卜德超
- 作品数：11 被引量：16H指数：3
- 供职机构：中国科学院计算技术研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划北京市自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 基于病理图像的TMB分类方法、系统及TMB分析装置
- 本发明涉及一种基于病理图像的TMB分类方法，包括：对已知病理图像进行TMB分类标记和预处理，以构建训练集；通过该训练集对卷积神经网络进行训练，以构建分类模型；对目标病例的目标病理图像进行预处理，以获得多张目标图块；以该分...
- 任菲罗坚诚刘志勇刘玉东张弘卜德超
- 文献传递
- 基于病理图像的TMB分类方法、系统及TMB分析装置
- 本发明涉及一种基于病理图像的TMB分类方法，包括：对已知病理图像进行TMB分类标记和预处理，以构建训练集；通过该训练集对卷积神经网络进行训练，以构建分类模型；对目标病例的目标病理图像进行预处理，以获得多张目标图块；以该分...
- 任菲罗坚诚刘志勇刘玉东张弘卜德超
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- 《伤寒论》太阳病篇药症规律挖掘被引量：3
- 2022年
- 目的:分析《伤寒论》太阳病篇的条文,归纳其用药特点,挖掘其用药规律和药症规律。探究药症评分较高的桂枝汤和以“发热,头痛,汗出,恶风,浮脉”为主症的桂枝汤证的相关治疗机制,为现代化和科学化解释经方的治疗机制研究提供参考。方法:本研究使用FangNet(http://fangnet.org)平台对太阳病篇有方症的条文以医案的形式进行录入,使用数据挖掘分析其用药的性味归经特点,药对和药症组合规律,并运用网络药理学相关方法揭示桂枝汤和桂枝汤证共有靶基因和相关的生物学过程与通路。结果:太阳病篇符合研究条件的条文共121个病例,58味中药,症状210余种。经平台分析桂枝汤证的主要症状发热,浮脉,恶寒,出汗,恶风为太阳病篇的高频症状,与组成桂枝汤的甘草、大枣、桂枝、生姜、芍药这五味中药关系密切,且这五味中药属太阳病篇的核心及高频用药。经网络药理学分析,发现桂枝汤在治疗桂枝汤证时主要与细胞磷酸化从而促进程神经元的死亡,激活DNA转录因子的活性和RNA聚合酶Ⅱ正向调控pri-miRNA转录的生物过程相关;并与免疫系统和心血管通路相关。结论:58味中药可以治疗210余种症状,足以体现仲景用药精妙,组方严谨。组成桂枝汤的中药位居前列,印证了桂枝汤为“群方之首”。不论是平台分析的药症关系还是从分子生物学机制,均能证明桂枝汤与桂枝汤的证关系密切。
- 丁琳译赵屹卜德超董雷高凯曹婉琛韩丽娜
- 关键词：《伤寒论》太阳病篇网络药理学用药规律桂枝汤桂枝汤证
- 一种基于多任务级联的多模态医疗数据融合建模方法及装置
- 本发明为一种基于多任务级联的多模态医疗数据融合建模方法及装置，包括以下步骤：对多个医疗数据模态进行学习建模，得到多个单模态医疗数据模型；对所述单模态医疗数据模型进行预测空间输出校准；对校准后所述单模态医疗数据模型进行交叉...
- 卜德超赵屹李晨昊徐珠峰
- 一种以基因组位置为索引的生物信息数据库跨库检索方法
- 本发明为一种以基因组位置为索引的生物信息数据库跨库检索方法，包括以下步骤：创建跨库生物信息检索表；对多个现有生物信息数据库的条目进行遍历，获取第一基因数据；对所述第一基因数据按照基因组位置进行统一表述，得到统一表述索引；...
- 卜德超徐珠峰李晨昊赵屹
- 肥厚型心肌病可变剪接图谱分析被引量：1
- 2020年
- 目的绘制人心脏组织mRNA可变剪接图谱,探究肥厚型心肌病(HCM)中可变剪接的变化情况。方法收集HCM患者和正常人心肌组织,提取RNA并进行链特异性RNA深度测序,检测可变剪接变化,并通过功能富集分析初步了解HCM中受可变剪接调控的信号通路。实时荧光定量PCR检测可变剪接导致的不同转录本的表达变化,并在心肌肥厚动物模型中验证。结果在人类心肌组织中共发现11604个基因的94990个可变剪接事件,其中124个基因的可变剪接在HCM心肌组织中发生显著改变;GO和KEGG通路富集分析,显示可变剪接主要影响肌丝滑动、心肌收缩、肥厚型心肌病、扩张型心肌病、钙离子信号通路等功能或通路。RNA测序和定量PCR均显示虽然CAMK2δ表达总量不变,但是它的两个外显子互斥转录本,CAMK2δ3和CAMK2δ9,表达量发生了相反的改变;小鼠肥厚心肌模型也验证了这一发现。结论本研究首次绘制了人类心脏可变剪接图谱,明确HCM中多个基因发生可变剪接改变,发现即使基因表达总量没有变化,但基因不同转录本却可能通过可变剪接发生显著改变。提示可变剪接在HCM心肌肥厚中可能发挥重要作用,可变剪接图谱分析有助于更好地识别疾病相关的基因和通路。
- 韩自强卜德超张策吴桂鑫邹玉宝王水云宋雷赵屹王继征
- 关键词：肥厚型心肌病可变剪接
- 一种用于挖掘肿瘤标志物的方法以及肿瘤风险筛查方法
- 本发明提供了一种用于挖掘肿瘤标志物的方法，包括：S1、获取预定的多个分子通路所含有的所有基因在预设的实验组、对照组中分别发生变异的频率，实验组中的每个样本患有预定类别的肿瘤，对照组中的每个样本未患有所述预定类别的肿瘤或者...
