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洪骥

作品数:2 被引量:2H指数:1
供职机构:复旦大学计算机科学技术学院更多>>
发文基金:国家教育部博士点基金国家自然科学基金更多>>
相关领域:自动化与计算机技术更多>>

文献类型

  • 2篇中文期刊文章

领域

  • 2篇自动化与计算...

主题

  • 1篇大网络
  • 1篇大型网络
  • 1篇生物信息
  • 1篇生物信息学
  • 1篇数据挖掘
  • 1篇最短路径
  • 1篇网络
  • 1篇下一代
  • 1篇基因
  • 1篇编码方法
  • 1篇PLUS
  • 1篇RED
  • 1篇BWA

机构

  • 2篇复旦大学

作者

  • 2篇洪骥
  • 2篇陈垚亮
  • 2篇肖仰华
  • 1篇徐丹枫

传媒

  • 2篇计算机研究与...

年份

  • 2篇2011
2 条 记 录,以下是 1-2
排序方式:
BWA Plus:一个基于频繁序列的下一代基因比对工具被引量:2
2011年
如何提高下一代基因序列比对是当前生物信息学中一个重要的问题.当前广泛使用的下一代基因序列比对方法BWA由于需要对基因片段在一定编辑距离内进行模式穷举,会浪费大量的计算资源与时间.所介绍的演示系统基于BWA,提出了一种结合数据挖掘方法的匹配剪枝策略,能大大降低穷举模式的代价,从而显著提高算法效率.实验表明,本系统相比时下流行的系统效率提升20%左右,并且能够输出成通用的输出格式,已具备实用性.
陈垚亮洪骥崔万云肖仰华
关键词:BWAPLUS数据挖掘生物信息学
RED:一种面向大型网络的快速最短路径编码方法
2011年
寻找任意点对之间的最短路径是图数据管理中典型的、重要的基本操作之一.随着各种大型网络数据的不断涌现,实现实时的最短路径查询已成为当前图数据管理领域迫切需要解决的问题.为此,通常需要通过预计算最短路径并将其组织成为合适的索引结构,从而实现常量时间内的最短路径查询(SPQ)回答.然而,直接的最短路径索引方案需要消耗O(N2)的空间代价,这对于大型网络而言是无法承受的.针对这一问题,基于最短路径的第1跳划分表示方法提出了一种基于区间树的编码优化方法RED(region tree based encoding)以及相应的索引和查询方案.模拟网络和真实网络上的实验结果表明,所提的算法在索引空间代价以及查询响应时间上都明显优于目前公认的流行算法.此外,该方法具有普适性,可以直接应用现有的流行算法,在不损失影响查询效率的同时进一步降低最短路径索引代价.
陈垚亮洪骥徐丹枫肖仰华
关键词:大网络
共1页<1>
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