李红春
- 作品数：8 被引量：7H指数：1
- 供职机构：华侨大学化工学院更多>>
- 发文基金：福建省自然科学基金国家自然科学基金国家教育部博士点基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于修正的伪氨基酸组成预测氧化还原酶辅酶类型被引量：1
- 2008年
- 从序列出发快速确定氧化还原酶的辅酶依赖类型对于了解其结构和功能、催化机制及构建辅酶再生体系具有重要指导作用。对Chou提出的伪氨基酸组成方法进行了修正并用于提取氧化还原酶序列特征值,采用k-近邻算法预测其辅酶依赖类型。当λ=48,w=0.1时,10倍交叉验证结果表明:其ROC曲线下面积为0.9536,预测精度达92.0%,比最优条件下伪氨基酸组成预测精度提高了3.5%;与其他7种常见特征值提取方法相比,修正的伪氨基酸组成表现最好。结果表明从序列出发预测氧化还原酶辅酶依赖类型是可行的,且修正的伪氨基酸组成可望成为一种新的有效提取蛋白质序列特征值方法。
- 张光亚李红春方柏山
- 关键词：氧化还原酶ROC曲线下面积
- 基于k-近邻算法预测蛋白质热稳定性的研究被引量：1
- 2008年
- 基于一级结构信息预测蛋白质热稳定性,对于利用计算机筛选热稳定性蛋白具有重要意义。本文采用k-近邻算法从序列出发预测蛋白质的热稳定性,用自一致性检验、交叉验证和独立样本测试等三种方法评估。仅用20种氨基酸组成作为特征变量时,识别的正确率分别可达100%,87.7%和89.6%;而引入8个新变量后,其精度分别为100%,89.6%和90.2%,对小蛋白质分子识别的精度提高了2.4%。同时探讨了蛋白质分子大小对识别效果的影响。
- 张光亚李红春方柏山
- 关键词：K-近邻蛋白质热稳定性模式识别
- 嗜压蛋白氨基酸残基溶剂可及性对其稳定性的影响被引量：1
- 2010年
- 【目的】研究嗜压微生物中蛋白质在不同结构区域的特点对了解其稳定的结构基础及设计新型嗜压酶具有重要意义。【方法】利用43对嗜压和非嗜压同源蛋白的晶体结构信息,将氨基酸所处结构分成3种:分子表面、中间区及内核区,统计了不同结构状态中氨基酸的差异。【结果】统计分析结果表明,嗜压蛋白具有明显的溶剂可及性结构特点:其分子表面Cys、Asp、Asn和Lys含量显著高于非嗜压蛋白,而Pro和Arg则相反;中间区域Ile、Met含量显著高,而Trp则相反;内核区Cys、Ile含量显著高,而Ala则相反。同时,非嗜压氨基酸在嗜压蛋白分子表面及内核区含量均显著高于非嗜压蛋白。【结论】嗜压和非嗜压蛋白在分子表面差异最为明显,将是改造嗜压酶的首选区域;同时,需要统计更多的样本,对氨基酸压力不对称指数进行修订。
- 张光亚李红春高嘉强方柏山
- 短小芽孢杆菌木聚糖酶的同源建模及分子动力学模拟
- 2011年
- 克隆并测序来源于短小芽孢杆菌的木聚糖酶基因,测定其编码产物的理化性质并鉴定其表达产物为常温酶蛋白.利用同源建模构建出具有较高精度的三级结构模型,并进行优化和评估.利用分子动力学模拟木聚糖酶基因对热不稳定的分子机制,了解影响该酶热稳定性的因素,寻找对热不稳定性的区域.通过与嗜热木聚糖酶比较发现,两者在3个区域的分子动力学行为存在较明显的差异.
