丁彦蕊
- 作品数：58 被引量：152H指数：6
- 供职机构：江南大学生物工程学院工业生物技术教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央高校基本科研业务费专项资金教育部留学回国人员科研启动基金更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术化学工程理学更多>>
- 3D卷积神经网络的结构优化及中枢神经系统药物的识别被引量：1
- 2020年
- 该文研究了如何利用3D-CNN识别中枢神经系统(CNS)药物和non-CNS药物。首先,构建CNS药物和non-CNS药物数据集并优化小分子构象;然后,以3D网格矩阵编码小分子结构,作为3D-CNN模型的输入;接着,在模型训练中,采用正交实验法对3D-CNN模型的超参数进行快速优化;最后,使用外部测试集检验模型,达到ACC为84.3%,MCC为0.685,AUC为0.884的泛化性能。实验表明,在正交实验法获取可靠超参数组合的基础上,3D-CNN模型对于CNS药物的识别具有良好效果,所构建的模型为设计新的CNS药物提供了基础。
- 张瑞林丁彦蕊
- 关键词：正交实验
- BP和概率神经网络预测微生物热稳定性的比较被引量：1
- 2012年
- 微生物的热稳定性与代谢网络的拓扑特征之间存在着密切的关系。分析了460个微生物的22个代谢网络拓扑特征,分别利用BP神经网络和概率神经网络建立分类模型,以比较两种算法预测微生物热稳定性的效果。通过分析隐层数目和扩展常数对分类效果的影响发现,相对于BP神经网络,简单易用、稳定性好的概率神经网络更适合于从代谢网络特征角度预测微生物的热稳定性。当耐热菌与常温菌数比例为1∶1、扩展常数为0.09时,概率神经网络对常温菌、耐热菌的预测率分别为72.83%和82.61%。预测率也表明,聚集系数、介数等代谢网络拓扑特征影响着微生物的热稳定性。
- 丁彦蕊徐星宇须文波
- 关键词：BP神经网络概率神经网络
- 基于SVM和KNN的蛋白质耐热性分类被引量：2
- 2007年
- 以氨基酸含量为特征向量,研究了SVM和KNN预测蛋白质耐热性的准确度。结果表明,基于SVM的分类效果较好,其局部预测率和全局预测率分别为82.4%和83.4%;而基于KNN方法的局部预测率和全局预测率分别为77.6%和79.9%。两种方法的预测率均表明氨基酸含量是影响蛋白质耐热性的主要因素。
- 丁彦蕊蔡宇杰孙俊须文波
- 关键词：氨基酸含量SVMKNN
- 工业色谱仿真软件的开发被引量：4
- 2003年
- 采用Visual C++6.0开发了工业色谱仿真软件。软件可广泛用于工业色谱过程的理论分析及分离条件优化,用户可自由地设定各种色谱参数。软件中偏微分方程组的求解采用了有限元法。软件分层设计的思想,利于软件的维护与升级。
- 蔡宇杰丁彦蕊须文波彭奇均刘海东
- 关键词：色谱分析仿真软件软件开发VISUALC++6.0有限元化工生产
- 基于氨基酸组成预测蛋白质热稳定性的v-支持向量机方法(英文)被引量：6
- 2005年
- 支持向量机有许多优点:有效防止过拟和,适合大的特征空间,给定数据集的信息压缩。本文首次利用支持向量机从氨基酸组成来预测蛋白质的稳定性。总预测率可以达到80.64%,对嗜热蛋白质的预测率为82.50%,对嗜温蛋白质的预测率为80.29%从预测率可以验证氨基酸组成与蛋白质热稳定性成正相关的关系,支持向量机可以成为基于氨基酸组成预测蛋白质热稳定性的有效工具。
- 丁彦蕊蔡宇杰须文波
- 关键词：蛋白质热稳定性
