全哲学
- 作品数：39 被引量：103H指数：6
- 供职机构：复旦大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山西省科技创新计划项目山西省回国留学人员科研经费资助项目更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生环境科学与工程文化科学更多>>
- 上海健康人群夏冬两季皮肤真菌群落组成:基于高通量测序技术的研究被引量：6
- 2014年
- 皮肤真菌与人体皮肤的健康状态有着紧密联系.本实验应用高通量测序技术对8名健康白领工作者7处皮肤部位分夏、冬两季采集得到的样品进行真菌群落组成和结构多样性研究.应用高通量测序得到113 759条有效序列,分属真菌2个门的99个属.担子菌门(Basidiomycota)的马拉色菌属(Malassezia)在各样品中丰度最高,达48.2%;在额头、背部和鼻孔等部位丰度高于其他采样部位;夏季马拉色菌在男性样品中丰度高于女性.其次是念珠菌属(Candida),在前臂、手背和指缝等部位丰度较高,背部则含量极少;女性样品中念珠菌丰度夏季远高于冬季,而男性中则随季节变化比较稳定.其他主要皮肤真菌有白粉菌属(Erysiphe)、枝孢霉菌属(Cladosporium)、链格孢霉属(Alternaria)和曲霉属(Aspergillus)等.多样性分析结果显示季节和皮肤部位是影响皮肤真菌群落组成的两个主要因素,性别的影响力相对较低.聚类分析结果表明,受试者自身皮肤真菌群落结构随季节变化的差异比同季节内各受试者之间的差异还要大.
- 迟亮谭渊全哲学
- 关键词：皮肤真菌高通量测序群落组成
- 水圈微生物专栏序言
- 2022年
- 国家自然科学基金委员会于2017年启动了“水圈微生物驱动地球元素循环的机制”重大研究计划(简称“水圈微生物”计划)。“水圈微生物”计划聚焦典型水圈生境,通过多学科交叉研究,借助新技术、新方法,揭示水圈微生物在物种、群落和生态水平驱动碳氮硫循环的机制及其环境响应,认识水圈微生物在元素地球生物化学循环中的宏观生态作用。
- 黄力董海良蒋宏忱全哲学
- 关键词：硫循环水圈环境响应
- 一种适用于病毒PCR检测的标准品的制备方法
- 本发明属于生物检测技术领域，具体涉及一种用于病毒PCR检测的标准品的制备方法。本发明的步骤包括：筛选扩增特定长度片段的大肠杆菌引物；设计包含病毒特异性引物和大肠杆菌引物的合并引物；使用合并引物扩增大肠杆菌基因组；构建包含...
- 全哲学曾丹宁
- 文献传递
- 通识教育大潮下的微生物学教学和人才培养
- @@当前，各大学都在改革本科生教育体制，强调通识教育。同时，大学生面临就业和生涯发展的压力，使得他们对专业基础课和专业选修课的重视程度发生了很大的变化。在综合性大学的生命科学教学中，除了微生物学仍然保留基础课地位外，一些...
- 赵国屏钟江徐德强全哲学丁晓明
- 关键词：通识教育微生物学教学
- 文献传递
- 一种基于全长小亚基核糖体RNA的反转录来分析微生物群落结构的方法
- 本发明涉及一种基于全长小亚基核糖体RNA的反转录来分析微生物群落结构的方法，包括以下步骤：(1)快速提取样品中的总RNA；(2)在RNA的5’端加第一接头序列；(3)在能够覆盖真核和原核生物的通用反向引物的5’端加第二接...
