吕宏
- 作品数：2 被引量：24H指数：1
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 发文基金：国家科技部专项基金国家自然科学基金中国科学院科研项目更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- SARS相关病毒(BJ01株)的全序列及其比较分析被引量：23
- 2003年
- 严重急性呼吸综合征(SARS)是一种新发现的急性传染病。对一株已确认为SARS病原体的冠状病毒(BJ01)进行了全基因组序列测定,并与其他已知病毒进行了比较分析。该病毒基因组全长为29.725kb,含11个可读框(ORFs),由1个稳定区和1个可变区组成,其中稳定区编码RNA依赖性RNA聚合酶,包括两个ORFs;可变区含有4个蛋白质编码序列(CDSs),分别编码病毒的4个结构蛋白(S,E,M,N蛋白)。此外,可变区还包括5个非典型的预测蛋白(PUPs)。此病毒基因的排列顺序与其他已知的冠状病毒一致。通过与已知RNA病毒的序列比对,可以确认该病毒属于冠状病毒科(Coronaviridae)。与GenBank中已知的5个SARS相关病毒全基因组序列的比较分析显示,已在30个核苷酸位置上检出序列差异,总体突变率为0.1％,其中15个变异位点在编码区,可能会导致蛋白质的氨基酸改变(异义突变)。S蛋白中已发现3处可能引起该蛋白质物化特征变化的变异,而该蛋白质可能参与病毒与宿主间的免疫反应.与病毒包膜形成相关的M蛋白中则已发现两处氨基酸变化。进化分析表明,SARS病毒可能不是来源于人类,但没有证据证明是人为制造的。为了阐明SARS相关病毒的病因学以及排除其他可能的SARS病原体的存在,仍需进行更深入的研究。
- 秦鄂德祝庆余于曼范宝昌常国辉司炳银杨保安彭文明姜涛刘伯华邓永强刘洪张雨王翠娥李豫川甘永华李晓萸吕富双谭刚曹务春杨瑞馥汪建李蔚徐祖元李彦吴清发林伟陈维军唐琳邓亚军韩玉军李昌峰雷蒙李国庆
- 关键词：冠状病毒基因组系统发生学
- 正反向测序信息在全基因组序列拼接及分析中的应用被引量：1
- 2004年
- 插入片段双末端正反向测序信息(double-barreleddata,DB信息)已广泛应用于大基因组测序组装项目.根据绘制籼稻全基因组工作框架图的经验,总结了DB信息在序列组装流程中的应用,同时,在原有基础上提出了改进的DB信息使用方法,包括基因组序列拼接、质量检验和重叠群的连接.此外,进一步提出了DB信息在下游数据分析过程中新的应用,包括利用DB信息获得基因组文库中每个克隆所包含的基因组片段的精确信息,以及在此基础上设计低成本全基因组基因芯片的一种基因芯片设计新方法.随着待测序物种的逐年增多,相信正反向测序信息在基因组测序组装工作,以及后续的基因组研究中将发挥越来越重要的作用.
- 韩玉军倪培相吕宏叶葭胡建飞陈晨黄显刚丛丽娟李光远王晶顾孝诚于军李松岗
- 关键词：基因组测序全基因组序列基因芯片基因组研究基因组文库
