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2015—2016年上海地区成人门诊腹泻病例中诺如病毒GⅡ型流行特征被引量：5: 2020年; 目的了解2015—2016年上海地区成人门诊急性腹泻病例中诺如病毒(norovirus,NoV)GⅡ型的基因分型及分子流行病学特征。方法收集上海地区2015年3月至2016年12月912份成人急性腹泻粪便标本,采用一步法定量逆转录PCR方法检测NoV GⅡ型,并扩增开放阅读框1(open reading frame,ORF1)的聚合酶和ORF2衣壳区域进行测序分型。结果2015年3月至2016年12月912份成人急性腹泻粪便标本NoV GⅡ型阳性检出率为17.76%(162/912),其中2015年NoV GⅡ型阳性率为15.08%(65/431),2016年阳性率为20.17%(97/481),阳性标本中针对ORF1的RdRp区域和ORF2区域5′端均分型的标本为145份,共有10种型别,分别为GⅡ.Pe_GⅡ.4 Sydney 2012(60份)、GⅡ.P17_GⅡ.17(45份)、GⅡ.P16_GⅡ.13(10份)、GⅡ.P12_GⅡ.3(10份)、GⅡ.P7_GⅡ.6(9份)、GⅡ.P21_GⅡ.21(5份)、GⅡ.P16_GⅡ.4 Sydney 2012(2份)、GⅡ.Pe_GⅡ.17(2份)、GⅡ.P2_GⅡ.2(1份)、GⅡ.P7_GⅡ.14(1份)。结论上海地区2015年春季主要流行GⅡ.P17_GⅡ.17,2015/2016年冬春季主要流行GⅡ.Pe_GⅡ.4 Sydney 2012和GⅡ.P17_GⅡ.17,而2016年秋季主要以GⅡ.Pe_GⅡ.4 Sydney 2012流行为主。进行持续的NoV暴发监测对于确定基因型分布的变化趋势和新毒株的发现非常重要。; 陈海丽杨春忆张万菊刘祎田棣王蔚易志刚朱召芹; 关键词：诺如病毒成人腹泻

一种定量检测人感染禽流感病毒(A/H7N9)的实时荧光RT-PCR的方法: 本发明属病毒检测领域，涉及一种定量检测人感染禽流感病毒(A/H7N9)的实时荧光RT-PCR的方法。本发明通过和Genbank数据库中现有人感染H7N9病毒进行序列比对分析，显示所合成设计的引物和探针对于所述的流行的H7...; 管文彩胡芸文宋志刚徐磊刘祎; 文献传递

2011-2016年上海地区手足口病病原谱及柯萨奇病毒A组6型不同基因型感染细胞的差异研究被引量：9: 2018年; 本文旨在分析2011—2016年上海地区手足口病病原谱的构成和主要病原体流行规律,为手足口病的疫情防控和重症预警提供参考。采集2011—2016年哨点医院临床诊断为手足口病的患儿标本,首先进行肠道病毒通用型核酸和分型检测,其次对2012—2016年核酸检测为柯萨奇病毒A组6型(coxsackievirus A6,CA6)阳性样本进行基因型重组检测,分离重组型和非重组型CA6株,比较两者生物学特性。结果显示,2011—2012年秋季上海地区手足口病主要致病原为肠道病毒71型(enterovirus type 71,EV71)和CA16;2012年秋季起CA6成为主要病原体;2013—2014年重组型CA6(recombinant CA6,R CA6)占一定比例;2015—2016年非重组型CA6(non-recombinant CA6,NR CA6)成为优势流行株。R CA6和NR CA6代表株在RD细胞中增殖良好,在KB、MRC-5和HEp-2细胞中未见明显增殖。比较R CA6与NR CA6代表株接种于RD细胞后细胞活性下降的动态变化,未见显著差异。本研究证实,CA6为近年来上海地区手足口病的主要病原体,R CA6和NR CA6的构成比逐年变化,提示持续监测手足口病主要病原体并了解其生物学特性,对上海地区手足口病的防控预警及疫苗研发具有重要意义。; 张晓玲张晓玲俞慧菊刘祎宋志刚宋志刚; 关键词：手足口病肠道病毒71型

基于CRISPR/Cas9技术的MAVS和NFκB1基因敲除MDCK细胞系的构建及初步鉴定被引量：1: 2020年; 目的构建线粒体抗病毒信号(mitochondrial antiviral signaling,MAVS)和核因子κB1(nuclear factor kappa B1,NFκB1)基因敲除的犬肾细胞系(Madin-Daby canine kidney cells,MDCK),对细胞系的生长特性、流感病毒(influenza virus,Flu)的增殖特性进行初步鉴定。方法采用CRISPR/Cas9技术,将MDCK细胞的MAVS和NFκB1基因敲除,获得稳定的敲除细胞系。接种Flu并检测培养上清中病毒的血凝(hemagglutinination,HA)滴度和TCID50滴度,与野生MDCK细胞进行比较。结果获得2株稳定敲除的MDCK细胞系MDCK-MAVS-和MDCK-NFκB1-,与野生MDCK细胞同样为贴壁的上皮样细胞。接种Flu后,2株敲除细胞系测定的病毒HA滴度与野生细胞相比无明显差异,TCID50分别比野生MDCK细胞系提高了9.5倍和10倍,其差异有统计学意义(P=0.0316)。结论本研究构建的2株基因敲除细胞系MDCK-MAVS-和MDCK-NFκB1-能够提高Flu的感染力,为Flu的分离培养提供了新的候选细胞系。; 田棣刘祎陈海丽杨春忆王蔚易志刚张万菊; 关键词：核因子基因敲除

