孙永
- 作品数：70 被引量：289H指数：9
- 供职机构：安徽省疾病预防控制中心更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金安徽省自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生轻工技术与工程更多>>
- 2015-2019年安徽省致泻性大肠埃希菌分型及耐药性分析被引量：7
- 2020年
- 目的了解安徽省致泻性大肠埃希菌(DEC)的菌群流行特点及耐药趋势,为安徽省DEC腹泻病的诊断和治疗提供科学依据。方法采集安徽省2015―2019年腹泻患者粪便样本,采用多重实时荧光定量PCR对细菌进行鉴定与分型,采用微量肉汤稀释法对细菌进行药敏试验。结果从6120份粪便中分离出DEC 557株,主要病原型为:非典型肠聚集性大肠埃希菌(aEAEC)191(34.29%)株,产肠毒素性大肠埃希菌(ETEC)153(27.47%)株,非典型肠致病性大肠埃希菌(aEPEC)108(19.39%)株,典型肠聚集性大肠埃希菌(tEAEC)77(13.82%)株,肠侵袭性大肠埃希菌(EIEC)11(1.97%)株,典型肠致病性大肠埃希菌(tEPEC)3(0.54%)株。药敏检测多重耐药255(45.78%)株;同种病理类型不同年份耐药性存在差异:aEAEC:氨苄西林/舒巴坦(AMS),萘啶酸(NAL),头孢西林(CFZ);tEAEC:AMS,CFZ,阿奇霉素(AZM);EPEC(aEPEC,tEPEC):氨苄西林(AMP),AMS,CFZ;ETEC:NAL,AZM,环丙沙星(CIP)。不同病理类型耐药性存在差异的抗生素有:AMP,AMS,四环素(TET),NAL,红霉素(ERY),氯霉素(CHL),头孢噻肟(CTX),CFZ,庆大霉素(GEN),甲氧苄啶/磺胺甲恶唑(SXT),AZM和CIP。2015―2019年,tEAEC对CFZ,EPEC对AMP,AMS和CFZ,ETEC对NAL和CIP,耐药性呈增强趋势。结论本地区DEC流行的主要型别是:aEAEC、ETEC、aEPEC和tEAEC。DEC的耐药情况较严重,常用抗生素AMP、AMS、NAL、CFZ和CIP在不同年份和不同病理类型间,耐药性差异明显,耐药性分析结果为临床合理使用抗生素,遏制抗菌药物耐药性增加提供参考。
- 李春陈国平孟昭倩王利陈晴晴孙永张竹慧
- 关键词：致泻性大肠埃希菌耐药性
- PCR-核酸飞行时间质谱系统检测新型冠状病毒方法的建立及应用研究被引量：11
- 2020年
- 背景新型冠状病毒肺炎(COVID-19)在全球暴发,实验室检测结果是疾病诊断的重要依据,检测方法的灵敏度和特异度是影响实验结果的关键因素,现实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)核酸检测方法是COVID-19确诊的通用方法,但其检测灵敏度有方法局限性,依赖标本病毒含量。通过对PCR-核酸飞行时间质谱检测方法的优化,从而提高对低新型冠状病毒(SARS-CoV-2)含量病例检测的灵敏度,可为现有方法做有效补充。目的应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)原理,在Clin-ToFⅡ飞行时间质谱系统上,建立PCR-核酸飞行时间质谱(PCR-TOF MS)系统检测SARS-CoV-2的方法,并评估其实际应用价值。方法2020年2—3月于上海市临床检验中心室间质评阳性样本40份、阴性样本7份,国家卫生健康委员会室间质评阳性样本41份、阴性样本33份,本实验室购买阳性质粒及稀释样本32份,健康人样本28份,空白对照超纯水5份,共186份样本作为建立PCR-TOF MS系统数据。于2020年1—2月收集安徽省内临床送检到安徽省疾病预防控制中心的疑似COVID-19患者上呼吸道样本80份(咽拭子样本55份、痰液样本25份)及健康人群样本20份(均为咽拭子样本)作为评估PCR-TOF MS系统效果的数据。