王骏
- 作品数：15 被引量：33H指数：2
- 供职机构：南京大学物理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家杰出青年科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学自动化与计算机技术环境科学与工程更多>>
- 基于卷积神经网络的蛋白质折叠类型最小特征提取被引量：1
- 2020年
- 通过蛋白质的序列、结构等信息构建完整的蛋白质宇宙是生物信息学中的重要课题,相关研究对蛋白质结构预测、蛋白质进化路径分析以及蛋白质结构设计等方面的研究都有重要的意义.从蛋白质结构的一种简化表示——蛋白质接触图出发,通过训练卷积神经网络进行特征提取,筛选出可识别结构域折叠类型的最小特征向量,构建蛋白质折叠类型空间,并使用谱聚类等方法对不同蛋白质折叠类型的高维分布情况进行分析.得到的最小特征向量兼顾了信息的完整性与冗余度,可以很好地表示全部七种常见蛋白质类的空间关联.该研究结果填补了之前蛋白质宇宙研究中对不常见类的空间位置和相互关系描述的空白,加深了对于蛋白质结构相似性的理解.
- 潘越王骏王骏张建李文飞
- 关键词：卷积神经网络
- 蛋白质复杂性简化和折叠动力学研究
- ＜正＞ 蛋白质折叠是一个重要的学术问题,物理上,90年代以来人们提出了折叠漏斗的概念。尔后,有关折叠模型的动力学以及简化的模型研究成为热门。蛋白质是由20类氨基酸组成的大分子链,具有序列组合和空间构型复杂性。人们一直在寻...
- 王炜王骏樊克
- 文献传递
- 用DMD方法比较两态蛋白与三态蛋白的折叠机制
- 2005年
- 用离散分子动力学方法研究了两态蛋白c-Crk SH3和三态蛋白Human-αlactalbumin(-αLA)折叠机制的差异.结果表明c-Crk SH3只存在折叠态和去折叠态两种稳定构象,约化转变温度Tf*=0.665.-αLA除了折叠态和去折叠态,还存在一个稳定的中间态,位于约化势能E*=-230附近.中间态的构象为β核保留而α核被破坏的构象.-αLA在约化温度T1*=0.615和T2*=0.65处发生两次一级相变,分别对应于α核被破坏和β核被破坏.造成这种折叠机制差异的原因来源于两种蛋白各自特定的高级结构间的差异,由此有效验证了分子生物学中“结构决定功能”的论断.
- 郑华王骏薛彬蒋昌忠
- 关键词：蛋白质折叠HUMANΑ-LACTALBUMIN
- 蛋白质结构涨落的临界性
- 近来，我们基于蛋白质NMR结构数据，分析了蛋白质结构涨落的相关特性，揭示了蛋白质结构涨落具有临界性的特征。这为我们展示了天然蛋白质的一种新的普适特征。这种动力学特征与蛋白质本身的序列、结构之间的关系是怎样的？其物理来源是...
- 王骏王炜
- 关键词：蛋白质临界性
- 蛋白质表示简化的物理研究被引量：9
- 2000年
- 文中概要地描述了“蛋白质折叠”的问题及其统计研究方法 ,并针对根据氨基酸之间相互作用特性进行的氨基酸和蛋白质简化研究进行了较为细致的论述和讨论 ;并指出通过这样的分析 ,我们不仅可以对蛋白质具体的简化字母表示有一定的了解 ,而且对于我们进一步了解蛋白质序列 结构关系有很大的帮助。
- 王骏王炜
- 关键词：蛋白质折叠蛋白质分子
- 与激光聚变、自然灾害和深空探测等相关的非线性动力学斑图和轨道稳定性研究2013年度报告
- 2016年
- 在激光聚变的稳定性分析和刻画方面,针对激光聚变中预热烧蚀RT不稳定性、界面流体不稳定性、激光-等离子体相互作用中的多种不稳定性现象开展全面的研究,对不稳定性导致的斑图演化定量规律、多种不稳定性的竞争以及多种因素对不稳定性的影响,开展了系统研究;并提出了若干控制和抑制相应不稳定性的方案。在大气海洋波动及固体灾变的研究方面,一方面围绕固体灾变,开展了局部化触发灾变破坏的理论模型研究,并针对多种脆性材料开展了实验观测,取得了阶段性的进展;另一方面,研究了一类带快震荡随机力的三维海洋原始方程组,证明了其不变测度的存在性和在分布意义下的收敛性;研究了无界区域中的带随机外力的二维准地转方程,克服了无界区域没有紧性的困难,证明了该随机方程随机吸引子的存在性。还针对地震波算子、不可压NS方程整体稳定性等问题开展了研究。这些都稳步推进了大气海洋方程波动的研究。在深空探测的轨道设计及相关基础理论方面,一方面在Arnold扩散的基础理论方面取得了关键性进展;另一方面针对平运动共振、小行星动力学特征等问题开展了系统的研究,为精细太阳系模型的发展开展了很多方法和计算上的准备,还围绕深空航天器轨道设计多个子课题开展了系统的研究,取得了突出的成果,形成了具有重要应用价值的程序库,为进一步研究奠定了基础。在生物信号转导动力学和调控机制的研究方面,围绕p53介导细胞命运抉择、转录终止子调控,小RNA对靶基因m RNA的调控等方面开展了系统的研究,并取得了阶段性的成果。我们还针对多种信号网络的同步、信号转导等过程开展了多角度的研究。CVTree3网络服务器新版本的编程已完整,正在内部试运行,很快即可发布。
