王凯莉
- 作品数：3 被引量：5H指数：2
- 供职机构：南京航空航天大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术文化科学医药卫生更多>>
- 融合多平台表达数据的转录组差异表达分析被引量：3
- 2018年
- 差异表达分析是转录组研究的基本目标之一,对揭示基因功能和调控规律以及选择性剪切的波动变化具有重要作用.基因芯片与RNA-Seq是当前主流的测量转录组表达水平的两种实验平台,并被广泛应用于转录组差异表达分析.随着测序技术的发展,测序成本不断降低,许多研究采用多种测量平台以获得更为准确的结果.当前公共数据库中积累了大量的基因芯片和RNA-Seq表达数据,为多平台转录组数据分析提供了研究空间.研究表明:融合多平台表达数据能够提高差异表达分析的准确性和可靠性.大多数现有的融合多平台表达数据的差异检测研究主要对多种类型的基因芯片表达数据进行融合,较少考虑RNA-Seq表达数据.并且现有方法忽略了很多有用的信息,例如测量误差和重复实验产生的波动性.针对现有方法存在的问题,该文提出了融合多平台转录组数据的差异检测模型mpDE(multi-platform Differential Expression model),寻找差异表达的基因和异构体.该模型将不同实验平台的表达数据和表达水平的技术性测量误差融入到模型中,同时考虑了同一平台在不同条件下的生物重复或技术重复的波动性,从而提高差异检测准确度.该文将mpDE应用到两个人类多平台表达数据集进行差异表达检测,涉及了Affymetrix的传统3’芯片、外显子芯片、HTA2.0芯片,RNA-Seq四种常用的转录组表达水平测量平台.该文将mpDE计算结果与单平台的差异检测结果和其他多平台表达数据融合算法进行了对比.实验结果表明,mpDE获得了更为准确的差异检测结果,差异基因检测准确率与以往方法相比提高了2%~8%;差异异构体检测准确率提高了1%~15%.
- 王凯莉张礼刘学军
- 关键词：多平台差异表达分析基因芯片RNA-SEQ生物信息学
- 多实验平台下基因及异构体表达分析综述被引量：1
- 2017年
- 转录组学研究近几年成为生命科学和医学领域的研究热点,基因表达水平测量则是转录组学研究的基础。差异基因表达分析对于了解基因功能具有重要作用,而差异异构体表达分析则能够反映选择性剪切变化的情况。当前大规模测量基因表达水平的实验平台主要包括基因芯片,以及基于高通量测序技术的RNA-Seq。首先介绍广泛使用的Affymetrix传统3'基因芯片、外显子芯片、较新的全转录组芯片,以及基于RNA-Seq技术的Illumina平台4个主流实验平台的技术原理;其次从基因表达水平计算和差异表达分析两方面介绍每个平台下一些主流数据分析方法和该研究设计的方法,分析每个平台下各数据分析方法的优劣,并进一步展示在标准数据集上一些代表性方法的对比结果。
- 王凯莉张礼刘学军
- 关键词：RNA-SEQ基因表达分析
- 基于指纹识别与RFID技术的体育锻炼考勤系统被引量：2
- 2013年
- 课后体育锻炼考勤的本意是希望学生能在进入大学后参加体育活动,借此锻炼身体,同时校园锻炼考勤也是学校体育成绩的一部分。针对目前系统不能保证评分公平,设计了一种新式的考勤系统,系统采用更为严格的指纹签到技术,使用RFID技术追踪运动情况,提高了考勤的公平性,并起到督促大家真正参与锻炼,养成锻炼身体的习惯。
- 高航赖尚琦王凯莉张倩顾茗琛傅亚煌
- 关键词：指纹识别RFID技术考勤系统
