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深度测序法在检测HCV不同基因型/亚型混合感染中的应用被引量：2: 2015年; 目的将深度测序法用于HCV感染者中不同基因型/亚型混合感染的检测。方法 2例HCV RNA阳性血浆标本(标记为1和2号标本),以NS5B和E1编码区为目的基因,经RT-PCR扩增后做sanger核苷酸序列测定,对其做基因分型发现2个编码区的分型结果后,重复3次NS5B基因PCR扩增;合并3次PCR产物用Ion TorrentTM半导体测序仪做深度测序。获得的序列用Geneious软件的"The map to reference algorithm"和"De novo assembly"2种方法做序列分析和比对,并用Mega 5构建进化树。结果 sanger测序:1、2号标本NS5B基因分型均为1b,E1基因分型均为2a;深度测序:2个标本均为HCV 1b与2a混合感染,其中The map to reference algorithm(Geneious)方法显示,1号标本中1b占92.7%、2a占3.8%、没有比对到的序列(unused seq)占3.5%,2号标本相应为84.3%、5.4%,没有比对到的序列占10.3%;De novo assembly(Geneious)方法显示,1号标本中1b占96.3%、2a占3.7%,2号标本相应为94.1%、5.9%。结论深度测序技术可以精确地获得HCV混合感染的不同基因型/亚型信息,De novo assembly(Geneious)分析HCV的深度测序数据更为精确和直观。; 许茹黄杰庭王敏梁明月廖峭黄珂熊华平戎霞付涌水; 关键词：丙型肝炎病毒 HCV基因型

广州地区吸食毒品人员丙型肝炎病毒感染的分子流行病学研究被引量：2: 2017年; 目的了解广州地区男性吸食毒品人群丙型肝炎病毒(hepatitis c virus,HCV)感染率以及分子流行病学。方法收集2011年1~12月广州地区男性吸食毒品人员共418份外周静脉血标本。采用2种ELISA试剂对标本进行抗-HCV检测,双试剂呈反应性的标本进行HCV RNA检测,RNA阳性者通过HCVE1和NS5B基因片段的序列测定获得HCV基因分型;RNA阴性的标本采用重组免疫印迹试验(recombinant immunoblot assay,RIBA)对抗-HCV进行确证。采用SPSS进行统计分析,P<0.05为差异有统计学意义。结果 418份标本中,HCV RNA阳性118份,HCV RNA阴性、RIBA确证阳性14份,HCV感染率为31.58%(132/418),HCV感染者中RNA阳性率为89.39%(118/132)。HCV感染率与吸毒开始年份(χ2=36.08,P=2.79×10-7)以及吸毒时间的长短(χ2=17.62,P=0.001)有关。93例标本成功获得6种HCV基因分型:1a(6.45%)、1b(5.38%)、3a(7.53%)、3b(23.66%)、6a(55.91%)和6e(1.07%)。结论广州地区男性吸食毒品人员HCV感染率较高;2001年之后开始吸毒的人的HCV感染率显著低于2001年之前开始吸毒的人群,吸毒时间越长,HCV感染率越高;HCV 6a和3b为该人群主要的流行亚型。; 王敏廖峭许茹熊华平宋丹丹尤庆柱单振刚黄杰庭黄珂戎霞付涌水; 关键词：丙型肝炎病毒基因分型分子流行病学

机体自发清除丙型肝炎病毒和主要组织相容性复合体区域单核苷酸多态性关联的初步研究被引量：2: 2014年; 目的了解中国丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)感染人群机体自发清除HCV和主要组织相容性复合体(major histocompatibility complex,MHC)区域单核苷酸多态性(single-nucleotide polymorphism,SNP)的关联性。方法选择96名抗-HCV阳性并成功随访1年的献血者为研究对象,分为自发清除组(HCV RNA阴性)和慢性感染组(HCV RNA阳性),采用Illumina MHC Mapping Panel试剂盒对两组人群进行MHC区域的SNPs检测,利用SPSS16.0分析软件、Matlab软件编程,采用t检验、χ2检验及分层分析等方法对各SNP位点及性别、年龄因素与HCV清除与否进行关联性分析。结果获得HCV自发清除组和慢性感染组样本分别为19份和77份。两组间年龄差异无统计学意义(t=0.610,P=0.543),HCV自发清除组中女性感染者的比例明显高于男性(χ2=17.668,P=2.63×10-5)。检测的1 293个SNPs中,rs2246626(χ2=10.777,P=0.001)、rs12386522(χ2=7.725,P=0.005)、rs2534679(χ2=7.522,P=0.006)和rs1264457(χ2=6.821,P=0.009)与HCV的自发清除显著相关。结论MHC区域共发现4个与HCV自发清除存在显著性关联的SNPs,女性发生HCV自发清除比例高于男性。该结果将为进一步研究机体自发清除HCV和MHC基因的关联奠定基础。; 戎霞王敏黄杰庭黄珂许茹廖峭熊华平付涌水; 关键词：丙型肝炎病毒主要组织相容性复合体单核苷酸多态性