甲型流感病毒全基因组通用扩增方法: 本发明属生物技术领域，涉及一种甲型流感病毒全基因组通用扩增方法PIFAWGA，本发明通过使用接力半特异扩增策略，提高病毒全基因组扩增效率。该方法可用于低病毒拷贝临床样本中流感病毒核酸富集，使其达到二代测序所要求目标核酸启...; 王蔚胡芸文袁正宏刘祎; 文献传递

H1N1流感与H7N9禽流感感染BALB/c小鼠发病特点初步研究被引量：3: 2014年; 目的本实验旨在初步探讨A/Shanghai/4664T(H7N9)和A/Puerto Rico/8/34(H1N1)病毒感染BALB/c小鼠的发病特点,为H7N9致病机制与防治的研究提供数据支持。方法将同等剂量(5×103TCID50)流感病毒滴鼻感染BALB/c小鼠,分析其在感染后体重、肺指数、病毒载量和肺组织病理的变化情况。结果 H1N1PR8感染组和H7N9感染组小鼠在7 d内体重均持续减低,H1N1 PR8组较H7N9组降低更为明显;在感染后3 d H7N9组与PBS组肺指数无显著差异(P>0.05),但感染后7d H7N9组与PBS组相比显著增高(P<0.05);H1N1PR8组比H7N9组感染后3 d肺指数显著增高(P<0.05),但感染后第7天无显著差异(P>0.05)。H1N1 PR8组和H7N9组病毒载量在感染后第3天均显著升高,但两组无显著差异;第7天两组病毒载量均有所降低,但H7N9组病毒载量显著高于H1N1 PR8组(P<0.05)。H1N1 PR8在感染后3 d主要病理变化为炎症细胞浸润和水肿,而H7N9组主要轻度炎症细胞浸润;在感染后7 dH1N1 PR8组可见大量炎症细胞浸润,出现大面积肺水肿;H7N9组表现为大量炎症细胞浸润。结论 H7N9和H1N1 PR8感染BALB/c小鼠均可发病,但发病特点有所差异,H7N9病毒对鼠的适应性比H1N1 PR8差。; 杨玉琴徐春华朱召芹田棣陈丽香杨华秦波音宋志刚管文彩刘祎蔡家麟周晓辉周文江; 关键词：H1N1 BALB C小鼠

胶体金免疫层析试剂盒对甲型H1N1流感病毒(2009)抗原快速检测的敏感性分析被引量：13: 2013年; 目的了解胶体金免疫层析试剂盒对甲型H1N1流感病毒(2009)抗原快速检测的敏感性。方法分别用甲型流感病毒抗原检测试剂盒(胶体金免疫层析法)和甲型/乙型流感病毒抗原检测试剂盒(胶体金免疫层析法)对171例疑似甲型H1N1流感(2009)患者鼻咽拭子标本进行检测,以实时荧光定量聚合酶链反应(FQ-PCR)核酸检测结果为参考,比较胶体金免疫层析试剂盒对不同病程以及不同病毒核酸载量标本检测的敏感性。结果 2种试剂盒的检测敏感性与标本的病毒核酸载量呈正相关(P<0.01),病毒载量≥108拷贝/mL时均可达73.3%。同时,2种试剂盒的阳性检出率与标本的病程呈负相关(P<0.01),发病1～2 d时分别为66.7%和62.5%,推测其在实际应用中的理论敏感性分别可达77.3%和74.6%。结论胶体金免疫层析试剂盒检测甲型H1N1流感病毒(2009)在发病初期及病毒载量较高时有较好的检测效果,可帮助临床早期诊断和海关口岸等机构的现场筛查。但鉴于胶体金免疫层析法自身的局限性,其结果只能作为初步参考,最终的确认结果应以PCR结果为准。; 田棣何静刘祎张万菊徐磊陈功祥周志统胡芸文; 关键词：胶体金免疫层析法实时荧光定量聚合酶链反应

2009～2011年上海地区部分急性呼吸道感染人群中肠道病毒流行规律分析被引量：10: 2015年; 本文旨在探讨上海地区急性呼吸道感染（ARTI）病例中肠道病毒的病原谱构成和分子流行病学特征。收集2009年5月-2011年4月上海3家哨点医院住院或门诊的2 282例ARTI病例的鼻咽拭子标本,用RV15试剂盒检测常见的呼吸道病原,对肠道病毒（EV）阳性标本用半套式聚合酶链反应（PCR）扩增病毒结构蛋白VP1基因片段,测序并进行基因分型。结果显示,共检测出34份（1.49%）肠道病毒阳性标本。其中检出率最高的为柯萨奇病毒A2型（CVA2）和柯萨奇病毒B5型（CVB5）,各有6例（17.6%）;CVA5有5例（14.7%）。不常见的CVA21和EV68分别有2例和1例。由肠道病毒VP1区5’端310个核苷酸序列构建的CVA2、CVA5、CVB5、CVA21和EV68系统进化树显示,2009-2010年CVA2上海株与2株北京地区2009年代表株高度同源（98.1%）,CVA5上海株与2007-2009年中国大陆地区流行株高度同源（99.7%）,CVB5上海株与2009年大陆地区流行株高度同源（99.7%）,CVA21上海株与2002-2008年中国大陆地区流行株高度同源（99.4%）,EV68上海株与2006-2008年北京地区流行株高度同源（96.6%）。本研究显示,上海地区2009-2011年ARTI患者中肠道病毒以CVA2、CVB5、CVA5为主,也有不常见的CVA21和EV68。进化关系分析显示,CVA2、CVA5、CVA21和EV68上海株序列均与2009年以前国内流行株高度同源。; 张晓玲何静宋志刚张万菊刘祎胡芸文; 关键词：急性呼吸道感染肠道病毒

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刘祎

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