郭磊
- 作品数：5 被引量：10H指数：2
- 供职机构：上海交通大学医学院附属瑞金医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划上海市浦江人才计划项目更多>>
- 相关领域：医药卫生更多>>
- 基因芯片数据挖掘与肿瘤分子分型研究被引量：5
- 2010年
- 当前．飞速发展的基因组、转录组、蛋白质组、代谢组等“组学”技术产生了海量研究数据。以基因表达谱芯片为例，常用商用芯片的探针数约为43000个，加上科学研究中对样本数量与重复次数的要求，一次实验实际产生的数据量异常巨大。对于“组学”研究产生数据的意义已非人眼所能识别，需引入大规模计算机程序加以处理。一般而言，单个的基因芯片研究往往是实验者根据原有研究目的分析了海量数据中的一部分信息．尚有大量有价值的信息湮没于数据中。鉴于此，在庞大数据中搜索和发现其他被忽略的重要信息．极为必要。
- 郭磊于颖彦朱正纲
- 关键词：基因芯片数据挖掘肿瘤分子分型
- 新型标志物HAb18G/CD147在大样本胃癌组织中的表达研究被引量：3
- 2012年
- 目的:探讨新型标志物HAb18G/CD147在胃癌组织中的表达及其与临床病理学的关系。方法:收集手术切除的胃癌样本552例,构建组织芯片,并以100例癌旁正常胃黏膜组织作为对照。利用免疫组化方法检测2组HAb18G/CD147的抗原表达和定位,并追踪随访胃癌组患者12～72个月。结果:HAb18G/CD147抗原定位于细胞膜,在胃癌组织中表达阳性率高于癌旁正常胃黏膜组织(63%比55%)。肿瘤组织中HAb18G/CD147的高表达与肿瘤大小、Borrmann分型、Lauren组织学分型、肿瘤浸润深度、淋巴结转移及TNM分期密切相关(P<0.05),但与患者的年龄、性别、肿瘤生长部位、肿瘤分化程度、有无脉管浸润及远处转移间无相关性(P>0.05)。HAb18G/CD147阳性表达与患者术后近期生存率显著相关(P=0.023)。结论:HAb18G/CD147在胃癌中的表达与胃癌的发展、侵袭性行为及预后均相关,可作为临床评估胃癌生物学行为不良的一项分子标志。
- 刘雷郭磊王志威计骏张佳年燕敏刘炳亚朱正纲于颖彦
- 关键词：胃癌HAB18G/CD147肿瘤标志物组织芯片
- 胃癌临床病理分期相关基因MGP的发现及其表达验证被引量：2
- 2010年
- 目的通过对基因芯片数据库中一组大样本胃癌表达谱芯片的数据挖掘分析，筛选并验证与临床病理分期及预后密切相关的基因。方法检索基因表达谱芯片数据库，对其中符合分析要求（大样本、病理分型、临床病理分期以及随访资料齐全）的胃癌表达谱芯片数据进行再挖掘分析。利用基因芯片显著性差异基因分析（SAM）方法筛选出不同临床病理分期的差异基因，并通过逆转录聚合酶链反应（RT—PCR）、即时荧光定量PCR、Westernblot方法验证胃癌细胞株及54例胃癌组织MGP表达，利用免疫组织化学EnVision法观察MGP在胃癌中的定位特点。结果通过对GEO开放数据库内GES4007数据的挖掘分析，发现14个基因表达与胃癌临床病理分期显著相关，其中MGP基因表达升高与临床病理分期呈正相关，对预后有明显影响。定量PCR和Westernblot方法证实MGP在胃癌细胞系中存在不同程度表达，免疫组织化学染色显示MGP定位于肿瘤细胞胞质内。RT．PCR分析54例胃癌组织和对应癌旁组织内mRNA，结果显示22例癌组织MGP的mRNA表达明显高于癌旁组织（40．7％）。MGP的高表达与胃癌临床病理分期（P=0．001）和预后呈明显相关（P=0．006）。结论公共数据库存储的芯片数据具有再分析价值。MGP基因是与胃癌临床病理分期和预后相关的新型分子标志物。
- 郭磊郭晓波蒋金玲张佳年计骏刘炳亚朱正纲于颖彦
- 关键词：寡核苷酸序列分析MATRIXGLAPROTEIN
- 新型标志物HAb18G/CD147在大样本胃癌组织中的表达研究
- 目的:探讨新型标志物HAblSG/CD147在胃癌组织中的表达及其与I临床病理学的关系。方法:收集手术切除的胃癌样本552例.构建组织芯片.并以100例癌旁正常胃黏膜组织作为对照。利用免疫组化方法检测2组HAbl8G/C...
- 刘雷郭磊王志威计骏张佳年燕敏刘炳亚朱正纲于颖彦
- 文献传递
- 同源盒基因IRX1的启动子克隆及其在人胃黏膜细胞中的启动活性分析
- 2010年
- 目的 克隆同源盒基因IRX1的核心启动子序列,并探讨其转录调控机制.方法 通过生物信息学预测IRX1基因启动子范围：利用PCR方法扩增并构建含有IRX1基因启动子不同片段的真核报告基因质粒,瞬时转染GES-1胃黏膜细胞,通过检测不同片段的荧光素酶报告质粒活性,判断不同片段的启动子活性.结果 生物信息学预测IRX1基因启动子位于转录起始点上游700 bp范围内.通过PCR技术扩增获得IRX1基因5＇侧翼区8个截短片段报告基因质粒,其活性由大到小依次为p-416＞p-584＞p-715＞p-350＞p-687＞p-320＞p-188＞p-92 除p-92与p-188片段外,其余各片段与PGL3-basic空载体的差异均有统计学意义（均P＜0.05）,其中以p-416片段活性最强,片段p-320与片段p-188之间出现较大活性落差.结论 IRX1基因上游序列启动子以p-416转录活性最高,核心启动子位于-320～-188区间,该区间具有Sp1、TFⅡD等转录因子结合序列,是下一步转录调控机制研究的重要位点.
- 郭晓波郭磊吴建林刘卫仁计骏张佳年刘炳亚朱正纲于颖彦
- 关键词：启动子报告基因胃黏膜细胞
