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赵熹: 作品数：13 被引量：22H指数：3; 供职机构：吉林大学化学学院理论化学研究所更多>>; 发文基金：国家自然科学基金吉林省杰出青年科学基金高等学校骨干教师资助计划更多>>; 相关领域：理学生物学医药卫生更多>>

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多尺度分子模拟研究来自于无类囊体蓝藻的五聚体门控离子通道门控机理: 2011年; 五聚体门控离子通道是一个重要膜蛋白家族,在生理学过程中起到重要作用.我们以来自无类囊体蓝藻(Gloebacter violaceus:GLIC)的五聚体门控离子通道X-ray结构为模型,进行总共1.05μs的粗粒化分子模拟,并结合原子级分子模拟方法,观察到其离子通道的闭合和相应的四级结构扭转.我们发现其位于跨膜区组成通道的M2螺旋通过倾斜-旋转(指向通道中心)的协调运动来完成通道闭合.进一步分析并结合前人的实验结果,我们提出了该离子通道门控过程的可能的"连锁反应"机理:由单独亚基的M2螺旋前部构象变化引发,使该亚基发生整体的构象变化,并且将这种变化传递到了邻近的亚基,进而带动整个通道的构象变化,最终完成通道的闭合.; 于辉李卓赵熹黄旭日; 关键词：门控粗粒化

分子动力学模拟研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白与配体作用的影响被引量：1: 2014年; 为了研究点突变(Met108→Leu108)对树胶醛糖结合蛋白(ABP)与配体结合能力的影响,对ABP、ABP结合树胶醛糖复合物及ABP结合半乳糖复合物以及它们各自的突变体分别进行60 ns的分子动力学模拟.模拟结果表明,108号残基突变前后,电子等排体的两个氨基酸残基,使蛋白与配体间的范德华相互作用发生明显变化,同时导致蛋白的内部运动也发生变化,进而影响蛋白与配体的相互作用.进一步分析表明,突变前后的蛋白构象变化都趋向于两个结构域张开,而与配体的结合可减缓张开程度.; 冯献礼李卓赵熹于辉刘慧玲黄旭日; 关键词：分子动力学

SARS病毒蛋白水解酶的三维结构模建及可能的小肽抑制剂研究被引量：3: 2003年; SARS is a positive-stranded virus featuring the largest viral RNA genomes today. The viral main proteinase(Hydrolase), controlling the activities of SARS virus replication , is an attractive target for therapy. We determined crystal structure for transmissible gastroenteritis virus(TGEV) hydrolase, and constructed a homology model for SARS coronavirus proteinase on Silicon Graphics station by Insight Ⅱ molecule simulation software. The structure may reveal remarkable degree of conservation of the substrate binding sites. We design an imaginable peptide precursor for inhibitor, and the base shape of pocket and property of the residues may be used as a basis for designing anti-SARS drugs.; 高雪峰赵熹黄旭日孙家锺; 关键词：SARS病毒蛋白水解酶生物信息学活性中心药物设计非典型肺炎

分子动力学研究亚铁血红素激活蛋白转录激活机理被引量：5: 2008年; 以3种亚铁血红素激活蛋白(Heme activator protein,HAP)-DNA复合物(野生型HAP1-wt,Ser63/Arg63突变HAP1-18和Ser63/Gly63突变HAP1-PC7)为对象对亚铁血红素激活蛋白的转录激活机理进行了分子动力学研究.对3个复合物分子动力学轨迹的比较性分析显示,涉及到上游活化序列(Upstream activation sequences,UAS)识别的蛋白质-DNA相互作用分布与实验观测到的3种蛋白转录活性一致.进一步对3个复合物进行柔性分析显示,3个DNA分子具有相似的柔性,而又有所不同,特别在涉及UAS识别的N-端和Zn2Cys6结构域前部有明显的柔性差异.蛋白质柔性的差别导致不同的蛋白质-DNA相互作用.因此亚铁血红素激活蛋白的N-端和Zn2Cys6结构域前部的柔性大小能够调节亚铁血红素激活蛋白转录激活功能.; 赵熹黄旭日孙家锺; 关键词：分子动力学转录激活

