刘倩
- 作品数:68 被引量:26H指数:3
- 供职机构:中国科学院计算机网络信息中心更多>>
- 发文基金:国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域:自动化与计算机技术理学环境科学与工程医药卫生更多>>
- GROMACS在鲲鹏920平台的性能分析及运行优化
- 2024年
- 【应用背景】ARM众核架构处理器以其高性能、高并行性及低功耗的特点,在分子动力学、流体及天气模拟等领域扮演着越来越重要的作用。【局限】然而,分子动力学模拟软件运行时不同维度的任务分解策略(如粒子作用、时空域分解等)、多样化的并行策略导致负载特征多样而与众核处理器基于高度并行的计算资源所产生的算力这一特点难以很好地匹配,进而导致各计算单元运行时效率低的问题已成为了限制运行时性能提升的重要瓶颈之一。【方法】针对这一问题,以华为技术有限公司自主研发ARM架构鲲鹏920处理器和GROMACS软件为研究对象,通过对鲲鹏920处理器结构特点和算力特征、GROMACS软件任务分解、并行执行过程进行深入分析,提出运行时并行参数优化策略,以更好地适配软件的算力需求和硬件的算力特点,提升了软件计算性能。【结果】通过系统分析性能瓶颈并实践优化策略,相比优化前取得了16.9%的加速效果。【结论】此研究成果可为分子动力学模拟在众核计算环境下的性能优化、国产高性能计算系统及分子动力学模拟专用机等的研发提供一定的参考依据。
- 原惠峰陆腾朱延超晏臣马英晋刘倩金钟
- 关键词:分子动力学GROMACS
- 全氟及多氟烷基化合物调控血浆凝血因子Ⅻ活化的构效关系研究
- <正>全氟及多氟烷基化合物(PFASs)是一类被广泛应用的人工合成化学品。尽管全氟辛基磺酸(PFOS)和全氟辛酸(PFOA)的生产和使用已经受到国际公约的限制,有证据表明人类正面临着新型PFASs同系物和替代物的暴露风险...
- 刘倩孙玉贞周群芳江桂斌
- 关键词:构效关系
- 文献传递
- 基于云平台的计算化学科学计算云服务社区
- 计算化学云服务社区采用软件即服务的模式,使用浏览器/服务器结构来提供专业交互式的计算化学科学计算服务,以“降低使用门槛、提高使用效率,助跑计算化学用户的科学研究工作”为目标,研究社区中各种软硬件资源的分类方式,方便用户快...
- 刘倩金钟曹荣强
- 关键词:计算化学软件开发功能模块
- 文献传递
- 基于Intel MIC平台大规模耗散粒子动力学模拟的设计与优化
- 2017年
- 耗散粒子动力学(DPD)模拟是一种重要的研究流体动力学特性的计算模拟方法,基于Intel MIC平台设计实现了面向大规模耗散粒子动力学模拟,充分结合了DPD模拟本身的特性和MIC平台的特征。对DPD模拟中的近邻列表构建和短程作用力关键代码实现了向量化优化,在CPU和MIC协处理器之间采用任务计算负载平衡机制,支持MPI进程内线程数量负载平衡控制。分别在原型程序上和LAMMPS集成中做了性能对比分析,实验结果显示了引入相关优化技术的有效性,为进一步研究面向MIC众核平台的分子动力学相关工作奠定了基础。
- 徐顺刘倩张宝花何连花金钟
- 关键词:耗散粒子动力学图像处理单元分子动力学
- 一种分子性质预测方法及系统
- 本发明提出一种分子性质预测方法及系统,涉及量子化学/计算化学、化学信息学、机器学习/人工智能领域,在化学多世界阐释的框架下,使用密度泛函理论、化学信息学、机器学习/人工智能的手段,以分子结构、基组和泛函等信息作为输入,通...
- 马英晋马硕张宝花刘倩金钟
- 文献传递
- 四溴双酚-A衍生物神经毒性效应筛选与毒性机制研究
- 溴代阻燃剂(BFRs)被大量应用于塑料、衣物、家具及电子产品中,部分溴代阻燃剂由于其环境持久性及全球迁移的能力受到了日益广泛的关注[1]。四溴双酚-A(TBBPA)及其衍生物是目前全球产量最大、应用最广泛的溴代阻燃剂。1...
- 刘倩殷诺雅孙成刘爱风周群芳江桂斌
- 文献传递
- 一种材料智慧专家系统
- 本申请提供了一种材料智慧专家系统,包括:多源数据管理模块,对多种类型的材料数据库中的数据进行融合,构建结构化数据库;处理模块,获取以自然语言方式输入的用户提问,用户提问包括材料需求和/或计算需求;根据材料需求在结构化数据...
- 张宝花许黄超刘倩马英晋李天颜金钟
- 基于网格的计算化学应用整合系统
- 本发明公开了一种基于网格的计算化学应用整合系统,包括分布式的化学资源部、网格中间件部、操作界面部;分布式的化学资源部分布在不同的网格结点,该部内设有安装了计算化学应用软件的计算资源和与化学领域相关的概念及方法的化学知识单...
- 金钟段启智刘倩张宝花迟学斌
- 文献传递
- 多语种网络文本快速新词抽取被引量:2
- 2014年
- 从网络文本中提取新词是网络信息处理中的一个重要问题,在信息检索、文本挖掘、词典编纂、中文分词等领域中都有重要应用。本文提出了一种与语言无关的快速新词提取算法,首先针对后缀树的数据结构将多语言文本进行统一编码,然后使用改进的统计方法在双后缀树上以线性时间统计重复串与邻接类别,并计算字符串的整体度,同时通过剪枝大幅度减少计算量,在中、英文语料上较好地实现了新词的抽取及排序。
- 刘冰洋刘倩张瑾刘欣然程学旗
- 关键词:新词后缀树多语言
- 基于网格的高性能计算化学系统SCChem最新进展
- 金钟刘倩张宝花段启智迟学斌
- 关键词:网格计算蛋白质二级结构JAVAAPI