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宋丹丹

作品数：6 被引量：12H指数：2
供职机构：清华大学信息科学技术学院智能技术与系统国家重点实验室更多>>
发文基金：国家自然科学基金高等学校优秀青年教师教学科研奖励计划更多>>
相关领域：自动化与计算机技术理学医药卫生生物学更多>>

合作作者

文献类型

  • 3篇期刊文章
  • 3篇会议论文

领域

  • 4篇自动化与计算...
  • 2篇医药卫生
  • 2篇理学
  • 1篇生物学

主题

  • 4篇RNA二级结...
  • 3篇神经网
  • 3篇神经网络
  • 3篇二级结构预测
  • 3篇RNA二级结...
  • 2篇动态规划
  • 2篇动态规划算法
  • 2篇模糊神经
  • 2篇模糊神经网络
  • 2篇基因
  • 2篇基因预测
  • 2篇NCRNA
  • 2篇RNA
  • 1篇神经网络方法
  • 1篇网络
  • 1篇网络方法

机构

  • 6篇清华大学
  • 1篇清华信息科学...

作者

  • 6篇宋丹丹
  • 5篇邓志东
  • 1篇张秀苇

传媒

  • 1篇清华大学学报...
  • 1篇东南大学学报...
  • 1篇中国科学（E...
  • 1篇2005年中...
  • 1篇2005年中...

年份

  • 2篇2009
  • 1篇2007
  • 1篇2006
  • 2篇2005
共 6 条 记 录，以下是 1-6
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排序方式：
一种基于模糊神经网络的ncRNA基因预测方法
提出了一种基于模糊神经网络的ncRNA基因预测方法.该方法由预处理、具有结构学习的模糊神经网络预测器、后处理3个部分组成.预处理模块将比对后的输入序列进行滑动窗处理,并顺序提取有效的特征信息.模糊神经网络预测器采用了基于...
宋丹丹邓志东
关键词：模糊神经网络
文献传递
基于模糊动态规划的RNA折叠算法
利用机器学习方法预测单链RNA序列的二级结构,是目前计算生物学研究的热点之一.在对现有RNA折叠算法中的动态规划方法进行深入分析的基础上,提出了一种基于模糊动态规划的RNA二级结构预测算法.以大肠杆菌(E.coli)基因...
宋丹丹邓志东
关键词：动态规划算法RNA二级结构
文献传递
基于模糊动态规划的RNA折叠算法的研究与实现
利用机器学习方法预测单链RNA序列的二级结构,是目前计算生物学研究的热点之一。本文在对现有RNA折叠算法中的动态规划方法进行深入分析的基础上,提出了一种基于模糊动态规划的RNA二级结构预测算法。以大肠杆菌(E.coli)...
宋丹丹邓志东
关键词：动态规划算法RNA二级结构预测
文献传递
RNA二级结构预测的模糊模型被引量：5
2007年
基于模糊集合理论,提出了RNA二级结构预测的模糊模型.该模型通过状态空间的模糊分割以及模糊目标的引入等,可有效利用模糊动态规划算法给出该模糊模型的最优决策序列,并进而获得待预测RNA最优与次优的二级结构.基于模糊模型的方法具有许多优点,如计算复杂性的降低,最优与多个次优二级结构的一并获得,以及定性先验知识的有效融入等.完整地给出了RNA二级结构的模糊模型及其计算方法,并进行了具体的实现.将一个具体的BJK模糊模型结构实际应用于tRNA及tmRNA的数据集中,并与基于最小自由能的mfold工具以及基于SCFG的BJK文法模型进行了比较研究.实验结果表明该模型的有效性,相应的预测精度得到了进一步的提高.
宋丹丹邓志东
关键词：RNA二级结构预测
RNA二级结构预测的神经网络方法被引量：9
2006年
针对利用经典的随机上下文无关文法(SCFG)等模型对RNA(R ibonucle ic ac id)二级结构进行预测时,存在计算复杂性问题,该文给出了RNA二级结构的“新二级结构单元标签”(N SSEL)表示,相应提出了一种新的RNA二级结构预测的神经网络方法。这种二级结构的N SSEL表示格式很容易转换成常用的CT格式。基于tRNA数据集的实验表明,在完全相同的训练与测试数据集下,该方法,较之性能最好的B JK与BK 2等SCFG模型,其预测精度与相关系数都有所提高,证明了所提方法的可行性与有效性。由于神经网络启发式方法不存在计算时间复杂性问题,因此可望将此法用于预测SCFG等算法难以处理的大于1 000个碱基的长RNA序列的折叠问题。
张秀苇邓志东宋丹丹
关键词：神经网络RNA二级结构预测
一种基于模糊神经网络的ncRNA基因预测方法
2009年
提出了一种基于模糊神经网络的ncRNA基因预测方法.该方法由预处理、具有结构学习的模糊神经网络预测器、后处理3个部分组成.预处理模块将比对后的输入序列进行滑动窗处理,并顺序提取有效的特征信息.模糊神经网络预测器采用了基于Takagi-Sugeno模型的5层模糊神经网络结构,通过输入层、模糊化层、点火强度层、归一化点火强度层、输出层的计算,得到预测结果;并进一步给出了一种模糊神经网络的结构学习算法,可有效地降低参数空间的维度,提高计算效率,并避免过学习情况的产生.后处理过程可对有交叠的预测结果进行拼接.实验结果表明,较之其他预测工具,本方法的ncRNA基因预测精度有所提高.
宋丹丹邓志东
关键词：模糊神经网络
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