广州地区HBV DNA^+/HBsAg^-献血者分子生物学特征被引量：4: 2015年; 目的分析广州地区HBV DNA+/HBs Ag-献血者HBV基因型和S区"a"决定簇及主要亲水区(MHR)分子生物学特征,为进一步阐明OBI的分子机制提供参考。方法采用两种ELISA试剂和单人份核酸检测(NAT)平行检测的方法对广州市2013年10月至2014年5月无偿献血者血液标本进行筛查,采用巢式PCR对筛查出的HBV DNA+/HBs Ag-标本S区进行扩增,扩增成功作为实验组。随机选取13例HBV DNA+/HBs Ag+献血者标本作为对照组。对两组标本进行基因分型,分析"a"决定簇和主要亲水区(MHR)的置换位点和置换率。结果对筛查到的60例HBV DNA+/HBs Ag-标本S区进行巢式PCR扩增,有19例扩增成功,两组在基因型分布方面没有统计学差异。实验组MHR区氨基酸序列置换率高于对照组(P<0.05),两组在"a"决定簇氨基酸置换率没有统计学差异。19例实验组中变异比较多的位点为T126和Q129,分别为6和7次。实验组21号标本MHR出现6次变异,是置换率最高的一例。各组均未发现有基因缺失情况。结论 HBV DNA+/HBs Ag-献血者S基因MHR存在较大变异,MHR变异对OBI的影响可能大于"a"决定簇,T126和Q129变异可能成为现有引起OBI新的高突变率点。; 王膗郑优荣熊华平黄伯泉杜荣松黄志建谢君谋李仲平梁浩坚付涌水; 关键词：隐匿性HBV感染无偿献血

HCV基因型分布在我国的变化趋势研究: 许茹戎霞黄珂王敏黄杰庭熊华平廖峭付涌水

广州地区2000-2010年无偿献血者HBsAg流行状况分析被引量：15: 2013年; 目的了解广州地区无偿献血人群HBsAg阳性的流行状况,为制定及招募安全血源提供科学依据。方法回顾性调查分析广州地区2000年1月至2010年12月无偿献血人群2 520 179例,对HBsAg检测结果进行统计分析。结果2000-2010年广州地区无偿献血者HBsAg阳性率为0.93%,其中2007-2010年间HBsAg阳性率有升高趋势(χ2=61.024,P<0.001)。HBsAg阳性率在不同性别、年龄、职业、学历间差异均有统计学意义(χ2=3596,P<0.001;χ2=442.6,P<0.001;χ2=216.4,P<0.001;χ2=2013.0,P<0.001)。男性HBsAg阳性率高于女性;18～岁组HBsAg阳性率低于其他年龄组;工人、农民及学历较低者有较高的HBsAg阳性率。结论广州地区无偿献血人群HBsAg保持较平稳流行率,2007-2010年有升高趋势,应进一步加强乙肝防控工作。鼓励年青人献血更有利于保障临床输血安全。; 熊华平戎霞许茹王敏黄珂黄杰庭廖峭付涌水; 关键词：乙型肝炎病毒乙肝表面抗原无偿献血者

