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类胡萝卜素及其在番茄果实生长发育中的变化被引量：3: 2012年; 综述植物中类胡萝卜素的生理作用、理化特性和合成途径,以及番茄果实中类胡萝卜素的研究进展。; 刘云飞万红建袁伟俞锞杨悦俭; 关键词：类胡萝卜素 Β-胡萝卜素番茄果实发育基因工程

植物类胡萝卜素裂解氧化酶研究进展被引量：11: 2014年; 类胡萝卜素是重要的四萜类脂溶性抗氧化剂,普遍存在于整个生物界。植物中类胡萝卜素通过其氧化酶催化裂解形成的脱辅基类胡萝卜素及其衍生物在影响农作物风味,调控植株形态建成,参与脱落酸形成等方面具有重要调控作用。CCOs基因家族编码的酶可以特异性的剪切类胡萝卜素的共轭双键形成不同类型的脱辅基类胡萝卜素产物。因此,参与类胡萝卜素代谢的CCOs酶及其裂解产物得到广泛的研究。本文从CCOs家族的数量与分布,酶结构及其生物功能三方面进行综述,并对CCOs家族未来的研究方向进行展望,以期为该领域研究提供有益参考。; 韦艳萍庞欣刘云飞李志邈叶青静王荣青阮美颖姚祝平周国治杨悦俭万红建; 关键词：类胡萝卜素

番茄热激蛋白90的全基因组鉴定及分析被引量：16: 2014年; 热激蛋白90（Heat shock protein 90，Hsp90）是植物应对不良环境胁迫产生的一类特定的抗逆蛋白。文章以番茄（Solanum lycopersicum L.）基因组数据为平台，借助生物信息学方法对Hsp90基因家族进行鉴定与分析。结果表明，番茄至少含有7个Hsp90基因，不均匀分布在6条染色体上，氨基酸序列长度为267~794aa，内含子数目为2~19；共线性分析发现两对基因（Hsp90-1和 Hsp90-3，Hsp90-5和 Hsp90-7）以片段重复形式存在。MEME（Multiple Em for Motif Elicitation）分析显示，番茄Hsp90基因编码的氨基酸序列具有多个保守基序；聚类分析揭示番茄、水稻（Oryza sativaL.）和拟南芥（Arabidopsis thaliana L.）Hsp90基因可以分为5组，存在3对直系同源基因和4对旁系同源基因；基于RNA-seq数据库表达分析发现，3个基因（Hsp90-5、Hsp90-6和Hsp90-7）在营养器官和生殖器官中表达量较高，4个基因（Hsp90-1、Hsp90-2、Hsp90-3和Hsp90-4）除在番茄转色后10 d的果实中表达量较高外，其余组织中表达量均较低；对Hsp90基因启动子序列进行分析，发现了多个参与植物对逆境胁迫的顺式作用元件，如 HSE、CCAAT-box。此外，qRT-PCR 检测结果表明，在叶片热胁迫条件下，番茄Hsp90基因的表达量均存在增强趋势，表明这些基因参与了番茄叶片应对高温胁迫的反应。研究结果为鉴定番茄Hsp90基因的功能和进化起源奠定了基础。; 刘云飞万红建杨悦俭韦艳萍李志邈叶青静王荣青阮美颖姚祝平周国治; 关键词：番茄热激蛋白基因重复

番茄NBS-LRR抗病基因家族全基因组分析被引量：23: 2014年; NBS-LRR(nucleotide-binding site and leucine-rich-repeat)是植物中最大类抗病基因家族之一。番茄基因组测序完成为全基因组水平上分析NBS-LRR抗病基因家族提供了机遇。利用生物信息学方法对番茄NBS-LRR抗病基因家族成员数目进行鉴定,并对其染色体定位和系统发育关系进行了分析。随后,将番茄和马铃薯NBS-LRR抗病基因进行了比较基因组学分析。结果表明:番茄基因组共包括252个NBS-LRR抗病基因,分布于番茄12条染色体上;63.5%的基因成簇存在,大部分为串联重复;系统发育关系分析表明番茄CC-NBS-LRR(CNL)亚家族较其他亚家族扩展程度大;同线性分析发现番茄中共79个NBS-LRR抗病基因与马铃薯基因具有同源关系。结果将为番茄NBS-LRR抗病基因家族的深入研究提供依据,同时也为利用番茄NBS-LRR基因进行基因定位以及相关抗病基因克隆等奠定基础。; 刘云飞万红建韦艳萍李志邈叶青静王荣青阮美颖姚祝平周国治杨悦俭; 关键词：番茄 NBS-LRR 抗病基因