- 全哲学张汝毅阎永伟
- 文献传递
- 追寻全程硝化菌之路:基因序列驱动的新功能微生物的发现被引量：3
- 2018年
- 2015年末Nature杂志同期发表2篇文章,首次报道了全程硝化菌(Complete ammonia oxidizer,Comammox)。我们对全程硝化菌的研究始于2012年,基于高简并引物的两步PCR方法发现了全程硝化菌的广泛分布,但当时根据文献将其误认为是奇异甲烷氧化菌,在2014年富集培养过程中才发现是氨氧化菌。在后续的研究中,通过设计全程硝化菌特异性引物,确认了其在各种生态环境中的数量以及多样性。本文对本课题组发现和富集培养全程硝化菌过程中的经验教训和研究思路进行总结,将有助于基因序列驱动的新微生物的发现。
- 全哲学
- 追寻被“遗漏”的微生物被引量：5
- 2013年
- 人类对生态环境中微生物的认识从依赖于纯培养微生物的研究阶段已进入到结合各种组学方法的微生物群落代谢机制的研究阶段。在微生物群落组成的研究中,基于"通用"引物的PCR扩增方法会"遗漏"很多种类微生物,因此需要探索一些方法,以找回这些被"遗漏"的微生物。目前生态环境中能培养的微生物种类较为有限,但是通过培养方法的改进,分离培养新的微生物或富集培养特殊功能的微生物依然是扩展微生物种类认知范围的重要途径。而且,通过元基因组数据库分析,可以了解常用的"通用"引物所不能覆盖的微生物范围,并能阐明不同生态环境中各种微生物类型的分布情况。由于元转录组中最多的是核糖体RNA,所以可通过改进的元转录组方法同时分析有活性的细菌、古生菌和真核微生物群落结构。追寻被"遗漏"的微生物不仅能扩展我们对微生物的认知范围,同时也是研究并正确理解全球物质循环过程的一个重要领域。
- 全哲学
- 基于“以学为中心”的微生物学课程设计的探索与实践被引量：16
- 2020年
- 课程建设是解决当前教学问题的着力点,而课程设计是课程建设的重中之重,决定着一门课程能否达成教学目标。本次教学改革依据“以学为中心”的教学理念和“一致性建构”的原则,采用Dee Fink教授的“整合性课程设计”框架,重新设计微生物学课程的学习目标、学习活动和学习测评。尤其是“学习目标”中,不仅涵盖核心知识、学以致用和触类旁通,更强调人性维度、志趣情怀和学会学习。同时运用“对分课堂”教学模式组织教学。课程结束一年后,问卷调查结果显示,学生对达成各学习目标的认同度在64%?87%之间。这说明,“以学为中心”的课程设计一定程度上达到了预期效果,值得进一步探究。
- 刘明秋全哲学丁晓明王英明钟江
- 关键词：课程设计以学为中心微生物学
- 水圈微生物:推动地球重要元素循环的隐形巨人被引量：1
- 2020年
- 生活在水圈环境中的微生物数量巨大、遗传与代谢方式极为多样,它们驱动着地球上重要元素的循环。水圈微生物研究已经成为生命科学与地球科学的研究热点。国家自然科学基金委员会于2017年启动了“水圈微生物驱动地球元素循环的机制”重大研究计划(简称“水圈微生物”计划)。“水圈微生物”计划拟选择典型水圈生境,通过多学科交叉研究,借助新技术、新方法,揭示水圈微生物在物种、群落和生态水平驱动碳氮硫循环的机制及其环境响应,认识水圈微生物在元素地球生物化学循环中的宏观作用。“水圈微生物”计划旨在为应对全球变化、保护水圈生态服务功能、合理利用自然资源提供科学依据,并为推动国民经济与社会的可持续发展提供资源与技术。该计划启动至今,已经取得了可喜的进展。为了系统介绍该领域国内外的最新研究成果,《微生物学报》特别组织了本期“水圈微生物”专刊。
- 黄力董海良全哲学蒋宏忱
- 关键词：地球科学生命科学硫循环
- 孕前与孕晚期女性口腔菌群特征的回顾性队列研究被引量：3
- 2021年
- 目的描述孕前与孕晚期女性口腔菌群的特征及差异。方法本研究为回顾性队列研究。研究对象为2016年9月至2019年12月在上海市嘉定区妇幼保健院参与复旦孕前队列研究并随访至孕晚期的55例女性。采用16S rRNA测序技术检测55例女性、共110份(孕前与孕晚期各55份)唾液样本菌群,并进行菌群特点的相关因素分析。α多样性指数在孕前与孕晚期组间的差异比较采用配对t检验或Wilcoxon配对符号秩和检验,不同特征组间比较使用t检验、方差分析、Kruskal-Wallis检验或Mann-Whitney U检验;以置换多元方差分析比较β多样性差异;采用LEfSe 1.0软件以线性判别分析效应值法分析标志性口腔微生物。结果(1)与孕前相比,孕晚期口腔菌群Ace指数降低[730.64(632.40~911.00)与661.14(578.15~752.85),T=1077.000,P=0.010],β多样性差异亦有统计学意义(F=12.539,R^(2)=0.104,P=0.001);孕晚期口腔单糖菌门G3菌属(Saccharibacteria_TM7_G3)、普雷沃菌_7属(Prevotella_7)、Absconditabacteria_SR1_G1菌属、卟啉单胞菌属(Porphyromonas)、瘤胃菌UCG014属(Ruminococcaceae_UCG_014)、普雷沃菌属(Prevotella)、消化链球菌属(Peptostreptococcus)、普雷沃菌_2属(Prevotella_2)、拟普雷沃菌属(Alloprevotella)、微单胞菌属(Parvimonas)、Solobacterium菌属、缠结真杆菌属(Eubacterium_nodatum_group)丰度更高(P值均<0.05)。(2)单因素分析结果显示,孕晚期时,收入水平较低者、饭后或甜食后及时漱口者Shannon指数较低[分别为5.44(5.08~5.77)与5.75(5.44~6.12),5.36(4.91~5.48)与5.72(5.44~6.05),U值分别为219.000和374.000,P值均<0.05]。结论孕前与孕晚期女性口腔菌群结构存在差异,孕晚期口腔致病菌及机会致病菌显著增加。
- 喇雪娜郑华军苏怡全哲学张玉武常倩陈维怡宋和青尹东晓蒋泓
- 关键词：口腔微生物群妊娠末期队列研究
