杨啸林
- 作品数：40 被引量：78H指数：5
- 供职机构：中国医学科学院北京协和医学院基础医学院基础医学研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家科技支撑计划国家科技基础性工作专项更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术电子电信更多>>
- 基于openFDA的诺西那生不良反应真实世界研究被引量：7
- 2021年
- 目的:基于FDA公共数据开放项目(openFDA)中诺西那生不良事件的数据,分析研究诺西那生的不良反应,为临床安全用药提供参考。方法:收集2016年1月1日至2020年12月31日美国FDA不良事件报告系统(FAERS)中诺西那生相关的不良事件(AE)报告,提取报告数排名前50位不良事件报告,采用报告比值比法(ROR)和比例报告比值法(PRR)挖掘诺西那生不良反应风险信号。结果:设定时段内FAERS共收到以诺西那生为首要怀疑药物的不良事件报告3497例,对报告数排名前50位不良事件进行药物不良反应风险信号分析,检测出35个不良反应风险信号,其中30个为说明书中未收录的不良事件。不良事件报告数前5位的不良事件依次为头痛、腰穿后综合征、发热、感染性肺炎、呕吐。不良反应风险信号强度排名前5位的依次为腰穿后综合征、脑脊液漏、鼻病毒感染、尿蛋白检出、呼吸道合胞病毒感染。结论:利用诺西那生不良事件的真实世界数据深入分析其潜在的不良反应,提示临床予以关注及进一步进行安全性评价。其中尿蛋白检出不良反应风险信号强度高,建议在每次给药前进行尿蛋白检测。
- 傅征然朱彦王晓玲杨啸林
- 关键词：药物不良反应数据挖掘
- FAIR准则与生物医学数据标准应用服务被引量：10
- 2020年
- 2016年,科学数据管理的指导原则——FAIR准则被提出,即科学数据应具有可查询(Findable)、可获取(Accessible)、可互操作(Interoperable)并且可重利用(Reusable)等性质。自从该准则提出以来,受到国际广泛认可。通过FAIR准则的实施,将提升机器自动化发现和使用数据的能力,并提升其重利用的可能。在数据建设过程中,需要有完善的数据标准系统、数据标准实施工具与资源以及数据质量评价准则作为实现FAIR准则的支撑。
- 杨啸林杨晟潘虹洁王哲王志刚何勇群
- 关键词：可互操作元数据
- 互操作性本体:智能精准医学的基础被引量：1
- 2021年
- 近年来,互联网与物联网等技术的快速发展为探寻精准医学与人工智能之间的关联应用提供了战略机遇。然而,如何组织、集成和共享复杂异构的生物医学数据业已成为阻碍该领域发展的严重技术挑战。本体因其能够提供知识与元数据层面的语义基础而推动了生物医学人工智能的发展,而基于互操作性的本体对异构知识与数据的整合和分析发挥着关键性的作用。将人工智能与精准医疗的有机集合称之为智能精准医疗,并提出一个“河马假设”,用以阐明互操作性本体与智能精准医疗之间的正相关关系及如何发挥协同增效作用;同时,提出和展示了使用可扩展本体开发的原理和工具来实现本体的互操作性,进而支持智能精准医疗的应用与发展。此外,还对国内外互操作性本体的研究现状、本体中国的成立与发展以及医学伦理在智能精准医疗中的重要性等进行了综述和深入探讨。
- 何勇群谢江安万灵杨啸林朱彦周伟李元放陆伟胜吴健民刘开永王海河刘清平余红
- 关键词：本体人工智能
- T波形态学分析心室复极不一致性在黑龙江省中老年人群分布特点被引量：2
- 2010年
- 目的了解心室复极不一致性T波形态学分析指标人群分布特征和相关影响因素的关系。方法分析2 514人（35~81岁,男性42.8%）的十二导联10 s数字心电图。心室复极不一致性指标包括Bazett校正QT间期（QTcB）、Frideric ia校正QT间期（QTcF）和T波形态学分析指标总QRS/T夹角余弦（TCRT）、T波形态学变异（TMD）、T波主成份比值（PCA ratio）以及相对T波残余（rTWR）。考察其年龄、性别和血压分布,利用多元回归分析进行多因素分析。结果女性QTcB、PCA ratio、TCRT、TMD和rTWR高于男性（P〈0.05）。高血压人群的QTcB、QTcF、TMD、PCA ratio和rTWR的值高于血压正常人群（P〈0.05）。多元回归显示,年龄、性别和收缩压是所有心室复极指标的影响因素,Sokolow指数仅对T波形态学分析指标有影响。结论T波形态学分析指标受年龄、性别、血压和心肌肥厚程度影响,对心室复极评价独立于QT间期。
- 杨啸林张靖韩少梅张正国朱广瑾