- 卜德超赵屹靳辉赵连鹤
- 蛋白质基因组学:运用蛋白质组技术注释基因组被引量：4
- 2013年
- 随着高通量DNA测序技术的飞速发展,越来越多的物种完成了基因组测序.定位编码基因、确定编码基因结构是基因组注释的基本任务,然而以往的基因组注释方法主要依赖于DNA及RNA序列信息.为了更加精确地解读完成测序的基因组,我们需要整合多种类型的组学数据进行基因组注释.近年来,基于串联质谱技术的蛋白质组学已经发展成熟,实现了对蛋白质组的高覆盖,使得利用串联质谱数据进行基因组注释成为可能.串联质谱数据一方面可以对已注释的基因进行表达验证,另一方面还可以校正原注释基因,进而发现新基因,实现对基因组序列的重新注释.这正是当前进展较快的蛋白质基因组学的研究内容.利用该方法系统地注释已完成测序的基因组已成为解读基因组的一个重要补充.本文综述了蛋白质基因组学的主要研究内容和研究方法,并展望了该研究方向未来的发展.
- 张昆王乐珩迟浩卜德超袁作飞刘超樊盛博陈海丰曾文锋罗海涛孙瑞祥贺思敏谢鹭赵屹
- 关键词：基因组注释蛋白质组学质谱技术
- 哺乳动物长链非编码RNA的进化注释被引量：1
- 2016年
- 哺乳动物的基因组中能转录出成千上万的长链非编码RNA（lnc RNA）,这些新发现的RNA分子已经被证实参与了各种各样复杂的生物过程.目前大多数哺乳动物的lnc RNA的参考注释并不完全,这限制了对lnc RNA的进化以及接下来的功能研究.本研究组利用9个物种6种组织的转录组测序数据,成功地构建出一个完备的哺乳动物lnc RNA的参考注释集合（约4142~42558条lnc RNA）.基于这些lnc RNA,做了一系列的进化研究,发现30%~99%的lnc RNA在基因组上是保守的,这些保守的lnc RNA中仅有20%~27%也能在转录层面保守,这与编码基因的保守性形成鲜明对比：保守的编码基因约有48%~80%能在转录层面保守.随后,基于lnc RNA的表达量数据成功地构建出其在9个物种中的系统发生树,通过对系统发生树的对比分析发现,lnc RNA的进化速率明显比编码基因快,且在不同的组织间有很大差别.将此项研究中得到的lnc RNA的集合以及其保守和进化的数据收集到Phylo NONCODE数据库中（http：//www.bioinfo.org/phylo Noncode）,这将成为研究非编码RNA进化及功能的非常有用的资源.
- 卜德超罗海涛焦飞方双桑谭程夫刘志勇赵屹
- 关键词：长链非编码RNA保守性进化
- 基于转录组测序在人类全基因组内鉴定与癌症相关的polyadenylation和non-polyadenylation RNA被引量：3
- 2013年
- 真核生物的mRNA包括2种形式的转录本,根据它们3′端是否存在poly(A)尾巴,可以分为带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)+mRNA)和不带poly(A)的mRNA(简写成poly(A)mRNA).Poly(A)+mRNA的主要功能是促进蛋白质的编码,但是对poly(A)mRNA的功能却知之甚少.而已有的研究表明,poly(A)mRNA和双态(bimorphic)的mRNA(即包含poly(A)+mRNA又包含poly(A)mRNA)也是基因转录的一个重要部分.本研究通过建立一个综合性的数据分析流程,首先从不同细胞系中鉴定出这些不同形式的mRNA,然后比较这些poly(A)+及poly(A)mRNA在正常细胞系和对应的癌症细胞系中的表达差异,从而确定这些RNA转录物的潜在功能.通过生物信息学的分析表明,在正常和肿瘤细胞系中确实存在差异表达的poly(A)+和poly(A)mRNA.对差异表达的基因进行功能富集,结果表明,这2类mRNA都富集了包括细胞周期、细胞凋亡及细胞死亡相关的功能,而这些功能已经被证明和癌症的发生和发展是密不可分的.此外,还有一类差异表达的poly(A)mRNA富集了和翻译及翻译延长相关的功能.因此,本研究表明,poly(A)mRNA也可能在癌症的发生和发展中发挥着重要的作用.
- 赵国光焦飞廖奇罗海涛李慧孙亮卜德超余鲲涛赵屹陈润生
- 关键词：功能注释高通量测序