- 葛慧华李红春张光亚
- 关键词：木聚糖酶短小芽孢杆菌同源建模热稳定性分子动力学模拟
- 基于不同标度伪氨基酸组成预测脂肪酶的类型被引量：1
- 2008年
- 从序列出发预测某蛋白质是否为脂肪酶以及属于哪种脂肪酶具有重要的理论和应用价值。提出了基于Z标度和T标度的伪氨基酸组成方法提取序列特征值,采用了k-近邻算法回答上述问题。经参数选择后,三种方法在各自最优运行参数下,其10倍交叉验证的结果为:对脂肪酶和非脂肪酶预测精度分别为92.8%、91.4%和91.3%;对脂肪酶类型预测的精度分别为92.3%、90.3%和89.7%。其中基于Z标度伪氨基酸组成效果最佳,基于T标度的次之,但均明显优于其他6种常见的特征值提取方法,并对其可能的原因进行了探讨。
- 张光亚李红春高嘉强方柏山
- 关键词：脂肪酶K-近邻
- 类弹性蛋白多肽的分子动力学研究
- 2011年
- 类弹性蛋白多肽因其具有特殊的相变性质,故而在重组蛋白纯化方面展现出良好的应用前景,对其发生相变的机理进行研究具有重要意义。本文利用同源建模的方法构建了类弹性蛋白多肽的三维结构并进行能量优化,之后采用分子动力学模拟手段,在300K～400K间5个不同温度下,对含有100个氨基酸残基的类弹性蛋白多肽[KV8F-20]各进行了6ns的模拟。模拟过程中,类弹性蛋白多肽发生疏水缩聚,初始结构变得更加紧凑,且温度越高折叠程度越大。水分子在类弹性蛋白多肽的相变行为中起到关键作用。经分析,结果发现疏水作用与水的排出在类弹性蛋白多肽发生相变过程中起到关键作用,类弹性蛋白多肽随着温度的升高,在疏水作用驱动下,其构象折叠程度因疏水缩聚而变得更大。此外,比较不同温度下蛋白的缩聚程度,推断类弹性蛋白多肽在375K左右发生相变,这与实验观测的结果基本吻合。据此,推测该类弹性蛋白多肽变温度范围约为95℃～102℃。这对后续调控类弹性蛋白多肽的相变具有指导作用。
- 张光亚陈智山李红春黄凯宗
- 关键词：分子动力学模拟相变温度疏水作用
- 采用伪氨基酸组成预测水解酶亚家族被引量：1
- 2010年
- 利用伪氨基酸组成提取蛋白序列特征值,考察参数λ和w对识别效果的影响,以k-近邻作为基础分类器,用于预测水解酶的亚家族类型.结果表明,伪氨基酸组成特征提取法与单纯的20个氨基酸组成特征方法相比,其识别精度有较大程度提高.20AA组成的平均预测精度为72.3%,而伪氨基酸组成特征提取的识别效果可达82.7%.在参数影响考察方面,自相关性函数个数的选取对识别效果影响较大,而权重因子w对识别效果影响则很小.
- 李红春张光亚方柏山
- 关键词：特征值K-近邻
- 氨基酸和二肽组成对嗜压微生物蛋白质稳定性的影响被引量：3
- 2009年
- 【目的】比较嗜压和非嗜压微生物中蛋白质在氨基酸和二肽组成上的差异对嗜压蛋白稳定性机理的了解及在此基础上的定向改造具有重要意义。【方法】利用4种微生物全蛋白质组信息,统计了639对直系同源序列二级结构氨基酸组成及二肽组成并计算其偏差。【结果】在β折叠和无规则卷曲中二者差异明显,β折叠中,嗜压蛋白含更多的缬氨酸,异亮氨酸,亮氨酸,更少的精氨酸,赖氨酸,天冬氨酸;无规则卷曲中,嗜压蛋白含更多的缬氨酸和异亮氨酸,更少的甘氨酸和脯氨酸。而嗜压蛋白存在更多的YM、MN、KD、QC、CI、MW、MM、CY、WQ、HC、RC和QH,更少TW、MS、VD、DH、YE、CT、MW、CF、CK、CM、MY、QI、TH、MQ、QQ和MC。【结论】二肽比氨基酸包含更多的结构和序列信息,更有利于了解嗜压蛋白稳定性机制及指导其定向改造。
- 张光亚李红春高嘉强方柏山
- 关键词：蛋白质稳定性