建立PCR-TOF MS系统试验体系步骤,包括PCR扩增、虾碱性磷酸酶(SAP)消化、单碱基延伸和质谱检测;并基于阳性质粒优化模版量,根据186份样本检测质谱峰的信噪比(SNP)确定该方法在SARS-CoV-2检测时的判读标准。对80份疑似SARS-CoV-2样本和20份健康人群样本进行检测分析,并与实时荧光定量PCR法进行对比。结果通过对PCR-TOF MS模板条件的优化,模版量6μl时,扩增产物可获得典型的质谱峰图。建立的PCR-TOF MS反应体系可以对SARS-CoV-2核酸的开放读码框1ab(ORF1ab)基因和核壳蛋白(N)基因进行有效扩增检测。本研究PCR-TOF MS方法对临床疑似病例样本的检出率为9
- 王俊张栋陈晴晴俞俊岭杨奕乔亮孙永
- 关键词：新型冠状病毒基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱核酸检测
- 2020-2021年安徽省急性胃肠炎疫情中GI组诺如病毒基因型多样性分析被引量：4
- 2022年
- 目的了解安徽省急性胃肠炎疫情中GI组诺如病毒基因型别分布和进化特征。方法收集2020年5月至2021年4月急性胃肠炎聚集性疫情病例诺如病毒核酸阳性肛拭子标本,荧光定量PCR分型检测诺如病毒GI和GII基因组,采用RT-PCR扩增GI组诺如病毒聚合酶区(RNA-dependent RNA polymerase,RdRp)和VP1区部分基因片段并测序。运用诺如病毒在线分型工具鉴定基因型别,利用MEGA 6.0软件构建RdRp和VP1区基因系统进化树。结果45起疫情142份诺如病毒核酸阳性标本中检出23份为GI阳性,占19%(23/142);119份为GII阳性,占81%(119/142)。20份GI阳性标本PCR扩增产物测序成功。获取的20株诺如病毒RdRp-VP1区序列有6种分型,包括2株GI.1[P1]、2株GI.3[P10]、5株GI.3[P13]、2株GI.4[P4]、7株GI.5[P4]、2株GI.6[P11]。系统进化树显示:GI.1[P1]型安徽株与韩国株(MZ021974)、法国株(MK956173)同属一个进化分支;GI.3[P10]和GI.3[P13]型安徽株与中国台湾株(MN922742)、四川株(MW255366)、韩国株(MZ022026)进化距离较近;GI.4[P4]和GI.5[P4]型安徽株与2019年湖南株(MN938461)、2021年广东株(OK562729)处于一个进化分支;GI.6[P11]型安徽株独立为一个进化簇,与陕西株(MW243609)、日本株(LC646339)进化距离较近。结论安徽省急性胃肠炎GI组诺如病毒基因型分布呈多样性,有必要开展感染性腹泻疫情分子溯源监测。
- 史永林傅荔艳金晶葛盈露王鹏程鹏张文艳孙永
- 关键词：诺如病毒急性胃肠炎基因型进化特征
- 一起肠炎沙门菌食物中毒病原学检测与溯源分析被引量：6
- 2016年
- 目的调查一起由西式糕点引起的食物中毒事件,对分离出的沙门菌进行毒力基因检测和分子分型分析,为溯源提供依据,也为今后处理此类事件提供借鉴。方法采集患者粪便标本和剩余食物标本,分离致病菌并对病原菌分离鉴定,用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对所分离的5株肠炎沙门菌菌株进行同源性分析,并用PCR方法对其毒力基因inv A、ipa B和sef A进行检测。结果 2份剩余的肉松面包和3份患者粪便标本均检出肠炎沙门菌,血清型为9,12:g,m:-。5株肠炎沙门菌PFGE图谱完全相同,同源性为100%。inv A、ipa B和sef A 3种毒力基因均被检出。结论结合本次流行病学调查资料、菌株分离鉴定结果和PFGE检测结果,证实本次食物中毒是由肠炎沙门菌污染肉松面包引起,且菌株均携带多种毒力基因。