广州无偿献血人群中丙型肝炎抗体阳性者HCV基因型与病毒载量的关系被引量：13: 2012年; 目的:了解最新广州地区无偿献血人群丙型肝炎病毒(HCV)基因型与病毒载量的关联性。方法:收集2008～2011年广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本605份,采用荧光定量PCR(Q-PCR)的方法对其进行核酸及病毒载量检测,阳性标本作NS5B基因扩增;核苷酸序列测定后运用DNASTAR、BioEdit和Mega4.0等软件作序列分析和基因分型,采用SPSS16.0软件对病毒载量与基因型(亚型)的关联性进行分析。结果:337份HCV RNA阳性的标本扩增出NS5B基因320份,HCV 1b、6a、3a、2a、3b、1a、6n比例依次为45.00%、33.44%、8.75%、7.81%、4.38%、0.31%和0.31%。HCV1b与2a、3a、6a、6a与2a、3a之间病毒载量存在显著差异:HCVba病毒载量高于2a、3a和6a,HCV6a病毒载量高于2a和3a。结论:广州地区无偿献血人群中HCV1b和6a为主要亚型且其病毒载量高于其他亚型。; 廖峭许茹王敏黄珂熊华平叶欣戎霞罗广平付涌水王继红; 关键词：病毒载量

广州地区无偿献血者HCV基因分型与病毒滴度的相关性研究被引量：9: 2012年; 目的探讨丙型肝炎病毒(hepatitis C virus,HCV)6a亚型与病毒滴度的关系。方法从2009年11月～2011年8月收集广州地区无偿献血人群中抗-HCV阳性标本527份,对其进行HCV核酸检测(nucleic acid test,NAT)。对核酸阳性的标本采用罗氏COBAS AmpliPrep/COBAS TaqMan HCV test进行病毒滴度的定量检测,以及采用NS5B基因扩增和直接测序法进行HCV基因分型的鉴定。对于标本的病毒滴度与基因分型采用SPSS16.0软件进行关联性分析。结果 527份抗-HCV阳性标本中,299份标本成功获得病毒滴度和分型结果。HCV 1型(1a+1b)、2型(2a)、3型(3a+3b)和6型(6a)的比例分别为48.8%,8.7%,12.4%和30.1%。统计分析结果表明,不同基因型之间的病毒滴度存在显著差异(F=6.675,P<0.01)。HCV 1型和6型的平均滴度分别为6.04,6.15 log10 IU/ml,均高于2型和3型(平均滴度分别为5.66和5.49 log10 IU/ml)。结论 HCV 1b和6a是广东地区无偿献血者人群中流行的主要亚型。HCV 1型(1a+1b)和6型(6a)的病毒滴度显著高于2型和3型。HCV 6a在广东地区的流行和传播可能其较高病毒滴度有关。研究HCV基因分型与病毒滴度的关系的研究有助于广东地区HCV的防控策略以及各亚型治疗方案的制定。; 黄杰庭戎霞熊华平许茹黄珂王敏付涌水; 关键词：丙型肝炎病毒病毒滴度基因分型 HCV 无偿献血者

血站科研文化建设及科研课题申请书的撰写: ＜正＞目的探讨血站如何建设科研文化及撰写科研课题申请书。方法通过分析目前血站在科研文化建设方面存在的主要问题,结合行业特点提出血站文化建设的思路;通过分析科研课题申请书撰写的要素,借鉴其他专家的经验和结合作者撰写科研课题...; 付涌水戎霞熊华平许茹; 文献传递

开展HBV和HCV核酸检测条件下献血者ALT筛查的意义探讨被引量：11: 2015年; 目的探讨开展HBV和HCV核酸检测条件下采供血机构筛查献血者ALT的意义。方法对2010-2014年在广州血液中心献血后,经4项双试剂ELISA检测和ALT检测,仅单项ALT阳性的20 963名献血者的HBV/HCV核酸检测结果进行分析。采用分层随机抽样的方法抽取2012年在中心献血的上述献血者603名,对其进行间隔时间至少为半年的随访,每次随访均进行ALT、全项血清学ELISA检测及HIV、HBV和HCV NAT检测。结果20 963名单纯ALT阳性献血者经HBV/HCV/HIV核酸鉴别试验检出5例HBV DNA阳性,检出率为0.2‰;分别按性别、年龄和献血时间比较其ALT不合格率,组间差异均有统计学意义(P<0.05);603名单项ALT阳性献血者经随访未发现有献血者出现除ALT外其他检测项目呈反应性。结论在已经开展HBV及HCV NAT检测的地区,可以考虑取消对献血者进行ALT检测。对于尚未开展HCV或HBV NAT检测的地区,不宜简单取消献血者ALT的检测。; 陈锦艳黄伯全黎世杰熊华平黄珂王敏许茹廖峭戎霞付涌水; 关键词：无偿献血者 ALT检测核酸检测

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熊华平

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