菊分支NCED酶分子特征及进化分析被引量：2: 2015年; 为探究9-顺式-环氧类胡萝卜素双加氧酶（NCED）基因家族进化特性,本文利用生物信息学方法,对菊分支类群已完成测序的植物（包括番茄、马铃薯、烟草、甜菜、猴面花）基于全基因组进行NCED基因家族鉴定,并对其蛋白序列特征,保守基序,次级结构以及系统发育关系进行分析。结果表明,NCED酶是由小基因家族编码的酶,其成员为2~4个。蛋白质氨基酸大小在505~652aa之间,分子质量为56.23~71.42 k Da,除Sl NCED6外,其余各蛋白的等电点均表现为酸性,保守基序分析发现各成员均包含10个保守基序,其长度在29~50之间。此外,NCEDs蛋白结构分析显示,一级结构氨基酸序列N端保守性较低,而次级结构均表现为高度保守。系统发育关系发现,来自番茄的Sl NCED5、Sl NCED6与来自马铃薯的St NCED5、St NCED6分别为直系同源蛋白,这与生物学上的亲缘关系一致。; 韦艳萍刘云飞许桂梅万红建李志邈叶青静王荣青阮美颖姚祝平周国治杨悦俭; 关键词：生物信息学进化

cDNA-AFLP技术在番茄及其黄化曲叶病毒互作中的应用被引量：3: 2013年; cDNA-AFLP技术是研究基因差异表达的有利工具,广泛用于植物抗病,抗逆和生长发育等研究领域。番茄黄化曲叶病毒(TYLCV)是番茄生产上最严重的病害,为了研究番茄抗TYLCV机理,本研究利用cDNA-AFLP技术分析番茄抗黄化曲叶病毒病相关基因的差异表达,选用64对引物扩增筛选出287条转录差异片段,其中156条上调表达,131条下调表达。表明cDNA-AFLP技术对于揭示番茄与TYLCV互作机理是一种有效的方法;同时获得的差异片段也可用于番茄抗TYLCV相关基因的克隆,为未来鉴定这些基因的功能奠定基础。; 袁伟万红建刘云飞俞锞杨悦俭; 关键词：番茄黄化曲叶病毒 CDNA-AFLP

番茄SBP基因家族的全基因组鉴定、结构特征及表达分析被引量：11: 2013年; SBP基因家族是植物中一类特有的转录因子家族,广泛参与植物的生长发育以及各种生理生化反应的信号传导。为了揭示番茄SBP基因家族的功能,本研究利用全基因组信息鉴定番茄SBP转录因子家族,分析其结构特征,系统发育关系以及表达模式。结果表明,番茄全基因组共编码17个SBP转录因子成员,分布在8条染色体上;系统发育关系表明SBP基因家族的结构特征变异发生在番茄、拟南芥和水稻分化之前;且它们在番茄、拟南芥和水稻中按照物种特异性的方式进行了扩张。不同芯片分析发现,SlSBP03基因在番茄叶片、子叶和下胚轴中表达量较高,SlSBP13基因果肉中表达量较高,这两个基因在果皮和根中表达量都较低;在大多数非生物胁迫处理条件下,SlSBP11、SlSBP13和SlSBP16的表达量均较低;而SlSBP01基因在干旱和热处理条件下有较高的表达量。; 万红建袁伟俞锞刘云飞李志邈叶青静王荣青阮美颖周国治姚祝平杨悦俭; 关键词：番茄生物信息学水稻拟南芥

浙江省番茄黄化曲叶病毒的分子鉴定及序列分析被引量：10: 2013年; 番茄黄化曲叶病毒病(tomato yellow leaf curl virus disease,TYLCD)是番茄生产上最严重的病害之一。为了更有效地分析其致病机理,本研究根据已知的番茄黄化曲叶病毒(tomato yellow leaf curl virus,TYLCV)基因组序列设计引物,通过PCR扩增技术,分离浙江省TYLCV的全长序列,分析其结构特征,序列同源性及系统发育关系。结果表明:病毒基因全长为2781个核苷酸,共编码6个开放阅读框(AV1,AV2,AC3,AC2,AC1,AC4),即TYLCV的典型结构;核苷酸序列比对分析发现该病毒分离物与美国的TYLCV同源性最高(99.6%);6个编码区分析显示除云南外,AV2与国内其他地区同源性均高达100%;系统发育关系分析表明病毒分离物与江苏、北京、美国和墨西哥的TYLCV划分为一类,亲缘关系最近。这些结果为今后揭示TYLCV的致病机理奠定基础,并为番茄黄化曲叶病毒病的诊断和防治提供科学依据。; 袁伟万红建王荣青叶青静阮美颖李志邈周国治姚祝平刘云飞杨悦俭; 关键词：番茄黄化曲叶病毒分子鉴定

植物NBS-LRR抗病基因的结构、功能、进化起源及其应用被引量：24: 2014年; NBS-LRR(nucleotide binding site-leucine rich repeat)是植物中所含抗病基因数目最多的基因家族,也是植物基因组中最大的基因家族之一。本文全面综述了国内外植物NBS-LRR抗病基因家族的研究进展,主要包括植物NBS-LRR抗病基因的克隆、结构、功能及其起源进化;进一步阐述了该基因家族在抗病基因同源序列克隆、分子标记开发、基因定位等方面的应用,同时对植物NBS-LRR抗病基因家族研究中存在的问题及未来研究方向进行了探讨。本文旨在为进一步开发和利用NBS-LRR抗病基因提供理论依据,为其他抗病基因的研究提供参考。; 刘云飞万红建李志邈叶青静王荣青阮美颖姚祝平周国治韦艳萍杨悦俭; 关键词：植物 NBS-LRR 抗病基因

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刘云飞

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