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马尾松转录组测序和分析被引量：26: 2013年; 本研究首次构建了马尾松均一化cDNA文库,采用Illumina高通量测序技术对转录组进行了测序,利用生物信息学方法开展基因表达谱的研究、功能基因的预测。EST序列拼接获得83680个contig,其中33772个contig被注释为相应的331669对生物学功能,10647个contig被注释具有酶功能。根据KEGGpathway数据库,对马尾松转录组的contig进行Pathway生物学通路的注释和预测,共识别出10647个contig具有对应的1029种酶功能,并关联到135条生物学通路。SSR查找发现,从83680个contig中找到889个SSR位点,占contig总数的比例为1.06%。其中,三核苷酸重复所占比例最高,达到48.37%,其次是六核苷酸重复,为19.12%,比例最低的是四核苷酸重复,仅为4.72%,二核苷酸重复和五核苷酸重复基本相同,分别为14.62%和13.16%。SSR不同重复基元类型中,出现频率最高的为AT/AT,其次是AGC/CTG和AAG/CTT。; 王晓锋何卫龙蔡卫佳阮倩倩潘婷季孔庶; 关键词：马尾松转录组测序 SSR

马尾松RCA基因的克隆和序列分析被引量：3: 2015年; 1,5-二磷酸核酮糖羧化/加氧酶(Rubis CO)活化酶(RCA)是体内活化光合作用限速酶—Rubis CO的重要酶。本研究通过反转录PCR和c DNA末端快速扩增技术,从马尾松中分离得到了Pmrca1(登录号KF420118)和Pmrca2(登录号KF420119)两条RCA基因c DNA序列。两条序列均包含完整的编码区与5'端和3'非翻译区,长度分别为1 816 bp和1 953 bp,编码Pm RCA1和Pm RCA2两个蛋白,长度分别为480和440个氨基酸。序列分析发现两个蛋白质都具有RCA和AAA+蛋白家族(ATPase associated with various cellular activities)特异性结构域和定位于叶绿体的转运肽,Pm RCA1还具有RCA大同工型特有的由两个半胱氨酸(Cys)残基组成的保守结构。多重序列比对显示,这两个蛋白质序列分别与红花槭的RCA大同工型和小同工型的相似性达到78%。将Pm RCA1和Pm RCA2与20种不同物种RCA构建进化树,发现其与地中海松属于同一分支。研究结果为进一步分析马尾松RCA的功能和光合作用机制奠定了基础。; 潘婷张逢凯王晓锋阮倩倩刘靖盛璐季孔庶; 关键词：马尾松 RCA RACE DNA克隆

马尾松人工中龄林间伐与施肥效应被引量：4: 2012年; 于宁乡、湘乡、道县选择18、19、21年生的马尾松人工中龄林,对其间伐与施肥效应进行研究,结果表明:间伐与施肥1年后,缩短了轮伐期1～4年。宁乡试验点胸径平均增长了2.26 cm,较对照的增长量大1.89 cm,平均增长率达15.44%;单株材积平均增长了0.023 2 m3,较对照的增长量大0.014 8 m3,平均增长率达19.72%;单位面积材积平均增长了0.267 5 m3/667 m2,较对照的增长量大0.256 1 m3/667 m2,平均增长率达2.82%;胸径增长量和单株材积增长量均以保留密度为50株/667 m2的处理最大,而单位面积材积增长量则以保留密度为70株/667 m2的处理最大。湘乡试验点的单株材积增长显著,平均增长率达62.65%;道县试验点的单位面积材积增长显著,平均增长率为5.29%。差异显著性检验结果是:密度、施肥方式和区组间的胸径增长量均存在极显著差异,同时,密度×施肥方式和施肥方式×区组对胸径增长的交互作用也达到了极显著;单株材积增长量在密度间的差异达到了极显著;单位面积材积增长量在施肥方式间的差异极显著。; 唐效蓉蒋胜铎张翼杨骏陶建军周建湘李继华王晓锋; 关键词：马尾松人工林中龄林间伐施肥

