蔡彩平
- 作品数：21 被引量：110H指数：6
- 供职机构：南京农业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金江苏省农业科技自主创新基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：农业科学生物学自动化与计算机技术化学工程更多>>
- 四倍体棉花的基因组结构与优质纤维的遗传解析
- 张天真郭旺珍王凯蔡彩平沈新莲韩志国
- 该项目属于农业科学技术的农业植物学研究。棉花是世界性重要经济作物。基于基因组结构分析基础上的优质纤维遗传解析，既具有重大的科学意义，又具有重要的生产应用价值。项目组致力于上述研究，取得如下研究结果:阐明了四倍体棉花基因组...
- 关键词：
- 关键词：棉花四倍体基因组结构
- 雷蒙德氏棉EST-SSRs分布特征及开发与利用被引量：30
- 2006年
- 微卫星或简单重复序列（simple sequence repeats，SSR）存在于表达序列标签（expressed sequence tags，ESTs）中．为了在棉花中开发EST—SSR功能性标记，利用生物信息学方法对NCBI网上公开的63485条雷蒙德氏棉（Gossypium raimondii Ulbrich）ESTs序列进行EST-SSRs特征分析．剔除冗余序列，得到非冗余序列58906条．在非冗余序列中发现含不同重复基元SSRs的EST序列有2620条，共2818个EST-SSRs，EST-SSRs序列的频率是4．45％，平均相隔14．8kb出现一个SSR．在1～6bp的重复基元中，三核苷酸重复基元的SSRs出现频率最高（38．31％），其次是二核苷酸（24．09％）、单核苷酸（23.35％）．对所有的重复基元类型进行统计分析发现，所占比例最大的是A/T（18．67％），其次是AT／TA（14．83％）．在复合型（compound）中发现三核苷酸串联三核苷酸的重复基元出现频率最高，为48．65％．利用Prime3软件，设计了1554对EST-SSRs引物，随机选用300对对本室四倍体作图亲本陆地棉TM-1和海岛棉海7124进行多态性检测，其中129对有多态性，多态性频率为43％．这些EST-SSRs将有效用于不同棉种间的分布特征比较及染色体定位等方面研究．
- 王长彪郭旺珍蔡彩平张天真
- 关键词：EST-SSRS分子标记多态性
- 富含功能标记的棉花遗传连锁图谱构建及棉属基因组的结构、功能和进化分析
- ＜正＞与基因克隆和分子标记辅助选择在改良作物农艺性状方面的作用一样,功能基因的定位在揭示基因组的结构、功能和进化等方面同样也发挥着重要的作用。源于ESTs（expressed sequence tags）的SSRs（Si...
- 蔡彩平郭旺珍张天真
- 文献传递
- 陆地棉背景下海岛棉第18染色体片段置换系的培育及相关农艺性状QTL定位被引量：16
- 2013年
- Sub18是以陆地棉遗传标准系TM-1为背景,含海岛棉3-79第18染色体的置换系材料。本研究以TM-1为受体亲本,置换系Sub18为供体亲本,借助分子标记辅助选择技术培育了一套以TM-1为背景,含海岛棉3-79第18染色体不同长度片段的置换系。这套置换系由45个株系构成,共78个置换片段。其中27个株系导入单片段,占总株系的60%;9个株系导入2个片段,占20%;9个株系导入3个及以上片段,占20%。导入片段总长度为467.6cM,约为该染色体遗传长度的4倍,每个株系内被替换的染色体片段长度不完全相同,平均遗传长度为5.99cM,最短的为0.9cM,最长的20.35cM。其中13个株系表现开放花蕾性状,涉及的最短导入片段长5.05cM。对TM-1、Sub18以及培育的45个导入系进行农艺性状调查和QTL联合定位分析,鉴定出纤维强度(qFS-C18-1)、整齐度(qFU-C18-1)、马克隆值(qFMi-C18-1)、成熟度(qFMa-C18-1)、皮棉重(qLW-C18-1)、籽指(qSI-C18-1)和衣分(qLP-C18-1)7个加性QTL和5个上位性效应QTL。研究结果为进一步精细定位目标QTL、克隆QTL以及重要性状分子设计育种奠定了基础。
- 付央苑冬冬胡文静蔡彩平郭旺珍
- 关键词：染色体片段置换系分子标记QTL
- 一个棉花液泡转化酶基因的克隆与功能分析被引量：2
- 2014年
