吕军 作品数:33 被引量:109 H指数:5 供职机构: 内蒙古工业大学理学院 更多>> 发文基金: 内蒙古自治区自然科学基金 国家自然科学基金 中央级公益性科研院所基本科研业务费专项 更多>> 相关领域: 生物学 轻工技术与工程 农业科学 医药卫生 更多>>
高质量蛋白质空间结构数据库的构建方法 2000年 根据不同的研究需要 ,提出了不同的建库标准 .在以分辨率为主要选择依据的基础上 ,采取综合打分的方法 ,全面地衡量一个序列质量的高低 .引入同一性因子 S,找到了序列的同一性 S和序列同源性 V的关系 ,从而在判别序列之间同源程度时由序列的同一性因子 S取代序列同源性参数 V. 张颖 吕军 李炜疆关键词:数据库 蛋白质 空间结构 用多样性增量特征选择技术识别蛋白质磷酸化位点 2018年 磷酸化是最重要的蛋白质翻译后修饰之一,在许多细胞过程中扮演重要角色。发展磷酸化位点精确识别的计算生物学方法,有助于对磷酸化信号转导机制的理解。本文给出一种激酶无关的磷酸化位点识别模型,称为FSID_PhSite。模型以k间隔氨基酸对组分和位置保守氨基酸组分为特征,应用多样性增量特征选择技术进行特征筛选,将选出的特征输入到支持向量机算法进行识别。在正负样本数之比为1:1的情形下,对磷酸化丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸在独立测试集检验,识别精度分别达到84.34%、82.32%和68.89%。结果优于现有的激酶无关磷酸化位点识别模型。 胡世赛 梁珍 陈宇翔 张颖 吕军关键词:支持向量机 用主链局域结构关联特征识别疟原虫分泌蛋白 2018年 应用生物信息学方法识别疟原虫分泌蛋白和非分泌蛋白,为了提供快速的抗疟疾药物和疫苗的设计药物靶标筛选手段,采用径向核函数支持向量机进行疟原虫分泌蛋白和非分泌蛋白的分类识别.Jackknife检验结果表明,敏感性为85%,特异性为90%,总精度为88%.与现有的其它模型相比,在保证较高识别精度的前提下,大幅降低了模型所使用的特征数,增强了识别模型的鲁棒性.构建精度高且鲁棒性好的药物靶标蛋白质生物信息学识别模型,一方面可以为理解蛋白质功能机制提供有价值的线索,另一方面可作为针对病源蛋白进行药物和疫苗设计的快速筛查手段. 陈宇翔 李彦儒 张颖 吕军人类基因组转录调节模体距离保守性的研究与转录起始位点的预测 对人类基因组转录调节相互作用网络的理解,是现代分子生物学面临的一个直接的挑战。这里的一个中心问题是,如何从近邻物种的启动子的比较,来提取进化信息和搜索进化保守性。通过对人类转录因子结合位点(transcriptionfa... 吕军关键词:人类基因组 转录调节 转录起始位点 基因组序列 生物信息学 文献传递 大肠杆菌σ^(70)启动子的识别 被引量:7 2007年 应用多样性增量结合二次判别分析(Increment of Diversity with Quadratic Discriminant analysis,IDQD)方法,对大肠杆菌σ70启动子进行识别。使用受试者操作特性(receiver operating characteristic,ROC)曲线和精度召回率曲线(Precision Recall Curves,PRC)进行性能评估。10-fold交叉检验给出,在正负集之比为1∶1时,ROC曲线下面积和PRC曲线下面积均为95%。结果表明,IDQD算法有能力应用于原核启动子的识别。识别精度高于现有算法。 张颖 贾芸 吕军关键词:大肠杆菌 启动子 二次判别分析 酵母基因组核小体定位序列预测 被引量:1 2018年 核小体是染色质结构的基本单位,其在整条DNA序列上的定位分布情况,对于真核生物的基因表达调控起关键作用。用机器学习方法预测核小体定位成为近年来的研究热点。以DNA序列6-mer组分为参数,采用我们提出的多样性增量特征选择技术,筛选出8个6-mer作为分类特征。进一步,采用支持向量机算法,10折交叉检验的总精度达到98.2%。结果表明,核小体定位序列和连接序列核苷k-mer组分的特异化分布,是影响酵母核小体定位的主要因素。 胡世赛 陈宇翔 张颖 吕军一种膨胀系数测量仪 本实用新型涉及物理实验装置技术领域,尤其是一种膨胀系数测量仪。它包括显示连通器、内部填充有液体介质的介质容器、与介质容器的内周壁滑动接触的活塞、与显示连通器并行设置且具有顶端口的加热炉、横置于加热炉的顶端口与介质容器的顶... 王利福 张颖 付艳明 丁昌江 吕军耦合二级结构数和非局域相互作用预测蛋白质折叠速率 被引量:3 2021年 寻找改进蛋白质折叠速率可预测性的经验参数,是理解蛋白质折叠机制的重要途径之一。假设蛋白质的折叠元件为天然态二级结构,对折叠元件的组织过程即为折叠。构造了表征折叠自由能垒高度的经验参数——二级结构数与非局域相互作用的耦合(coupling of secondary structure number and nonlocal interaction,CSNI),进一步按照过渡态理论建立了折叠速率预测模型。在现有实验资料集上检验,CSNI模型对折叠速率的拟合优度达到R2=0.73,相关性优于现有的典型模型,并且由CSNI模型所呈现的折叠自由能景观,为深入理解蛋白质折叠机制提供了见解. 徐素杰 吕军 张颖用非联配方法预测人类转录调节模体 被引量:2 2006年 通过对TRANSFAC数据库中转录因子结合位点(TFBS)所包含核苷k联体(k-mer)在人类和小鼠基因组启动子区中分布的比较分析,提出一种在人类全基因组启动子区搜索转录调节k-mer模体(transcriptionregulatoryk-mermotifs,TRKMs)的非联配快速算法——基于距离的保守k-mer搜索算法(distance-basedconservativek-mersearchingalgorithm,DCKSalgorithm).应用该算法,对人7-mer转录调节模体进行预测,预测结果敏感性为90%,特异性为78%,相关系数为0.65. 吕军 罗辽复 张颖 赵巨东关键词:二次判别分析 蛋白质折叠速率的Kramers理论分析 2021年 理解蛋白质的快速折叠机制对于现代分子生物学具有基本的重要性.以蛋白质天然态非局域接触数的1/n次幂估计折叠自由能垒高度(n为耦合振动自由度),基于弱碰撞极限情形的Kramers逃逸速率理论,得到一个蛋白质折叠速率预测模型.在包含150个蛋白质折叠速率的实验数据集上检验该模型,n=3时,模型获得了对实验值约80%的拟合度.结果表明,天然态非局域接触数是蛋白质折叠速率的决定因素之一.此外,在n=1时模型退化为拓扑异构体搜索模型. 解晓欣 张颖 吕军关键词:蛋白质折叠