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基于微卫星标记的地理群体仿刺参遗传结构判别分析模型的建立: 2014年; 通过主成因判别分析法(discriminant analysis of principal component,DAPC)建立仿刺参个体水平地理亚群体来源的判别模型。实验运用了20个微卫星引物,对俄罗斯海参崴(RS)和中国大连两个亚群(CN1、CN2)3个仿刺参地理群体进行了产物扩增和标记分型,获得3个地理群体分子标记表型数据。开创性地运用主成因分析和判别分析法建立判别模型,以研究不同群体仿刺参个体水平上遗传背景及其群体来源。结果显示,运用20对微卫星引物在仿刺参不同地理群体中稳定扩增的136个等位基因位点数据建立的判别模型可以准确判别刺参个体的群体来源。用75%的原有数据集建立模型,剩余的25%数据对模型的准确度进行验证,3个群体时模型准确率大于80%,2个群体时模型准确性超过90%。传统的遗传多样性和遗传结构分析显示,刺参的3个地理群体间存在中度的遗传分化,且遗传距离较近(D1=0.18,D2=0.159)。传统分析方法和新方法结果良好的一致性表明,利用DAPC和微卫星等位基因信息建立的刺参地理群体判别模型,可以很好地用于未知遗传背景刺参种质的来源鉴别。; 高银雪常亚青庞震国白雪秋姬南京; 关键词：仿刺参杂交育种微卫星标记

草鱼乙酰辅酶A羧化酶基因全长cDNA克隆: 程汉良姬南京彭永兴申欣吴陈晨许建和董志国; 关键词：草鱼乙酰辅酶A羧化酶 RT-PCR RACE 全长CDNA

虾夷马粪海胆溶菌酶基因全长cDNA的克隆与表达分析被引量：5: 2013年; 本实验采用RT-PCR和cDNA末端快速扩增(RACE)技术克隆得到了虾夷马粪海胆(Strongylocentrotus intermedius)溶菌酶(LYZ)基因的全长cDNA序列。结果表明,虾夷马粪海胆LYZ基因全长为912 bp,含有1个480 bp的开放阅读框(ORF),编码159个氨基酸,其中第1 20个氨基酸为信号肽,蛋白计算分子量为17.69 kD,等电点为7.75。氨基酸比对分析表明,虾夷马粪海胆LYZ基因与紫球海胆(Strongylocentrotus purpuratus)和刺参(Apostichopus japonicus)的i型LYZ基因相似百分比分别为91.4%和59.3%,并且含有i型LYZ基因的保守序列DVGSLSCGP(Y)Y(F)QIK,所以推断本实验克隆的溶菌酶为i型。采用实时定量PCR方法,以β-actin为内标,对其在虾夷马粪海胆各组织中的表达进行研究,发现LYZ基因在围口膜中表达量最高,其次是齿间肌、管足、肠、体腔液、雄性性腺和雌性性腺。利用脂多糖(LPS)刺激虾夷马粪海胆,取刺激后不同时间的海胆体腔液,对该基因的表达差异进行分析。结果表明,虾夷马粪海胆的LYZ基因在LPS刺激后8 h时表达量最高,12 h时开始逐步回落,至36 h时回落至对照组相近水平。本结果可为虾夷马粪海胆免疫学研究及抗病相关分子标记的开发提供参考依据。; 姬南京杨芸菲丁君常亚青; 关键词：虾夷马粪海胆溶菌酶

草鱼乙酰辅酶A羧化酶基因全长cDNA克隆: 提取草鱼肝脏总RNA,采用RT-PCR和RACE方法扩增草鱼乙酰辅酶A羧化酶(ACC)基因的核心序列、3′末端和5′末端序列,克隆测序,将各片段序列组装得到草鱼ACC基因全长cDNA序列,并对所得到的序列进行生物信息学分...; 程汉良姬南京彭永兴申欣吴陈晨许建和董志国; 关键词：草鱼乙酰辅酶A羧化酶 RT-PCR RACE 全长CDNA