- 关键词：心电图心室复极
- 全心电生理建模及体表电位标测图的仿真被引量：2
- 2011年
- 虚拟心脏建模是连接心脏宏观和微观研究的有效手段之一。本研究利用微型计算机和可视人断层数据,通过图像增强、组织分割和三维重建,建立了分辨率为0.5 mm×0.5 mm×0.5 mm的心脏结构和胸前表面几何模型;以单细胞动作电位仿真为基础,使用改进的规则型算法,基于惠更斯原理的各向同性和各相异性波面型算法,分别完成了特殊传导系统、心房和心室电活动的仿真,时间精度可达1 ms;结合双域模型理论,使用偶极子等效心脏的电活动,同时结合躯体模型,完成了心脏电活动到体表心电的映射,进行正常和异常情况下体表电位标测图(BSPM)及12导联心电图的仿真。通过此模型得到的由窦房结起搏的体表12导联心电图,满足正常心电的诊断标准,证明了模型的真实性和可靠性,为进一步探讨传导和起搏异常的体表心电建立基础。
- 李心雅许亮杨啸林彭屹
- 关键词：仿真
- 心电算法准确性评价素材的应用被引量：2
- 2017年
- 从分析型心电图机自动诊断准确性评估的角度出发,以中国北方成年人标准12导联心电数据库中的110例正常心电图和84例节律异常或者形态异常的心电图为素材,对3台心电图机进行了初步的评估测试。结果表明,无论是正常还是异常心电图,3台心电图机均表现出了自动分析准确性性能水平的差异。一定程度上反映了作为评估素材,该数据库中的心电图及相关数据具备可用性和有效性。
- 王茜梁振士方丕华杨啸林曹东芳刘俊李卫王杨杨红张正国康文杰孙京昇
- 关键词：心电图数据库心电图机
- 蛋白质三维结构的预测方法
- 本发明提供了一种预测蛋白质三维结构的方法。该方法通过1)将要预测三维结构的目标蛋白质序列中的一个氨基酸(例如第一个)设定预测坐标值，2)以1)中的下一个氨基酸(例如第二个)为中央氨基酸在目标序列中分割一个九肽片段，3)在...
- 唐鹤云张正国杨啸林郭亚峰
- 文献传递
- QT间期对RR间期变化的响应及HRV与QTV的关联性分析被引量：2
- 2013年
- 体表心电图作为无创和连续的监测手段,在心脏安全评测方面具有重要而不可替代的位置。心电图中的间期时间序列包含着重要信息,其中以反映心动周期的RR间期序列,以及以QT间期为代表的反映心室复极化时程的间期序列,在临床上最为基础,相关的研究具有更为重要的意义。文中从应用基础研究的角度,就QT间期对于RR间期变化的响应,以及心率变异性(HRV)和QT间期变异性(QTV)关联性分析,分别介绍了其分析方法和研究进展,并且展望了可能的应用前景。
- 朱逸杨啸林彭屹
- 关键词：QT间期RR间期适应性心脏自主神经
- 致病疟原虫分子功能注释二级数据库的构建被引量：1
- 2012年
- 为对疟原虫致病分子机制研究过程中产生的高通量实验数据快速高效地进行功能注释,构建致病疟原虫分子功能注释二级数据库。本数据库基于J2EE技术、MySQL和MVC三层体系架构,利用Web Services和Hibernate等技术实现其主要框架,通过调用Fisher's精确检验R程序包对Gene Ontology和Pathway的注释结果进行富集效应分析,并调用Graphviz工具对蛋白质相互作用结果进行图形化描述。致病疟原虫分子功能注释二级数据库提供多入口的分子注释类型,使Gene Ontology、Pathway及蛋白质相互作用注释信息以图形化界面直观显示。该数据库为疟原虫致病分子机制研究提供良好的高通量数据分析工具,可有效促进疟原虫基因功能、信号通路及疟疾疫苗抗原筛选等方面的研究。
- 许三岗庄永龙郝志勇单广良杨啸林王恒
- 关键词：疟原虫功能注释
- TissueMap：人类基因和蛋白质表达数据库被引量：1
- 2008年
- 表达信息(或者是组织特异性)是基因和蛋白质最重要的自然属性之一。在当前主要的序列数据库中,对这些信息的描述没有一致的标准,同时,表达量的描述也没有统一。为了更好地利用基因和蛋白质的表达信息,建立了人类基因和蛋白质表达数据库,命名为TissueMap(http://168.160.62.35/cgi-bin/tissuemap/index.pl)。TissueMap整合了来自Swiss-prot和UniGene两个数据库的表达信息,并把跨膜蛋白信息从Swiss-prot专门抽取出来作为一个独立的库提供用户搜索。这个数据库规范化了描述表达信息时使用的组织名称和表达水平。目前,数据库中共有45389条基因,11377条蛋白质,和2796条人类跨膜蛋白的表达信息,将随着Unigene和UniProt同步更新。
- 唐鹤云杨啸林陈兴新张正国
- 关键词：基因蛋白质组织特异性数据库
