陈廷贵
- 作品数：5 被引量：14H指数：1
- 供职机构：山西大学化学化工学院化学生物学与分子工程教育部重点实验室更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生更多>>
- 22周孕龄人胎肝表达序列标签数据更新与初步分析
- 2008年
- 随着国际上转录组数据及本室22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的不断增加,先前该组织表达谱的研究有必要进行更新与完善.本研究首先将22周孕龄人胎肝每一表达序列标签与自身数据库,UniGene,DoTS,MGC以及Twinscan预测的人类转录组数据库进行比对以归类.然后,经过电子拼接和基因鉴定,对已知基因进行GO(gene ontology)分类,对未知基因进行Pfam和ScanProsite功能预测.最后,对人胎肝、成人肝、骨髓、胸腺及淋巴结这些拥有造血作用或可表明人胎肝特性的5种组织进行了层次聚类分析.结果表明:(ⅰ)与5种最新人类转录组数据库比对,极大地降低了那些属于一个基因但互不交叠的序列被划分到不同簇的可能性,因此在进行EST归类时,推荐与互联网上有关最新数据进行比对;(ⅱ)一些先前未知EST已被鉴定为已知基因,1379个EST被鉴定为本室独有的全新序列;(ⅲ)通过GO分类,对22周孕龄人胎肝有了一个大致了解,同时获得了6个细胞迁移基因和6个造血相关基因;(ⅳ)通过基因功能预测获得了277个模体(profile),其中有5个类型可分布于10个以上基因之中;(ⅴ)层次聚类表明,5种组织关系与它们的功能相一致;(ⅵ)建立了世界上最大的22周孕龄人胎肝表达序列标签数据库.总之,22周孕龄人胎肝表达序列标签数据的更新与初步分析将有助于对人胎肝造血机制及细胞迁移机制的了解,可促进未来对该组织进行全面深入的研究。
- 陈廷贵吴松锋周钢桥朱云平贺福初
- 关键词：人胎肝表达序列标签基因本体论层次聚类
- SARS-CoV及其他冠状病毒基因组比较分析被引量：12
- 2003年
- 对病毒种内和种间基因组的比较分析能获得很多关于病毒起源与演化的信息。对17株SARS-CoV的种内基因组变异分析发现共有137个变异位点,估算出SARS-CoV的突变率为8.04×10^(-3)核苷酸替换/位点/年。变异位点在基因组上的分布不均匀,变异位点最多的是基因组中编码S1蛋白的区域,而在编码依赖于RNA的RNA聚合酶区域中几乎没有变异位点。核苷酸和氨基酸替换的偏性预示变异可能不仅仅是由随机漂变产生。对冠状病毒种间基因组结构比较分析发现,SARS-CoV的基因组结构与IBV很相似;而保守基因系统发育分析表明,SARS-CoV属于冠状病毒的一个新分支,并且与血清型第二组冠状病毒进化关系较近。对其他某些分子特征的分析发现,在不同的方面SARS-CoV和不同组冠状病毒有不同的相似点。进一步对基因组非保守开放阅读框(ORF)的基序(motif)和跨膜区分析发现,各组冠状病毒基因组中位于基因S-E间的非保守ORF可能是同源的,但不是绝对必要的;而IBV和SARS-CoV的基因组中位于基因M-N间ORF可能不是同源的。综合分析SARS-CoV与3组血清型冠状病毒进化关系、宿主分布,以及SARS-CoV和IBV的s2m的进化关系,可以推测SARS-CoV有可能来自禽类。
- 吴松锋杜春娟万平陈廷贵荔建琦李栋朱云平曾衍钧贺福初
- 关键词：严重急性呼吸系统综合征SARS冠状病毒多态进化
- 表达序列标签拼接及验证研究进展被引量：1
- 2004年
- 后基因组时代已经来临 ,基因组序列注释是其主要目标之一。本文就查找EST同源序列方法、各类拼接软件优缺点、现有转录组数据库和预测的蛋白质组数据库、全长cDNA判断方法及ORF选择等方面进行综述 ,并讨论基因预测方面的困难和不足及任务的长期性。
- 陈廷贵朱云平贺福初
- 关键词：表达序列标签全长CDNA基因组
- 22周孕龄胎肝蛋白质相互作用网络的构建
- 目的:建立在胎肝中存在的蛋白质相互作用的网络以及其中与造血的相互作用和通路。方法:利用多个蛋白质数据库以及邻域基因法、基因融合法、种系发生谱法等三种生物信息学方法,相互补充,相互验证。结果:从数据库中得到508个胎肝蛋白...
- 程钢吴松锋陈廷贵万平朱云平贺福初
- 文献传递
- 22周孕龄人胎肝转录组及SARS-CoV（BJ-01）基因组的生物信息学研究
- 研究目的:肝脏在人体生命活动中具有重要的生理功能,而4-6月孕龄人胎肝还是造血、免疫系统干//祖细胞的主要来源,并表达大量与细胞植入、定居、转移相关的基因。本文研究目的是借助生物信息学的工具,通过分析本室测定的人胎肝ES...
- 陈廷贵
- 关键词：人胎肝基因预测
- 文献传递
