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猪ACACA基因及其编码蛋白质的生物信息学分析被引量：3: 2014年; 为从分子水平研究猪脂肪合成过程,对脂肪合成关键酶乙酰辅酶A羧化酶-α基因(ACACA)进行分析。采用生物信息学的方法,查找猪ACACA基因的ORF框,对基因CDS序列的限制性酶切位点进行分析,并对其编码蛋白质的理化性质、二级结构、三级结构、拓扑结构、结构功能域进行预测分析。结果表明,猪ACACA基因CDS区全长7 041 bp,其编码蛋白质含2 346个氨基酸。二级结构以α螺旋与无规则卷曲为主,局部出现β转角,三级结构显示结果与二级结构预测结果相符。该蛋白质为亲水性蛋白质,N端无信号肽,为非分泌蛋白质;不含跨膜结构区,未定位于膜内,预测其为膜外区蛋白质;亚细胞定位结果显示该蛋白质为非细胞器蛋白质,是胞质蛋白质的可能性最大;功能域分析发现该蛋白质序列含有BC结构域、CT结构域、CPSase大亚基N端结构域、ATP-grasp折叠结构域、生物素基/硫辛酰基结合域等及一些蛋白质基序。该结果将为进一步研究猪ACACA基因与脂肪合成的关系提供基础资料。; 陶隽贾青魏星灿胡慧艳邢增喜; 关键词：蛋白质生物信息学

猪CB1基因的生物信息学分析被引量：5: 2013年; 运用生物信息学方法分析了猪和其他21个物种CB1基因CDs序列的系统进化关系和猪CB1基因编码蛋白质的理化性质与结构。结果显示,CB1基因同源性较高,且在进化中受到纯化选择的作用。猪CB1蛋白为疏水性跨膜蛋白,包含472个氨基酸残基,不含信号肽。其一级结构含有23个磷酸化位点、6个糖基化位点;二级结构含有47.67%的α螺旋、39.62%的无规则卷曲、12.71%的延长链;三级结构由7个α螺旋和无规则卷曲组成。研究结果表明,CB1基因可能是哺乳动物的看家基因,7条相连的α螺旋结构是猪CB1的活性位点。; 魏星灿贾青陶隽胡慧艳; 关键词：生物信息学

猪脂肪合成过程分子调控网络的构建及相关基因转录水平的表达分析: 对猪脂肪沉积性状候选基因的研究多集中于基因多态性的研究，但由于脂肪沉积性状是数量性状，受控于多基因，各基因在不同时空状态下又受到多级上游基因的调控。因此，研究单个基因并不能全面解释脂肪沉积性状的遗传机理，挖掘影响脂肪沉积...; 陶隽; 关键词：脂肪沉积生物信息学; 文献传递

HIF-1α基因12外显子序列生物信息学分析: 为了探讨不同物种的HIF-1α基因遗传多样性，使用生物信息学方法分析人、家鼠、猪、牛及猕猴等10个物种的HIF-1α基因的12外显子序列。结果显示，选取的10个物种44条序列中共筛查到130个多态位点，生成13种单倍型。...; 张翠翠贾青邢增喜魏星灿陶隽; 关键词：HIF-1Α基因物种多样性生物信息学

猪ACACA基因编码蛋白结构和功能的生物信息学分析: 本文对脂肪合成关键酶乙酰辅酶A羧化酶-α基因所编码蛋白进行生物信息学分析.查找猪ACACA基因的ORF框,之后对其编码蛋白的二级结构、信号肽、跨膜结构、亚细胞定位及结构功能域进行预测分析.结果表明,猪ACACA基因CDS...; 陶隽贾青魏星灿胡慧艳邢增喜; 关键词：基因序列蛋白结构生物信息学; 文献传递

家猪TBP蛋白结构与理化性质的生物信息学分析被引量：5: 2014年; TBP是真核生物的通用转录因子,在转录过程中扮演着重要的角色。采用生物信息学方法鉴定了家猪TBP蛋白家族成员,对家猪TBP蛋白进行染色体定位、理化性质和系统进化分析,并对其二级和三级结构进行预测。结果显示,家猪TBP蛋白家族包含3个成员,染色体定位发现其中2个TBP基因分布在第1染色体上,另1个位于骨架上;3个TBP蛋白家族成员的氨基酸数目分别为188、273、376,其中1个为疏水性蛋白、2个为亲水性蛋白;TBP蛋白二级结构以α-螺旋和无规则卷曲为主要组成部分,其家族成员的三级结构基本相似。; 胡慧艳贾青陶隽魏星灿陶文欢墨锋涛邢增喜; 关键词：家猪 TBP 蛋白家族生物信息学分析

HIF-1α基因第12外显子序列生物信息学分析被引量：1: 2013年; 低氧诱导因子（Hypoxia—inducible factor-1，HIF-1）是细胞缺氧后产生的一种适应性的DNA结合蛋白，由α亚基和β亚基组成，α亚基受低氧诱导，既是HIF-1的活性亚基又是调节亚基。; 张翠翠贾青邢增喜魏星灿陶隽; 关键词：生物信息低氧诱导因子 DNA结合蛋白学分基因 HIF-1

不同物种CB1基因遗传多样性及进化分析: 大麻素受体CBl可通过调控脂肪降解限速酶肉碱脂酰转移酶1(CPTl)基因进而影响脂肪沉积,为比较不同物种CB1基因的遗传多样性及进化,使用比较基因组学和生物信息学方法,分析了22个物种大麻素Ⅰ型受体基因CB1的遗传多样性...; 魏星灿贾青陶隽胡慧艳; 关键词：动物医学大麻素受体; 文献传递

山羊PCNP基因启动子的克隆及序列分析: 2013年; 对山羊PCNP基因的启动子及其核心调控区进行预测,探讨PCNP基因表达的转录调控特点并分析其特异性转录位点。根据GenBank数据库提供牛的PCNP基因5UTR序列,应用PCR方法从山羊DNA中扩增分离出山羊PCNP基因5UTR片段,将PCR产物克隆入T载体,经琼脂糖凝胶电泳及直接测序鉴定,并对所获得的序列进行生物信息学分析。成功克隆PCNP基因5UTR片段,长度为1 436bp。所得碱基序列与GenBank数据库中牛PCNP基因5UTR同源性为93%。经启动子的生物信息学分析软件分析,推测所得的5UTR为PCNP基因的启动子序列。本试验成功克隆了PCNP基因启动子,为研究PCNP基因的转录调控机制奠定基础。; 邢增喜贾青刘伟兰陶隽魏星灿胡慧艳; 关键词：山羊启动子

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陶隽