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李由
作品数:
7
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供职机构:
中国科学院计算技术研究所
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相关领域:
自动化与计算机技术
医药卫生
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合作作者
王乐珩
中国科学院计算技术研究所
孙瑞祥
中国科学院计算技术研究所
迟浩
中国科学院计算技术研究所
贺思敏
中国科学院计算技术研究所
付岩
中国科学院计算技术研究所
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机构
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中国科学院
作者
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李由
6篇
孙瑞祥
6篇
王乐珩
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付岩
5篇
贺思敏
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迟浩
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王海鹏
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秀丽蕴
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周郴
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贾伟
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2014
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2011
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2010
1篇
2009
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一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统
本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统,其中该方法包括:步骤1,根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组,并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀;步骤2,基于最长公共前缀和酶切规...
周郴
迟浩
王乐珩
李由
吴研洁
付岩
孙瑞祥
贺思敏
文献传递
一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统
本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法,包括:为肽序列设定质量区间;为计数窗口设定大小,并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围;对蛋白质数据库做模拟酶切,根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列...
李由
李德泉
王乐珩
迟浩
王海鹏
付岩
孙瑞祥
贺思敏
刘超
袁作飞
王文平
秀丽蕴
文献传递
一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统
本发明公开了一种用后缀数组加速大规模蛋白质鉴定的方法及其系统,其中该方法包括:步骤1,根据数据库中的蛋白质序列创建相应的后缀数组,并根据所述后缀数组推断与所述蛋白质序列相应的最长公共前缀;步骤2,基于最长公共前缀和酶切规...
周郴
迟浩
王乐珩
李由
吴研洁
付岩
孙瑞祥
贺思敏
一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法及相应的系统
本发明提供一种规模化蛋白质鉴定中的索引加速方法,包括:为肽序列设定质量区间;为计数窗口设定大小,并结合质量区间设定计数窗口的数目以及各个计数窗口的范围;对蛋白质数据库做模拟酶切,根据模拟酶切所得到的肽序列的质量计算肽序列...
李由
李德泉
王乐珩
迟浩
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袁作飞
王文平
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一种对字符串排序和查找的方法
本发明提供一种对字符串进行排序的方法,包括:为所要排序的所有字符串中的字符分类,为一个类别的字符赋予一个数值,不同类别的字符所赋予的数值互不相同;结合各个字符所赋予的值,采用哥德尔编码方法对所要排序的各个字符串分别进行编...
李由
贺思敏
付岩
袁作飞
迟浩
王海鹏
王乐珩
孙瑞祥
文献传递
蛋白质鉴定搜索引擎中索引加速技术研究
利用质谱数据搜索蛋白质序列数据库是当前最常用的规模化蛋白质鉴定方法。近年来,蛋白质序列数据库的规模正在以指数级增长;质谱数据的生成速度不断加快;对非特异性酶切和多种类型翻译后修饰的鉴定需求也在不断增加,这些因素对蛋白质搜...
李由
关键词:
蛋白质组学
蛋白质鉴定
数据库索引
倒排索引
大规模蛋白质翻译后修饰鉴定的新方法研究
孙瑞祥
王京兰
王乐珩
卢庄
李由
王海鹏
袁作飞
林宇
贾伟
研究了大规模蛋白质翻译后修饰(Post-TranslationalModifications,PTM)的质谱分析与鉴定方法,总体研究内容为:发展并完善规模化蛋白质PTM的分离与鉴定技术方法,规模化分离富集和鉴定以小鼠肝脏...
关键词:
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蛋白质组
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