- 张艳王睿查涛刘文孙永邓昊敏
- 关键词：肠炎沙门菌食物中毒病原学脉冲场凝胶电泳毒力基因
- 安徽省新型布尼亚病毒基因测序鉴定方法的建立被引量：1
- 2012年
- 目的建立发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒基因测序鉴定方法,对安徽省在2011年从病人血清中分离到的10株疑似发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒进行基因测序鉴定,并分析其序列特征。方法设计引物,RT-PCR法扩增病毒核酸,对扩增产物进行测序分析。结果设计的三对引物可有效扩增核酸序列,10株疑似发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒L、M、S三段基因序列和2010年我国发现毒株序列相似性93%以上,10株病毒和Phlebovirus AH12、Phlebovirus HN6两株病毒同属于一个进化分支,和白蛉病毒属的其它病毒株不在一个分枝上。结论 2011年从病人血清中分离到的10株病毒为发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒,应加强安徽省对该病的监测,有效预防大范围传播。
- 孙永胡万富张永根何军王俊袁媛
- 关键词：发热伴血小板减少综合征布尼亚病毒RT-PCR
- 安徽省早期甲型H1N1流感病毒的血凝素基因序列分析被引量：3
- 2010年
- 目的检测、分析安徽省甲型H1N1流感早期病例的病毒血凝素(HA)基因的序列特征。方法RT-PCR方法扩增我省早期流感样病例的病毒核酸并对其HA基因序列进行分析比对。结果我省早期甲型H1N1流感病例的病毒HA基因与2009年全球流行的甲型H1N1流感病毒高度同源,与古典型猪流感亲缘性较近,与欧洲和亚洲分离的A/H1N1猪流感和A/H1N1禽流感亲缘关系较远。结论我省早期流行的甲型H1N1流感毒株HA基因可能由古典型猪流感进化而来,与WHO选定的甲型H1N1疫苗候选株同源性较高,对于人季节性流感A/H1N1疫苗可能并不敏感。
- 何军孙永王俊史永林胡万富马明英刘丽萍
- 关键词：甲型H1N1流感病毒RT-PCR血凝素基因
- 安徽省2017-2018年手足口病柯萨奇病毒A6型基因进化特征分析被引量：7
- 2021年
- 人肠道病毒A组71型(Enterovirus A71,EV-A71)和柯萨奇病毒A组16型(Coxsackievirus A16,CV-A16)是引起手足口病(Hand,foot,and mouth disease,HFMD)的主要病原体。近年来非EV-A71和非CV-A16的其他肠道病毒(Enterovirus,EV)已成为HFMD流行或暴发疫情的优势病原体。安徽省HFMD监测数据显示,2017-2018年HFMD样本非EV-A71和非CV-A16其他EV核酸阳性率超过50%,其中大部分为柯萨奇病毒A组6型(Coxsackievirus A6,CV-A6)。为了解安徽省2017-2018年HFMD其他肠道病毒构成和CV-A6基因进化特征,本研究收集2017-2018年HFMD咽拭子EV核酸阳性标本,采用人横纹肌肉瘤(RD)细胞进行病毒分离培养,对分离到的CV-A6毒株VP1全长序列基因扩增及核苷酸序列测定。从NCBI GenBank数据库下载CV-A6原型株和代表性毒株基因参考序列,运用生物软件MEGA 6.0构建VP1基因序列系统进化树,分析其基因遗传特征。结果显示,安徽省2017-2018年HFMD实验室确诊病例其他EV占66.1%,CV-A16占23.5%,EV-A71占10.4%。52株CV-A6毒株均为D3a基因亚型,其VP1区核苷酸序列间相似度为93.7%~100%,编码的氨基酸序列相似度为98.3%~100%;与CV-A6 Gdula原型株核苷酸相似度为78%~82.3%,氨基酸相似度为94.6%~96.3%。VP1区15个氨基酸位点有变异,氨基酸位点Q98L和G160S的变异发生率为100%。其他EV已成为安徽省引起HFMD流行的重要病原体,D3基因型CV-A6为优势流行毒株。持续加强其他EV的病原学监测与分析,对安徽省HFMD防控策略制定与疫情处置具有重要意义。
