黄延昭
- 作品数：13 被引量：7H指数：1
- 供职机构：华中科技大学物理学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金教育部跨世纪优秀人才培养计划内蒙古自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学理学语言文字医药卫生更多>>
- 生物分子序列和结构的非线性动力学方法分析
- 肖奕黄延昭
- 主要成果：1、在蛋白质序列关联性分析中，解释了国际上存在的两种矛盾结果，并且发现了蛋白质序列编码结构的一种新的方式。2、在DNA序列非线性关联分析中，发现其中一些序列的长程关联的起因并不是通常大家认为的序列中内含子和重复...
- 关键词：
- 关键词：非线性动力学蛋白质序列关联性分析DNA
- 残基突变对冷休克蛋白热稳定性影响的计算分析研究(英文)
- 2011年
- 残基突变是提高蛋白质热稳定性最直接有效的方式。在本文中,我们选取一对冷休克蛋白质作为研究对象,其中一个来自嗜温的Bacillus subtilis(Bs-CspB),另一个来自嗜热的Bacillus caldolyticus(Bc-Csp),这两个蛋白质在序列和结构上具有高度的相似性,但两者的耐热能力却相差很大。我们利用全原子模型计算残基突变前后蛋白质的自由能和氨基酸之间相互作用能的变化,分析残基突变对冷休克蛋白热稳定性的影响。通过对比两个蛋白质对应位置上残基的能量,我们成功鉴别出对Bc-Csp的高热稳定性有突出贡献的残基。我们计算了这些残基突变前后,该残基的静电相互作用和范德华相互作用的变化,以分析该残基对Bc-Csp高热稳定性的主要贡献。同时,我们分析了离子键对蛋白质热稳定性的贡献。我们的计算结果和实验结果吻合得很好,关键在于利用该方法可以详细地说明残基突变影响蛋白质热稳定性的根本原因。本文为研究残基突变对蛋白质热稳定性的影响提供了一种计算思路和方法,并有助于设计具有高耐热能力的蛋白质。
- 王军陈鹏胜王黎王长军黄延昭
- 关键词：蛋白质热稳定性冷休克蛋白离子键
- 与对称性相关的蛋白质序列-结构关系被引量：3
- 2005年
- 许瑞珍李明锋陈寒林黄延昭肖奕
- 关键词：蛋白质序列对称性氨基酸序列
- 能量在蛋白质α-螺旋链中传输模型的稳定性分析
- 2002年
- 引入了一个新的模型来描述α 螺旋蛋白质分子中 3条单肽链的振动能量的贮存和传输 ,在该模型中考虑了链间的相互作用能量 ,并对该模型进行了稳定性分析 ,发现该模型存在非线性局域模 ,数值模拟的结果表明 。
- 黄延昭肖奕林家瑞
- 关键词：生物能量蛋白质稳定性分析激子
- 古细菌硒蛋白基因预测
- ＜正＞在遗传密码子表中,UGA密码子具有双重功能,既能作为终止密码子,也能翻译成硒代半胱氨酸（Sec）。然而众多的基因预测软件却仅将UGA密码子注释为终止密码子,这就导致了在基因数据库中存在着硒蛋白基因的错误注释和遗漏。
- 黄延昭李明锋肖奕
- 文献传递
- 对称蛋白质序列与结构关系研究被引量：1
- 2010年
- 进化的观点认为,蛋白质结构的对称性是基因复制和融合的结果,但是由于在长期进化过程中的氨基酸突变,绝大多数现有的蛋白质序列都失去了这种直观的重复性特征。该文简要地回顾了国际上发展的寻找蛋白质序列中重复片段的方法,重点介绍了作者自己提出的分析蛋白质序列和结构对称性的方法以及在蛋白质对称结构形成机理方面的初步工作,并系统分析了各类对称折叠子的序列与结构关系,发现它们的序列都具有隐含的与结构相同的对称性,或者说序列的对称性决定结构的对称性。
- 肖奕冯建辉黄延昭
- 关键词：相似矩阵基因复制进化
- 激子-激子相互作用蛋白质能量传输模型的数值模拟研究被引量：1
- 1999年
- 引入了一个新的模型来描述蛋白质分子中ＡｍｉｄｅⅠ振动能量的贮存与传输。这种模型是在Ｄａｖｙｄｏｖ模型的基础上加以改进，引入激子的相互作用项。
- 黄延昭张文肖奕
- 关键词：数值模拟蛋白质
- 密码子上下文关联与蛋白质二级结构被引量：1
- 2004年
- 对人(Homosapiens)的117个蛋白质和大肠杆菌(Ecoli)的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析,发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好,对同一种属蛋白质的不同二级结构也有不同的偏好.与密码子和单碱基关联的结果比较,说明密码子上下文关联可以更加准确地预测蛋白质二级结构.
- 胡秀珍黄延昭肖奕
- 关键词：蛋白质二级结构同义密码子稀有密码子
- 多维离散系统的非线性动力学
- 黄延昭
- 关键词：蛋白质分子非线性系统孤子解
- 密码子上下文关联与蛋白质结构
- ＜正＞ 对人（Homo sapiens）的117个蛋白质和大肠杆菌（Ecoli）的87个蛋白质的各二级结构相对应的mRNA序列中的密码子上下文关联作了统计分析,分析发现它们的使用对不同种属的蛋白质二级结构有不同的偏好,对...
- 胡秀珍黄延昭肖奕
- 文献传递
