将蛋白质组学的技术方法应用到肿瘤生物学的研究中,产生了一门新学科——肿瘤蛋白质组学。它以寻找肿瘤标志物为目的,以蛋白质组学方法为手段,结合肿瘤分子机制的基础研究与肿瘤检测、诊断等临床研究,最终产出能应用于临床的肿瘤检测和治疗的蛋白质靶标。肿瘤蛋白质组学经历了表达谱、修饰谱到活性谱的进化过程,在不同的层面上揭示肿瘤可能的致病机制。本文概述了近年来在常见的恶性肿瘤中进行的肿瘤蛋白质组研究,应用各种蛋白质组技术方法,如二维凝胶电泳(two-dimensional gel electrophresis,2DE)、细胞培养稳定同位素标记技术(stable isotope labeling by amino acid in cell culture,SILAC)、基质辅助激光解析(matrix assisted laser desorption/ionization,MALDI)质谱等,找到了大量的蛋白质标志物。将来的挑战在于如何从理论上应用候选标志物解析肿瘤的分子机制,以及从实践上鉴定能真正应用于临床的标志物。