- 史永林葛盈露马婉婉陈芳陈国平孙永苏斌
- 关键词：D基因型进化分析
- 安徽省新型冠状病毒分离鉴定和全基因组序列分析被引量：2
- 2020年
- 新型冠状病毒(SARS-CoV-2)作为引起全球新型冠状病毒肺炎疫情蔓延的病原体而受到广泛关注。安徽省自2020年1月起陆续出现990例新型冠状病毒肺炎确诊病例。为探索SARS-CoV-2分离培养和二代测序方法构建,了解该病毒在安徽省传播的变异情况,为药物筛选和疫苗研发等工作提供基础和依据,本研究选取1例新型冠状病毒肺炎确诊病例咽拭子样本接种Vero细胞进行病毒分离培养,并逐日观察细胞病变,经荧光定量PCR检测确认病毒分离培养结果;采用SARS-CoV-2全基因组捕获技术及二代测序对毒株进行全基因组测序,并通过DNASTAR Lasergene MegAlign v7.1.0和PhyloSuite v1.2.1进行序列比对和进化分析;将全基因组序列上传国家基因组科学数据中心鉴定变异位点。结果显示,样本接种Vero细胞第4d出现细胞病变,经荧光定量PCR检测确认为SARS-CoV-2毒株。该毒株基因组序列全长29 860bp,与SARS-CoV-2参比序列相似度均在99%以上,共有9个位点发生突变。与蝙蝠来源SARS样冠状病毒Bat Yunnan RaTG13相似度最高,为96.8%。本研究通过Vero细胞成功分离培养了新型冠状病毒,并分析了安徽省首个SARS-CoV-2毒株全基因组序列,为了解病毒生物学特性提供了重要的参考信息。
- 栗薇薇孙永袁媛俞俊岭陈晴晴葛盈露张竹慧何军
- 关键词：全基因组序列VERO细胞
- 2009～2011年安徽省甲型H1N1流感病毒血凝素基因特征分析被引量：8
- 2013年
- 目的分析2009～2011年安徽省甲型H1N1流感病毒血凝素基因HA基因演化特征及分子流行病学特点。方法选定2009～2011年安徽省分离的56株甲型H1N1流感毒株,对HA基因进行测序和比对分析。结果对比A/California/07/2009(H1N1),56株H1N1流感病毒的同源性为98.8%～99.7%,HA1蛋白178、187、193、202、207、220、222位发生氨基酸改变。2011年初流行的甲型H1N1毒株全部带有S202T突变。结论基因进化分析显示安徽省流行的甲型H1N1流感HA高度同源,但某些氨基酸位点发生了突变。HA1的202位氨基酸残基突变可能是引发2011年甲型H1N1流感流行的原因之一。
- 何军刘丽萍马明英王俊孙永史永林胡万富
- 关键词：甲型H1N1流感血凝素基因测序分析
- 市售生食水产品污染副溶血性弧菌的病原学分析被引量：5
- 2013年
- 目的通过对2011～2012年合肥市售生食水产品中分离的副溶血性弧菌血清型、毒力基因和耐药性的研究,了解生食海产品污染的副溶血性弧菌的病原学特征。方法按GB/T4789.7-2008方法进行分离鉴定,用PCR技术检测不耐热溶血素(tlh)基因、耐热直接溶血素基因(tdh)和耐热直接溶血素相关溶血素基因(trh)。药敏试验采用K-B法。结果两年检获的65株副溶血性弧菌分属11个血清群,以O2(41.54%)、O1(12.31%)、O3(12.31%)群为主。65株菌均不携带tdh和trh毒力基因,tlh基因全部阳性。药敏结果显示,65株菌对15种抗生素显示出较高的青霉素(100.0%)和氨苄西林(95.4%)耐药性。结论近年来合肥市售生食水产品中污染的副溶血性弧菌以O2血清型为主,tdh基因和trh基因均为阴性。
- 袁媛孙永张钧李春撒楠栗薇薇胡万富
- 关键词：副溶血性弧菌血清群耐药性
