玉延华
- 作品数：19 被引量：14H指数：2
- 供职机构：广西大学生命科学与技术学院更多>>
- 发文基金：广西壮族自治区自然科学基金广西大学科研基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学理学医药卫生生物学更多>>
- 水稻响应白叶枯病菌侵染的转录组分析被引量：1
- 2023年
- 【目的】分析白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryae,Xoo)侵染不同时间点的水稻转录组数据,了解其响应侵染过程中抗病相关基因的表达情况,为明确水稻对白叶枯病菌感病机制以及培育新的抗白叶枯病水稻品种提供理论参考。【方法】以含有广谱抗性基因Xa23的水稻品系CBB23为试验材料,对其叶片接种高致病性的野生型Xoo菌株N3-1,将接种0、48和72 h水稻样品总RNA进行转录组测序(RNA-Seq)。以|log2Fold Change|≥1,且错误发现率(False discovery rate,FDR)<0.01为标准筛选差异表达基因(Differentially expressed genes,DEGs),并进行GO功能注释和KEGG通路富集分析;通过实时荧光定量PCR(qRT-PCR)验证RNA-Seq结果的可靠性。【结果】RNA-Seq转录组测序结果共获得约54.63 Gb Clean data,样品平均数据量约为6.07 Gb,Q30碱基准确率在94.34%及以上。与对照组0 h相比,水稻CBB23在接种48和72 h两个时间点分别鉴定出2361和2117个DEGs,其中48 h上调基因1650个、下调基因711个,72 h上调基因1440个、下调基因677个。GO富集结果表明,水稻的DEGs显著富集于芳香族氨基酸的代谢及二萜类的生物合成。KEGG通路富集结果表明,DEGs富集于苯丙氨酸和苯丙素类的生物合成。DEGs的分析结果表明,SWEET基因家族中的OsSWEET14基因在接种后表达明显升高,而白叶枯病抗性基因Xa23在接种后几乎没有表达。对转录因子中的WRKY家族进行分析,发现与Xoo抗病相关的WRKY转录因子表达明显下降。钙依赖蛋白激酶(CDPK)表达明显升高,丝裂原活化激酶(MAPK)表达不变。qRT-PCR的基因表达检测结果与RNA-Seq结果趋势基本一致。【结论】水稻CBB23在抵御白叶枯病菌菌株N3-1侵染过程中的氨基酸代谢及次级代谢过程明显增强;感病基因OsSWEET14在侵染过程中被诱导表达,可能是水稻中被调控的关键感病基因之一。与抗病相关的转录因子表达既有上调也有下调。表明水稻在响应病原
- 张宇张宇陈小林陈小林李其利唐利华郭堂勋郭堂勋
- 关键词：水稻转录组白叶枯病
- 水稻白叶枯病菌Ⅲ型效应物基因hpaF与毒力相关
- 2015年
- 【目的】稻黄单胞杆菌水稻致病变种Xanthomonas oryzae pv.oryzae(Xoo)PXO99A菌株中PXO_03420基因被注释为编码具有多个LRR的Ⅲ型效应物基因hpaF,本研究旨在明确hpaF基因的功能,为完善XooⅢ型效应物的研究提供一定的理论基础.【方法】通过同源双交换构建hpaF基因的缺失突变体,并通过表型分析、致病性试验和遗传互补对该基因的功能进行研究.【结果和结论】本研究发现,hpaF基因突变后对水稻日本晴品种的致病力降低了51.81%,减弱了细菌在非寄主植物蓖麻上的过敏反应.而带有hpaF全基因片段的pLAFR3能够恢复hpaF突变体的致病表型,结果表明hpaF基因与水稻白叶枯病菌的致病性相关.
- 刘国芳蒋蓉苏辉昭牛祥娜玉延华姜伟何勇强
- 关键词：水稻白叶枯病菌毒力过敏反应
- 利用酵母双杂法鉴定水稻白叶枯病菌Ⅲ型效应物寄主靶标初探
- 2014年
- 水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)引起的水稻白叶枯病是世界水稻生产中最严重的细菌性病害之一。前期研究发现Xoo PXO99A中一个编码Ⅲ型效应物的PXO_03420(hpaF)基因与病菌游动性、致病性和致敏性有关,为探讨hpaF基因编码产物在病菌与日本晴水稻中的互作关系,本研究采用Matchmaker酵母双杂交系统构建了日本晴水稻叶片高质量cDNA文库,文库重组率为87.6%,滴度为2.57×106pfu/mL。将文库与构建的Y187/pGBKT7_03420诱饵进行酵母双杂交,共得到26个阳性克隆。通过对阳性克隆测序所得结果进行结构域分析,初步鉴定HpaF与水稻叶片中具有WHY或PRK结构域的两个蛋白存在互作关系。本研究结果为进一步研究hpaF基因的功能奠定了基础。
- 蒋蓉黄萍刘国芳玉延华姜伟何勇强黄胜
- 关键词：CDNA文库酵母双杂交
- 圆二色和等温滴定微量热技术研究盐酸麻黄碱、盐酸伪麻黄碱与人血清白蛋白的作用机制被引量：2
- 2014年
- 在模拟储存温度(25℃)和生理温度(37℃)条件下,利用圆二色和等温滴定微量热技术获得了人血清白蛋白与盐酸麻黄碱、盐酸伪麻黄碱相互作用的热力学参数,探索了蛋白质二级结构的变化及其作用机制。圆二色光谱实验检测到人血清白蛋白与盐酸麻黄碱、盐酸伪麻黄碱相互作用后的二级结构发生变化,这种构象变化在25℃~37℃区间内的温度依赖性不明显。ITC检测获得一系列有关分子相互作用的热力学信息,包括结合常数(Kb)、反应的化学计量数(N)、熵(ΔS)和焓(ΔH)。发现人血清白蛋白在与盐酸伪麻黄碱结合时,表现出比盐酸麻黄碱更好的活跃度。圆二色和等温滴定微量热技术的联用为建立一套快速药物分析方法提供了可行性基础。
- 周洁玉延华朱平川付强胡炜
- 水稻细条病菌广西菌株GX01中编码胞外蛋白酶基因的研究
- 水稻细菌性条斑病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzicola,Xoc)是引起水稻细菌性条斑病的病源菌.该菌通过叶片的气孔侵入水稻的叶肉组织,并在其中增殖,引起病害.借助风和雨的传播,发病叶片上的Xo...
