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GridMol系统中蛋白质可视化与建模的性能优化被引量：3: 2009年; 基于网格计算思想开发一个具有计算化学前、后处理功能的系统GridMol,其主要功能包括分子可视化、分子建模和计算作业提交。针对GridMol系统中蛋白质大分子显示和建模遇到的性能问题,给出调整Java 3D场景图进行性能优化的方法,通过GridMol和其他分子可视化软件的性能比较以及自身优化前后的性能比较,证明优化方法取得了良好的效果。; 欧阳刘彬孙衍华刘继凤金钟陆忠华迟学斌; 关键词：性能分析

GridMol：基于网格的分子可视化建模软件: 随着计算化学方法和计算机软硬件的快速发展,越来越多的计算化学软件被开发出来,如何有效整合各种高性能计算化学软件,实现计算输入文件产生、计算任务执行、计算结果输出和分析的一站式服务体系,日渐成为计算化学应用软件研究的热点问...; 孙衍华刘继凤迟学斌; 关键词：网格计算蛋白质二级结构; 文献传递

GridMol:基于网格的分子可视化建模应用系统: 基于网格计算思想,提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统。GridMol采用Browser/Server结构设计,服务器端通过网格中间件提交...; 孙衍华刘继凤汪文英金钟陆忠华迟学斌; 关键词：网格计算蛋白质二级结构

GridMol:一款为计算化学家设计的高效能应用系统: 2008年; 随着化学计算和计算机技术发展,越来越多的软件被开发出来应用于化学计算、分子可视化、分子建模及化学数据库检索等领域,如何有效整合不同的化学软件为用户提供一个既可用于化学计算前后端处理又可与远程计算软件交互的平台,成为计算化学应用研究的一个热点领域。基于网格计算思想,本文提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统,为计算化学家提供分子建模、科学计算及分子信息可视化一站式服务。在分子可视化方面GridMo1提供多种模式显示多种类分子三维结构,查看分子参数信息及分子计算结果信息;在分子建模方面,GridMo1提供修改分子参数数据、添加原子/基团构建新分子的功能;GridMol同时被设计为网格计算的一个应用前端,为用户提供计算作业提交功能。目前GridMol已经成功部署在中国国家网格中,作为一个完整的计算平台提供分子建模、分子可视化软件及计算作业提交服务。GridMo1采用Java和Java 3D编码实现,具有高度的可扩展性和跨平台性。同时GridMol既可作为一般的单机应用程序使用,也可作为applet部署在web服务器上,然后用户通过浏览器访问使用。; 孙衍华刘继凤金钟; 关键词：计算化学网格计算

GridMol:基于网格的分子可视化建模应用系统: 2007年; 基于网格计算思想,提出集成远程高性能计算硬件、软件资源和计算前、后处理功能的高性能计算化学应用模型,并基于此模型开发了GridMol系统。GridMol采用Browser/Server结构设计,服务器端通过网格中间件提交高性能计算作业高效利用网格中的各种硬件、软件资源,浏览器端GridMol提供图形化的计算化学前、后处理功能,如蛋白质可视化和分子建模处理。GridMol基于Java和Java3DAPI设计实现,系统具有跨平台和网络运行等优点,目前GridMol已集成在中国国家网格(CNGrid)平台上。; 孙衍华刘继凤汪文英金钟陆忠华迟学斌; 关键词：网格计算蛋白质二级结构 JAVA API

基于深腾7000的NAMD千核性能分析被引量：1: 2010年; NAMD是美国伊利诺伊大学厄本纳-香槟分校(University of Illinois at Urbana-Champaign,UIUC)开发的著名大规模分子动力学并行计算软件包,NAMD是当前用来在分子水平上进行生命过程模拟研究的主要软件之一。我们在中国科学院计算机网络信息中心的"深腾7000"百万亿次超级计算机上进行了移植和优化,并对STMV典型的烟草花叶卫星病毒进行了2048处理器核的模拟计算,计算测试表明取得了较好的加速效果。; 刘倩金钟何平刘继凤张宝花; 关键词：性能分析

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刘继凤

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