- 棉纤维正常发育需要大量的蔗糖供应。转化酶是生物体内蔗糖代谢途径中的关键酶之一,对转化酶基因的结构和功能研究将有助于揭示复杂的棉纤维发育分子机制,并为纤维品质改良提供优良的基因资源。本研究以棉纤维突变体im和遗传标准系TM-1纤维发育中显著差异表达的EST序列(GenBank登录号为EY196825)为探针,通过电子克隆方法,结合cDNA及基因组全长基因PCR扩增、测序验证,克隆到一个棉花液泡转化酶基因GhVacInv2a(GenBank登录号为KF305322)。该基因ORF全长1857 bp,编码618个氨基酸,与已登录的陆地棉GhVacInv2基因(GenBank登录号为FJ864677)序列一致性为99%(E=0)。基因组序列分析表明,GhVacInv2a在二倍体棉种非洲棉和雷蒙德氏棉中含1个拷贝,在四倍体陆地棉和海岛棉中存在2个拷贝,其中GhVacInv2a和GhVacInv2分属于A、D亚组同源基因。该同源基因含7个外显子,6个内含子。Q-PCR分析表明,该基因在花药中表达量最高,在快速伸长的纤维组织中优势表达。在13～19 DPA的纤维中,其在TM-1中的表达水平极显著地高于im突变体。开发SNP标记,将GhVacInv2a基因定位在异源四倍体棉花第3染色体上。标记与性状的关联分析显示,GhVacInv2a与纤维强度存在显著相关(P=0.0087),表明GhVacInv2a在棉花纤维品质形成中可能发挥重要功能。
- 徐文亭王诚徐晓洋牛二利蔡彩平郭旺珍
- 关键词：棉花纤维发育克隆功能分析
- 一个棉花黄萎病抗性主效QTL及其连锁的分子标记
- 本发明公开了一个棉花黄萎病抗性主效QTL及其连锁的分子标记。棉花高抗黄萎病的主效QTL位点，位于棉花D11染色体上，该主效QTL解释13.23-13.25％的表型变异。有以下6个SSR标记与之紧密连锁，分别是：SSR/N...
- 郭旺珍蔡彩平张天真
- 文献传递
- 受多逆境诱导表达的GhWRKY64基因启动子克隆与功能分析被引量：8
- 2015年
- WRKY蛋白属于锌指型转录调控因子,参与植物生长发育及耐逆响应。以陆地棉遗传标准系TM-1为材料,克隆Gh WRKY64(KF031101)基因上游1064 bp的启动子序列,并对其调控元件及功能进行分析。生物信息学分析表明,该区域含18个组织器官表达及诱导表达关键元件,分别为6个ROOTMOTIFTAPOX1根特异调控元件,4个CACTFTPPCA1叶肉特异性调控元件、4个OSE2ROOTNODULE病菌诱导元件、2个GTIGMSCAM4盐调控元件和2个W-box胁迫应答响应元件。将该启动子与GUS基因融合,构建p BIW64:GUS植物表达载体,通过农杆菌介导叶盘转化法获得12个转基因烟草株系。选择GUS表达量最高的p BIW64-5进行转基因不同组织器官表达及诱导表达分析。GUS组织化学染色显示,苗期的转基因烟草植株在叶和根部均具有GUS活性,开花期在转基因烟草植株根、叶及叶柄均检测到GUS活性,特别在转基因烟草的根及根尖部分染色更深,在茎和花组织上未检测到GUS活性。对该转基因烟草幼苗进行黄萎病菌诱导处理,诱导48 h后,转基因烟草幼苗根和叶片的GUS染色比未诱导处理的对照明显加深。结果表明,Gh WRKY64上游1064 bp长度的DNA序列,具有启动子的相关顺式作用元件,且为病原菌诱导型启动子。该启动子可为开展棉花抗黄萎病转基因研究提供调控元件。
- 杜皓丁林云何曼林蔡彩平郭旺珍
- 关键词：逆境胁迫转基因烟草调控元件GUS活性
- 棉花全基因组SNP芯片及其应用
- 一种棉花全基因组SNP芯片及其应用，所述芯片命名为CottonSNP80K，包含82,259个SNP位点(SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：82,259)，主要基于陆地棉种内SNP变异定制，非常适于陆地棉种内基...
- 郭旺珍张天真蔡彩平
- 文献传递
- 异源四倍体栽培棉种的基因组结构特征及重要基因的分布与进化
- 张天真郭旺珍王凯蔡彩平韩志国沈新莲
- 该项目属于农业研究领域.棉花是世界性重要经济作物.陆地棉和海岛棉是两大异源四倍体栽培棉种.由于其多倍化、棉纤维单细胞发育、富含纤维素等特点，在基因组结构特征及重要性状相关基因的分布与进化方面均表现出特殊性与复杂性.近10...
- 关键词：
- 关键词：棉花人工驯化栽培技术
- 棉花全基因组SNP芯片及其应用
- 一种棉花全基因组SNP芯片及其应用，所述芯片命名为CottonSNP80K，包含82,259个SNP位点(SEQ ID NO：1‑SEQ ID NO：82,259)，主要基于陆地棉种内SNP变异定制，非常适于陆地棉种内基...
- 郭旺珍张天真蔡彩平