- 玉延华黄萍蒋中伟黄胜牛祥娜何勇强唐纪良
- 圆二色与等温滴定微量热技术检测3种微量元素与人血清白蛋白的结合被引量：1
- 2014年
- 在体外,利用圆二色和等温滴定微量热技术获得人血清白蛋白与钙、镁、锌三种人体微量元素相互作用的二级结构信息与热力学参数。圆二色检测到不同浓度Ca2+、Mg2+、Zn2+与HSA相互作用后二级结构存在差异,Ca2+、Mg2+的浓度比例变化对HSA二级结构变化作用不大,但受到Zn2+离子浓度变化的影响;进而所进行的ITC实验获得了结合常数(Kb)、反应的化学计量数(N)、熵(ΔS)和焓(ΔH)等一系列分子相互作用的热力学信息,发现Zn2+-HSA表现出了更好的亲和力和结合稳定性。因此,对于重度或急症缺锌患者血液注射将比口服治疗获得更迅速疗效。验证了HSA是人体内是重要的Zn2+转运载体,而Ca2+、Mg2+在体内的转运并不以HSA为主,Ca2+、Mg2+与蛋白的结合方式相似。两种技术的联用为探索一套快速、高效的人体微量元素血液研究的系统方法提供理论基础。
- 周洁玉延华胡炜付强
- 关键词：CA^2+MG^2+ZN^2+
- 一种基于模糊集理论的双聚类算法被引量：1
- 2013年
- 双聚类(Biclustering)算法是一种横向纵向同时进行的数据挖掘的聚类算法,主要用于生物信息学上对高维复杂的数据进行聚类,以平均平方残基作为筛选标准,贪婪迭代的方法来选取数据.传统双聚类算法聚出来的簇通常不是预想的结果,迭代次数越多偏差就越大,对于庞大的数据精确度会更小,而模糊集理论可以改进这种迭代产生偏差与得不到预想结果的不足.为了获得更加好的实验结果,用模糊数学中的隶属矩阵和综合评判等方法改进双聚类的算法,使得聚类结果更精确更具有一致性,便于发现数据的关联性.
- 邱杰喻昕罗海琼玉延华詹锋陈庆锋
- 水稻白叶枯病菌转录激活因子样效应物基因的测序方法
- 本发明提供了水稻白叶枯病菌转录激活因子样效应物基因的测序方法，能够有效地分离几乎每个TAL效应物家族基因的重复区，并对其进行精确测序、组装，为TAL效应物的功能性研究及应用提供了必不可少的支持。
- 玉延华唐纪良冯家勋何勇强姜伯乐姜伟牛祥娜
- 文献传递
- 基于DNA结合特异性权重矩阵的TAL效应物靶标预测
- 2014年
- 计算预测出TAL效应物的候选靶标有助于高效地确定TAL效应物的靶基因,进而阐明TAL效应物的生物学功能,但是目前在TAL效应物靶标计算预测方面的研究仍然很少.为了设计出预测TAL效应物靶标的有效算法,基于TAL效应物的已知靶标数据,构建了TAL效应物靶点的RVD-核苷酸关联矩阵,并将RVD-核苷酸关联矩阵归一化成RVD特异性概率矩阵,为靶标预测构造新的打分函数.实验结果表明,改进的TAL效应物靶标预测算法对大部分已知靶标预测的打分排名比已有算法更靠前,并且结合基因表达数据可以预测出TAL效应物的新的候选靶标.
- 李可力玉延华陈庆锋
- 关键词：打分函数
- 水稻白叶枯病菌广西菌株K74的全基因组测序
- 水稻白叶枯病是世界范围内最重要的水稻细菌性病害.该病在我国各稻区也频繁发生,对粮食生产的危害极大.水稻白叶枯病菌(Xanthomonas oryzae pv.oryzae,Xoo)对水稻的侵染依赖三型分泌系统以及通过该系...
- 玉延华卢烨王志强刘君梁段承杰冯家勋何勇强唐纪良