地下海水池塘六价铬还原菌的多样性研究: 2012年; 从六价铬超标的地下海水池塘中采集底泥,以2216E培养基添加重铬酸钾为手段,筛选出对六价铬离子具有抗性的特异菌株。用细菌通用16SrDNA引物进行PCR扩增,PCR产物纯化后连接pMD18-T载体,导入大肠杆菌感受态细胞。然后对插入片段测序获得分离培养菌株的16SrDNA碱基全序列。通过NCBI比对,对分离的抗性菌株进行分子鉴定,确定其所属的分类地位。用PHYLIP软件,对16SrDNA碱基序列构建系统进化树,分析地下海水池塘六价铬还原菌的多样性。试验结果获得8株对六价铬有明显抗性的菌株,测序后发现8株菌为不同种的菌株,16SrDNA核酸序列相似度为88%,与已发表的序列或菌株的相似性为98%以上,属于6个属的8个不同的种。研究结果表明,铬超标地下海水池塘的活性底泥中六价铬抗性细菌菌株多样性十分丰富,通过进一步的还原性研究,可以筛选出对六价铬有还原特性的抗性菌株。; 王淑芳姬南京程汉良; 关键词：多样性

六价铬还原菌的筛选分子鉴定及其还原特性的初步研究: 经测定检测地的地下海水重金属铬六价离子含量为4mg/L,是饮用水标准规定含量的400倍。本实验从使用地下海水作为养殖用水的池塘采集活性底泥,以2216E培养基添加重铬酸钾为手段,筛选对六价铬离子具有抗性及还原特性的菌株,...; 王淑芳姬南京吴晨晨程汉良; 关键词：分子鉴定

3个地理群体仿刺参D-loop序列的变异及系统发生分析被引量：10: 2014年; 为研究中国大连（CD）、朝鲜罗津（KN）和俄罗斯海参崴（RV）3个仿刺参群体的遗传结构，实验采用PCR扩增和测序技术，对3个群体共计71头仿刺参的线粒体D．100p序列进行了分析。结果显示，D—loop序列长度为447～465bp，平均A＋T含量（59．2％）显著高于G＋C含量；共检测到119个变异位点，多态位点比例为24．24％，其中简约信息位点为53个，共有40种基因型，群体共享基因型7个。遗传多样性参数分析显示，3个群体均显示出较丰富的遗传多样性；分子方差（AMOVA）分析表明，3个群体间遗传分化较弱或只有中度分化，且93．04％的变异来自群体内。CD群体与RV群体之间遗传距离最远，为0．042，KN群体与RV群体之间遗传距离最近，为0．0374。将本研究所得序列结合GenBank中青岛（QD）和威海（WH）仿刺参的D-loop序列构建系统发育树，QD与WH仿刺参首先聚为一小支，然后与CD群体聚为一大支，KN群体与RV群体聚为独立一支，这一聚类方式符合地理隔离模式。; 姬南京常亚青赵冲宋坚高银雪; 关键词：仿刺参遗传分化

3个群体刺参遗传多样性分析及AIF-1基因克隆与表达: 刺参(Apostichopus japonicus)隶属于棘皮动物门,广泛分布于太平洋西部的中国、俄罗斯、朝鲜、韩国与日本沿海,具有较高的营养和药用价值,是我国重要的养殖种类之一。近年来,由于刺参养殖规模的扩大,个体生长...; 姬南京; 关键词：刺参基因克隆种质改良

仿刺参3个地理群体ITS1序列变异及系统发生分析: 2014年; 利用核糖体DNA第一内转录间隔区（Internal transcribed spacer 1,ITS1）序列,对中国大连（CD）、朝鲜罗津（KN）和俄罗斯海参崴（RV）仿刺参Apostichopus japonicus 3个群体的遗传结构进行分析。结果表明：经PCR扩增、克隆测序,获得长度为517~519 bp、524 bp两种类型的ITS1核苷酸序列,平均G＋C含量（64.5%）显著高于A＋T含量（35.5%）;在仿刺参30个个体61条序列中共检测到49个变异位点,多态位点比例为9.33%,其中有4个简约信息位点,共有40种基因型,群体共享基因型为2个;遗传多样性分析表明,3个群体的遗传多样性丰富;分子方差分析显示,88.65%的变异来自于群体内部,群体间遗传分化较弱或中度分化;根据群体间遗传距离进行的聚类分析发现,KN群体与RV群体的亲缘关系较近,CD群体与KN、RV群体的亲缘关系较远。; 姬南京常亚青高银雪赵冲宋坚; 关键词：仿刺参遗传分化

六价铬还原菌的筛选分子鉴定及其还原特性的初步研究: 经测定检测地的地下海水重金属铬六价离子含量为4mg/L,是饮用水标准规定含量的400倍。本实验从使用地下海水作为养殖用水的池塘采集活性底泥,以2216E培养基添加重铬酸钾为手段,筛选对六价铬离子具有抗性及还原特性的菌株,...; 王淑芳姬南京吴晨晨程汉良; 关键词：分子鉴定

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