周新文
- 作品数：7 被引量：25H指数：3
- 供职机构：复旦大学化学系更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：理学生物学化学工程医药卫生更多>>
- 乙酰化蛋白的质谱鉴定研究被引量：3
- 2008年
- 报道了两种生物质谱技术ESI-MS和MALDI-MS在鉴定乙酰化修饰蛋白BSA-ac中的应用研究结果.乙酰化修饰蛋白通过特征碎裂峰m/z126.1或MS/MS质谱图中相差一个赖氨酸的相邻b或y离子之间170Da分子量的差异确证赖氨酸乙酰化修饰,并且后者提供具体修饰位点信息.研究提示ESI-MS和MALDI-MS两种质谱技术均可用于鉴定实际复杂样品中的乙酰化蛋白,且在乙酰化蛋白的鉴定中各有其优点.
- 祝叶萍樊惠芝沈诚频姚鋆周新文杨芃原
- 关键词：翻译后修饰质谱
- 健康人肝组织麦胚凝集素亲和型糖蛋白表达谱分析被引量：6
- 2007年
- 目的分析健康人肝组织麦胚凝集素(wheatgermagglutinin,WGA)亲和型糖蛋白表达谱。方法从30例健康人肝组织混合样本的总蛋白中用WGA凝集素亲和层析分离纯化糖蛋白,再利用双向电泳结合SYPRO Ruby荧光染色进一步分离WGA亲和型糖蛋白。目的蛋白质点经质谱鉴定后对其进行生物信息学分析及功能分类。结果初步建立WGA亲和型糖蛋白的双向电泳图谱,图谱均点数为(650±50)个,质谱鉴定并去冗余共获116个蛋白。经生物信息学分析104个蛋白具有不同程度的N糖基化位点,最后按Gene Ontology的分类原则进行功能分类。结论凝集素亲和层析结合双向电泳荧光染色、质谱鉴定是一种高通量的检测方法,WGA亲和型糖蛋白表达谱的初步构建为后续研究奠定了基础。
- 卢雯静刘银坤孙强玲周海军周新文郭坤陆豪杰杨芃原
- 关键词：双向电泳
- 磺基异硫氰酸苯酯化学辅助方法对新蛋白质进行从头测序被引量：1
- 2009年
- 利用基质辅助激光解吸电离-串联飞行时间(MALDI-TOF-TOF)质谱结合磺基异硫氰酸苯酯化学辅助的方法对一种从拟青霉(Paecilomyces bainier)分离纯化到的新人参皂苷Rb1水解酶的部分肽段进行了从头测序.共获得了这个新蛋白质8条肽段的序列,一些磺化后信噪比非常低的肽段也获得了比较完整的序列.同时通过从头测序分析确定了一对甲硫氨酸非氧化和氧化肽段的序列.结果表明,磺化后的肽段离子化效率大大增强,在PSD(源后裂解)过程中只有肽键断裂产生的C端的碎片离子系列(y离子系列)出现在质谱图中,图谱背景清晰,信噪比高,单纯的y离子系列使得图谱解析变得非常容易.将这8条序列在NCBI(美国国立生物技术信息中心)数据库中进行BLAST(蛋白质序列比对工具)检索印证这种β-葡萄糖甘酶是一个新蛋白质,发现的两条相对保守的序列为进一步研究奠定了基础.
- 周新文严钦周珮杨芃原
- 关键词：从头测序
- 重大疾病专业技术服务平台的建立被引量：1
- 2015年
- 为促进大型仪器的综合利用率,降低科技创新成本,更好地为上海市乃至全国的蛋白质科学服务,满足蛋白质科学研究未来日益增长的需求,医学院生物医学研究院整合资源、集中投资,建设了重大疾病的蛋白质组学公共服务共享平台,为重点研究人类重大疾病的蛋白质组学、为疾病的防诊治提供功能蛋白质组、分子标记物和药靶,探索新形势下的重大疾病专业技术服务。通过管理体系的创新和人才队伍的培养,加强对医学院生物医学研究院重大疾病的蛋白质组学公共服务共享平台建设。为本院的研究人员和研究生提供了实验研究条件,还为从事生物医学与相关项目和课题的研究提供技术服务,为转化医学的各类教学及科研的强有力的技术支撑。
- 周悠悠魏黎明周新文陆豪杰杨芃原金红
- 关键词：重大疾病建设管理仪器共享个性化服务
- 糖蛋白结构质谱解析的样品前处理被引量：7
- 2007年
- 基于高分辨率、高精度、高灵敏度及良好表现力的多级质谱,以标准糖蛋白辣根过氧化物酶(HRP)、核糖核酸酶B(RNaseB)为对象,探索了糖蛋白质谱分析前样品处理的技术流程。通过对糖蛋白样品前处理的各个步骤(包括蛋白变性方法(RNaseB适合化学变性,HRP适合热变性)、酶的选择及条件(RNaseB适用内蛋白酶Lys-C酶解,HRP适用胰蛋白酶酶解,酶解时间控制在12～16h)、提肽液的组成(对于低丰度糖蛋白用50%乙腈-5%三氟乙酸提取)、基质的组成、点样方法("三明治"式))进行了优化,形成了简单易行、无需糖肽富集标记的糖蛋白溶液酶解-质谱分析和胶上分离酶解-质谱分析的技术路线,为实际样品体系中糖蛋白的结构解析提供了可行的方法。
- 周玮刘晓慧周新文申华莉杨芃原
- 关键词：质谱解析样品前处理
- 超声波辅助Urea-Free试剂结合热变性快速酶解蛋白质被引量：3
- 2010年
- 建立了一个超声功率-超声时间的安全区域,在此范围内进行超声波辅助酶解时,能避免超声波随机断裂蛋白质;在此安全区域内采用响应面法获得最佳超声功率和超声时间。建立了超声波辅助Urea-Free试剂结合热变性快速酶解蛋白质的方法,将蛋白质依次进行10min超声波浴辅助Urea-Free还原烷基化反应、90℃热变性15min,超声波辅助胰蛋白酶酶解15s。应用此快速酶解方法鉴定3种典型标准蛋白质(牛血清白蛋白、细胞色素C和肌红蛋白),在25min内达到与传统整夜酶解方法相同的鉴定结果,并获得更高的序列覆盖率。
- 李雅萍李友元周新文陈长华张嗣良杨芃原
- 关键词：超声波辅助热变性酶解质谱
- 基质辅助激光解吸电离质谱和电喷雾电离质谱在辣根过氧化物酶糖肽结构分析中的应用被引量：5
- 2010年
- 糖链结构的质谱解析是今后糖蛋白分析中的重要研究内容,其中完整糖肽的分析,由于可以同时获得糖基化位点和对应糖链的结构信息,更具有重要意义和研究前景。本工作对质谱软电离技术在完整糖肽分析中的应用进行了研究,其中包括了基质辅助激光解吸电离(matrix-assisted laser desorption ionization,MALDI)和电喷雾电离(electrospray ionization,ESI)技术。通过平行使用两种串联质谱(tandem mass spectrometry,MS/MS)分析策略:MALDI-MS/MS和ESI-MS/MS对目标糖蛋白--辣根过氧化物酶进行分析,并讨论了其互补性。结果表明,MALDI和ESI技术各有优劣,结合串联质谱分析,可获得糖肽的糖链结构信息;两条路线互补使用,在揭示蛋白质糖基化修饰(位点和结构)的研究中十分必要。
- 陈瑶函晏国全周新文杨芃原
- 关键词：电喷雾电离质谱串联质谱液相色谱辣根过氧化物酶糖肽