基于松属不同树种EST序列的马尾松SSR引物开发被引量：2: 2013年; 利用松属5个树种的EST序列,分别树种查找SSR位点,采用Primer3.0软件进行引物设计。设计的5个树种的EST—SSR引物中:所占比例最高的均为三核苷酸重复,其次是六核苷酸重复,两者之和都达到了64%以上;四核苷酸重复所占比例均为最低。从设计的引物中分别不同树种各选取20对进行引物合成和通用性检测以及马尾松群体检测,结果表明:松属5个树种的EST序列开发的马尾松SSR引物,其在马尾松中的扩增成功率为60%～80%;最高的是辐射松,最低的是海岸松,平均为72%。通用性最好的为辐射松,属内的通用性为94%;属间和科间通用性也分别达到75%和44%。不同树种序列来源的EST—SSR引物,其扩增成功率在10%～30%;最高的是北美短叶松,其次是辐射松,最低的是扭叶松和火炬松;平均为17%。; 王晓锋季孔庶何卫龙; 关键词：松属马尾松 SSR

转基因杨树外源基因PCR检测模板DNA的快速制备: 2009年; 用带盖离心管定量取转基因毛白杨组培苗及其室外8 a生植株叶片,加入DNA提取缓冲液研磨,离心后取上清液稀释5倍。取1μL作为PCR模板DNA检测杨树外源Bt和Npt II基因。PCR产物经琼脂糖凝胶电泳检测,目的条带清晰,可重复性强。; 王晓锋潘建芝李燕玲杜克久; 关键词：PCR检测

黄杨属植物ITS序列分子进化特点分析被引量：5: 2011年; 黄杨属植物种类多,分类较为混乱,特别是中国特有种珍珠黄杨的分类地位和系统进化存有争议,鉴于此,本文选取黄杨属5种植物和珍稀濒危植物珍珠黄杨的5个居群,对其rDNA ITS序列分析,结合GenBank中报道的黄杨属其它9个种,以板凳果属顶花板凳果的ITS序列为参照,用成对比较的方法对黄杨属18种植物的ITS序列比较发现,黄杨属ITS序列的碱基替换情况是转换数大于颠换数,ITS-1区间碱基发生转换和颠换的数目基本相似,而ITS-2区间碱基发生转换的数目大于颠换数,同样存在于5.8S区。用朱克斯和坎托一参数模型和木村两参数模型对黄杨属ITS序列的替换率计算,无论是ITS-1、ITS-2还是5.8S序列都未达到显著差异。但由于ITS-2序列碱基的变化转换明显大于颠换,所以两参数模型计算所得结果大于一参数模型;对黄杨属不同聚类群分子进化相对速率检测发现,该属不同聚类群的ITS序列分子进化速率存在明显差异。本研究从相对速率检测和分子系统进化分析发现,珍珠黄杨并非瓜子黄杨的变种,而是属于姊妹种,并且发现珍珠黄杨与大花黄杨的亲缘关系相对较近。; 王晓锋刘娜娜季孔庶; 关键词：黄杨属 ITS序列分子进化

马尾松胚乳DNA高效提取及SSR-PCR体系优化被引量：7: 2013年; 以马尾松胚乳为试验材料,用CTAB-SDS法提取单粒胚乳DNA,对其浓度和纯度进行检测。结果表明:运用CTAB-SDS法提取的马尾松胚乳DNA浓度高、纯度好,琼脂糖凝胶电泳条带清晰,点样孔干净。此外,还对影响PCR结果的Mg2+、dNTP、模板DNA、引物浓度、TaqDNA聚合酶5个因素进行了正交设计试验,建立了适合马尾松SSR-PCR的反应体系:即在10μL反应体系中,Mg2+浓度为2.80 mmol/L,dNTP浓度为0.35 mmol/L,引物浓度为0.075μmol/L,模板DNA浓度为20 ng/10μL,TaqDNA聚合酶浓度为0.50 U/10μL。; 何卫龙杨立恒王晓锋林能庆季孔庶; 关键词：马尾松 SSR-PCR

一种同时提取马尾松针叶总RNA和基因组DNA的方法: 以马尾松针叶为材料建立了同时提取总RNA和基因组DNA的方法。采用CTAB-LiCl沉淀方法提取总RNA，LiCl4℃过夜，沉淀用于提取总RNA，上清液用于提取基因组DNA。总RNA纯度好，A260/A280比值在1.8...; 季孔庶王晓锋何卫龙夏诗宽; 文献传递

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王晓锋