- SVM的参数优化及在耐热酶和常温酶分类中的应用被引量：1
- 2010年
- 氨基酸的组成是影响蛋白质耐热性的主要因素之一,所以以20种氨基酸所占比例作为特征向量,利用支持向量机(Support vector machine,SVM)预测蛋白质的耐热性。在比较了几何方法、SVM-KNN和重复训练3种参数优化的方法之后,从中选择了几何方法来优化SVM分类器的参数,并使预测率从85.4%提高到88.2%。从预测率上可知:(1)几何方法优化SVM参数可以有效地提高预测率;(2)氨基酸含量与酶的耐热性之间存在极强的相关性。
- 张正阳须文波丁彦蕊
- 关键词：支持向量机氨基酸含量参数优化
- 机器学习预测ACEI的比较与分析被引量：2
- 2017年
- 血管紧张素转换酶抑制剂(ACEI)对高血压的治疗具有重要意义。基于从结构复杂的化合物数据库中构建的候选小分子数据集,采用分子对接技术从数据集中筛选出样本构建分类模型。分别采用支持向量机、K近邻、决策树、随机森林和贝叶斯方法建立血管紧张素转换酶潜在抑制剂和非抑制剂的分类模型。经结果对比,支持向量机相比于其他方法有更高的预测率,其中模型总体预测率和相关系数分别为82.4%和0.653。研究表明,支持向量机方法对于虚拟筛选血管紧张素转换酶抑制剂具有良好的效果。
- 胡明伟丁彦蕊
- 关键词：分子对接支持向量机
- 产甲烷常温菌和嗜热菌代谢网络特征的比较研究被引量：1
- 2011年
- 以产甲烷的常温古细菌Methanosarcina acetivorans(MAC)和嗜热古细菌Methanopyrus kandleri(MKA)的代谢网络为研究对象,分析了网络的拓扑结构与功能之间的关联性。本文利用Networkx计算了代谢网络的度、度的中心性、紧密度中心性以及介数中心性等参数值,通过比较分析发现常温古细菌MAC和嗜热古细菌MKA存在氨基酸代谢以及碳水化合物代谢保守途径,且都具有明显更高的度。结果同时表明子途径00010(糖酵解/糖异生)、00020(柠檬酸循环)、00250(丙氨酸、天冬氨酸和谷氨酸代谢)是常温古细菌MAC与嗜热古细菌MKA2个生物体的重要途径。
- 陈璟丁彦蕊须文波
- 关键词：代谢网络古细菌产甲烷菌
- 基于PCA-SVM混合算法的嗜热菌和常温菌网络特征的研究
- 2012年
- 通过比较嗜热菌和常温菌代谢网络的特征参数,可以从系统角度确定微生物嗜热性的主要因素。本文首先利用主成分分析法对22个网络特征进行相关性分析,根据特征值、载荷值的大小最终选择了11个主要网络特征:用选出的这11个网络特征组成特征向量,利用支持向量机构建分类器,对嗜热菌和常温菌进行分类,其全局平均预测率为82.93%,对常温菌和嗜热菌的平均预测率分别为87.86%和72.40%。结果表明利用主成分分析法选择的网络特征可以很好的表征嗜热菌和常温菌的耐热性,因此簇大小分布的平均信息等11个网络特征是影响微生物耐热性的关键的代谢网络特征因素。
- 王文超丁彦蕊陈璟
- 关键词：SVM算法网格搜索网络特征
- 校园网络改造与实现被引量：2
- 2010年
- 随着学院规模的不断扩大，网络应用对于学院日常工作的开展也越来越重要。此项目是升级学院原有网络，局域网能够控制一些流行病毒如ARP病毒、蠕虫病毒、木马病毒等严重危情网络的病毒，能够使几个校区之间互访校区间的网络资源。改造过校园网络，通过使用现代化的技术设备及网络软件资源，更新教育观念，改变传统的教育教学模式和学习方式，从而最大限度地提高教学管理水平和教学质量。
- 何岳何岳
- 关键词：网络教学质量