- 王炜王骏
- 关键词：激光聚变灾变深空探测生物信号转导
- 生物大分子多尺度理论和计算方法被引量：2
- 2015年
- 分子模拟是研究生物大分子的重要手段.过去二十年来,人们将分子模拟与实验研究相结合,揭示出生物大分子结构和动力学方面的诸多重要性质.传统分子模拟主要采用全原子分子模型或各种粗粒化的分子模型.在实际应用中,传统分子模拟方法通常存在精度或效率瓶颈,一定程度上限制了其应用范围.近年来,多尺度分子模型越来越受到人们的关注.多尺度分子模型基于统计力学原理,将全原子模型和粗粒化模型相耦合,有望克服传统分子模拟方法中的精度/效率瓶颈,进而拓展分子模拟在生物大分子研究中的应用范围.根据模型之间的耦合方式,近年来发展起来的多尺度分子模拟方法可归纳为如下四种类型:混合分辨多尺度模型、并行耦合多尺度模型、单向耦合多尺度模型、以及自学习多尺度模型.本文将对上述四类多尺度模型做简要介绍,并讨论其主要优缺点、应用范围以及进一步发展方向.
- 李文飞张建王骏王炜
- 关键词：生物大分子分子模拟粗粒化
- 融合结构知识的蛋白质预训练模型进展
- 2024年
- 自然语言和图像处理领域引发的人工智能革命给蛋白质计算领域带来了新的思路和研究范式.其中一个重大的进展是从海量蛋白质序列通过自监督学习得到预训练的蛋白质语言模型.这类预训练模型编码了蛋白质的序列、进化、结构乃至功能等多种信息,可方便地迁移至多种下游任务,并展现了强大的泛化能力.在此基础上,人们正进一步发展融合更多种类数据的多模态预训练模型.考虑到蛋白质结构是决定其功能的主要因素,融合了结构信息的蛋白质预训练模型可更好地支持下游多种任务,本文对这一方向的研究工作进行了介绍和总结.此外,还简介了融合先验知识的蛋白质预训练模型、RNA语言模型、蛋白质设计等方面的工作,讨论了这些领域目前的现状、困难及可能的解决方案.
- 汤天一熊翊名张睿格张建李文飞李文飞王骏
- 关键词：蛋白质结构
- 二氧化硫分子通过增强二次成核促进纤维的生长:基于分子动力学的模拟研究被引量：2
- 2016年
- 空气污染是一种常见的现象.空气污染物是诱发各类疾病的重要因素之一.以二氧化硫分子为代表,研究了它与Aβ17-42原纤维之间的相互作用.伞形抽样模拟表明,二氧化硫分子的引入减少了纤维的解离自由能.分析各氨基酸残基结合二氧化硫的频数得知,二氧化硫分子更容易动态地结合到疏水性氨基酸残基的骨架上,同时也容易结合到带电的氨基酸残基上进而削弱盐桥相互作用,但是对这些相互作用的削弱是非常微小的,不足以破坏原纤维的结构.通过非线性主方程分析,我们发现二氧化硫分子加速了Aβ17-42二次成核过程,同时缩短了迟滞时间而加速纤维的聚集过程.通过这些计算,我们定量地揭示了空气污染物与蛋白质相互作用的特征,期望我们的结果为当今社会评估污染物的健康效应提供宝贵的参考信息.
- 康文斌夏耘王骏王炜
- 关键词：二氧化硫分子动力学模拟
- 蛋白质动力学理论研究中的计算机模拟方法被引量：18
- 1997年
- 蛋白质是生物体中一种十分重要的高分子物质。蛋白质分子有着自身所特有的化学、物理结构;在溶液中蛋白质分子不仅自身不同部分间存在着相互作用,而且还与溶剂分子间发生着复杂的相互作用,这些都很大程度上影响到分子的结构和演变过程。为了对蛋白质分子进行模拟,很有必要建立适当的描述蛋白质分子结构的模型,引入合理的模型基元间的相互作用,并采用有效的方法进行模拟,本着贴近现实和方便模拟的原则,在本文中我们系统地总结了近年来蛋白质动力学及其物理特性,特别对其模型、势能及模拟方法进行了着重介绍。为了增加一些感性认识,文中还就实验分析、折叠的协作性、搜寻保守残基和动力学过程的熵效应和阻挫效应等几个专题进行了应用介绍。
- 王骏王炜
- 关键词：蛋白质分子动力学计算机模拟
