瘤中,MEG3、H19、HOTAIR与伊马替尼存在潜在关联;FENDRR与Glisoxepide在糖尿病肾病治疗中存在潜在关联。结论基于基因功能相关性为预测小分子相关lncRNAs提供了一条新途径,促进了癌症靶向治疗的发展。
- 吕莹丽王世缘闫琰宁尚伟付强杨磊
- 关键词：小分子
- 关于构建生物信息学专业研究生培养模式的改革与思考
- 2017年
- 目前,我国研究生招生规模仍在不断扩大,而研究生素质教育问题、教学质量问题已成为研究生教育改革的中心任务.《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010-2020年)》明确提出:'建立以提高教育质量为导向的管理制度和工作机制;建立健全教育质量保障体系'.因此,积极推进其培养机制的创新改革,提升导师队伍整体素质,实行研究生分类培养是提高培养研究生质量的关键.
- 王乐天肖云宁尚伟杨立明
- 关键词：生物信息学
- 基于GEO数据库分析支气管肺发育不良发生的关键基因及通路
- 2022年
- 目的:采用生物信息学方法分析支气管肺发育不良(bronchopulmonary dysplasia,BPD)发生的关键基因和信号通路。方法:在基因表达综合数据库(GEO)中筛选数据集,使用GEO2R工具筛选出BPD与非BPD极早早产儿之间的差异表达基因。使用DAVID数据库进行功能注释和通路分析,使用STRING在线工具完成关键差异表达基因的蛋白质相互作用(PPI)网络构建,通过Cytoscape软件筛选出核心基因,并对其进行可视化处理。结果:差异分析得到表达上调的基因375个,表达下调的基因390个;GO富集分析显示差异表达基因参与细胞对钙离子的反应、RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、心脏发育等生物过程;KEGG富集分析显示差异表达基因集中于胰高血糖素信号通路、乳腺癌信号通路。通过PPI网络筛选得到10个核心基因,分别为Jun原癌基因(JUN)、Fos原癌基因(FOS)、SWI/SNF染色体重塑复合体亚基4(SMARCA4)、激活转录因子3(ATF3)、早期生长反应蛋白1(EGR1)、Erb-b2受体酪氨酸激酶(ERBB2)、过氧化物酶体增殖物激活受体(PPARA)、FosB原癌基因(FOSB)、核受体亚家族4A组成员1(NR4A1)、胰岛素样生长因子1(IGF1)。结论:JUN、FOS、ATF3、EGR1基因可能在BPD发生发展过程中发挥重要作用。
- 颉相君张博吕莹宁尚伟曲书强
- 关键词：支气管肺发育不良生物信息学分析差异表达基因
- 浅谈医学院校生物信息学专业青年教师规范培训模式的建立被引量：1
- 2016年
- 随着我国高等教育大众化程度的不断深入,普通高校师资队伍结构发生了巨大的变化,青年教师已经成为当前高校教师队伍的主力军。加强青年教师教学能力建设,强化青年教师的教学规范性与创新性,提高教学和人才培养质量,建设一支结构合理、具备创新能力的高素质青年教师队伍,对促进高校可持续发展具有非常重要的意义。
- 王乐天肖云宁尚伟杨力明
- 关键词：生物信息学青年教师
