丁啸
- 作品数：8 被引量：27H指数：2
- 供职机构：东南大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省普通高校研究生科研创新计划项目江苏省环境监测科研基金更多>>
- 相关领域：生物学交通运输工程自动化与计算机技术机械工程更多>>
- 基于分子标记的宏基因组16S rRNA基因高变区选择策略被引量：20
- 2015年
- 随着新一代DNA测序技术出现,人们能够同时对多个DNA样本的宏基因组进行并行分析,尤其是以16S rRNA基因高变区为分子标记的测序已经成为微生物多样性研究最为简洁有效的方法.目前二代高通量测序的读长不能覆盖16S rRNA基因的全长,需要选择一个有效的高变区进行测序.十多年来,对于16S rRNA基因高变区的选择策略没有统一的标准.本文分析了常用的高变区选择策略,指出不同环境条件是影响高变区选择的重要因素之一.在此基础上,提出了高变区选择的参考准则,同时建议应对选择的高变区进行有效评估.
- 张军毅朱冰川徐超丁啸李俊锋张学工陆祖宏
- 关键词：微生物多样性RRNA
- 关联性特征在宏基因组分装中的应用被引量：1
- 2013年
- 随着高通量测序技术的成熟,宏基因组学已经成为了一门新兴的热门学科。从混合的微生物测序片段中正确的分装DNA片段一直是一个挑战。分装的准确性直接影响宏基因组学研究的深度和效率,提高分装准确性的关键在于提取出一种有效的宏基因组测序片段的序列特征。目前主流分装方法可以分为两类,一类是基于序列相似性比较;另一类是基于序列特征。本文深入研究碱基之间的关联性,运用一种基于碱基关联性特征的分装方法(碱基对关联性),利用机器学习算法实现准确的分装,在对不同物种层次不同复杂度的模拟宏基因组数据集进行分装时都能保持良好的性能。并且将此方法同无监督分装软件MetaCluster3.0以及那些单纯使用三联、四联核苷酸频率进行分装的算法做对比,并对结果进行了深入讨论。
- 张倩倩曹唱唱丁啸孙啸
- 关键词：宏基因组
- 宏基因组样本数据的分析比较与分类被引量：4
- 2016年
- 宏基因组学研究试图通过测序并分析微生物群落的DNA序列,以理解环境微生物的组成及其与环境的交互作用。宏基因组学革命性地改变了微生物学,使得以免培养的方式研究复杂生物系统中的微生物群落成为可能。第二代测序技术的不断进步和生物信息学的高速发展促进了高通量宏基因组研究的发展,大批高质量的宏基因组数据不断产生并对科学界开放,宏基因组学的重要作用被科学界广泛认可。与此同时,对应个体不同健康状态和人体不同部位的大量宏基因组样本数据不断产生,使得比较和分类宏基因组样本在微生物学研究上变得更加重要,比较宏基因组学成为宏基因组学的重要分支。主要介绍了宏基因组数据的分析比较,以及样本分类的相关研究和算法。
- 程福东丁啸李晟孙啸
- 关键词：宏基因组
- Intrinsic correlation of oligonucleotides and its application in metagenome analysis
- Background: Metagenomics [1], a burgeoning subject of studying microbes by sequencing environmental samples di...
- 丁啸曹唱唱刘胥影罗幸程福东孙啸
- 关键词：METAGENOMICSSEQUENCEBINNINGSAMPLE
- 一种新型阵列筒结构的高压静电烟气除白装置
- 本发明公开了一种新型阵列筒结构的高压静电烟气除白装置，包括进口烟气输送端，进口烟气输送端连接中央阵列筒高压静电除白模块；中央阵列筒高压静电除白模块包括中央处理筒，在中央处理筒的内部沿轴向设有按阵列排布的绝缘筒；在每根绝缘...
- 霍元平张澄澄杨礼华王于群丁啸王军锋
- 文献传递
- 一种基于关联性特征的宏基因组测序片段分装方法被引量：1
- 2013年
- 20世纪末宏基因组学的概念被首次提出,从此打开了利用宏基因组学方法和技术研究微生物的大门.随着高通量测序技术的成熟,宏基因组学已经成为了一门新兴的热门学科.序列分析是宏基因组学研究的基础,而序列分析的一个重要环节就是测序片段的分装(binning).分装的准确性直接影响宏基因组学研究的精度和效率,提高分装准确性的关键在于提取出一种反映宏基因组测序片段物种分类的序列特征.目前主流分装方法利用的都是基因组序列的碱基组成性特征.本文深入研究序列的关联性特征,提出了一种基于关联性特征的分装方法,结合机器学习算法实现准确的分装,在对不同物种层次和不同复杂度的模拟宏基因组测序数据集进行分装时都能保持良好的性能.通过对比,发现此方法分装的正确率和稳定性都要优于目前国际上的无监督分装算法以及那些单纯使用三联、四联核苷酸出现频率进行分装的算法.
- 丁啸张倩倩曹唱唱孙啸
- 关键词：宏基因组
- 一种新型阵列筒结构的高压静电烟气除白装置
- 本实用新型公开了一种新型阵列筒结构的高压静电烟气除白装置，包括进口烟气输送端，进口烟气输送端连接中央阵列筒高压静电除白模块；中央阵列筒高压静电除白模块包括中央处理筒，在中央处理筒的内部沿轴向设有按阵列排布的绝缘筒；在每根...
- 张澄澄霍元平丁啸王于群杨礼华王军锋
- 文献传递
- 基于序列特征的宏基因组数据分析方法研究
- 宏基因组也称环境基因组，代表了环境微生物群落中所有物种基因组的总和。由于自然界中仅有不足1％的微生物可以单纯培养，而宏基因组学的研究方法使得微生物的免培养研究成为可能，所以宏基因组学逐渐成为研究微生物的主流方法。宏基因组...
- 丁啸
- 关键词：微生物宏基因组