Exendin-4中13号残基的分子动力学模拟被引量：2: 2009年; Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相互作用模式及能量进行了分析.阐明了Gln突变为Tyr的活性增强的内在原因,结果表明,突变的Exendin-4能够通过改变自身结构的局部柔性调整与蛋白受体相互作用,从而可以改善Exendin-4与其蛋白受体的结合能力.; 王嵩赵熹郑清川黄旭日孙家锺; 关键词：EXENDIN-4 分子动力学模拟复合物静电作用

天然产物法卡林二醇与人类GABA_(A)受体相互作用的机制: 2023年; 通过分子动力学模拟、伞形采样模拟、结合自由能计算和分子对接等方法,研究了法卡林二醇在γ-氨基丁酸A型(GABA_(A))受体上结合作用的模式和对GABAA受体动态属性的影响,确定了3个有效结合位点均对此受体产生拮抗作用,为后续研究聚乙炔醇类化合物对GABA_(A)受体作用及相应药物开发提供了理论依据.; 沈琦陈海瑶高登辉赵熹那日松刘佳黄旭日; 关键词：分子动力学模拟拮抗作用

细胞松弛素B对葡萄糖/质子共转运蛋白GlcPSe的抑制机理: 2022年; 通过分子动力学对细胞松弛素B与葡萄糖/质子共转运蛋白的两种质子化状态进行了模拟,发现细胞松弛素B对处于去质子化阶段的葡萄糖转运蛋白具有更好的抑制效果.结果表明,357号色氨酸和117号脯氨酸是葡萄糖转运蛋白结合细胞松弛素B的关键氨基酸;并且当抑制剂与受体蛋白结合时,位于第10号跨膜螺旋上的357号色氨酸与细胞松弛素B的相对位置对抑制剂的结合有重要意义.; 曾晛阳赵熹黄旭日; 关键词：表皮葡萄球菌细胞色素B

采用分子动力学模拟方法评价人类VDAC通道蛋白晶体结构的生物活性被引量：3: 2011年; 为研究电压依赖阴离子选择性通道(VDAC)分子的调控机制,在有无电场存在情况下,对Ⅰ型人类VDAC分子(hVDAC1)分别进行了分子动力学模拟研究.结果表明,外加电场的有无与方向变化对hVDAC1分子的运动模式和离子通过过程影响不明显,hVDAC1分子仍然保持以N端α螺旋在β桶内横向运动为主的运动模式.综合模拟结果和相关的实验结果,推测hVDAC1晶体结构不是其发挥生理功能的结构状态.; 孙铁东赵熹黄旭日; 关键词：通透性分子动力学模拟

分子动力学模拟极端嗜热核糖结合蛋白的热力学稳定性被引量：1: 2012年; 采用分子动力学模拟方法研究极端嗜热性核糖结合蛋白(tteRBP)的嗜热机理.在常温(300 K)和最佳活性温度(375 K)时,分别对tteRBP分子进行动力学模拟,结果表明,整体分子均保持结构稳定,但分子内部的协调运动不同.在375 K时蛋白整体柔性显著提高,使分子能够局部调整构象以适应极端高温.蛋白结构变化的分析也确认了高温时构象局部微调对蛋白极端高温稳定性的关键作用.; 冯献礼赵熹于辉王乙博孙铁东黄旭日; 关键词：RIBOSE BINDING

分子模拟研究烯二炔环发色团分子从新制癌菌素的释放机理被引量：3: 2009年; 烯二炔环发色团分子(Enediynering chromophore)虽然对DNA具有较好的切割性,但由于它缺乏稳定性,必须与蛋白结合形成非共价化合物(即新制癌菌素:Neocarzinostatin)才能进入细胞发挥生理作用.作为一种已在临床上应用的抗肿瘤药物,烯二炔环发色团分子从结合蛋白释放到细胞过程仍然是不清楚的.以新制癌菌素复合物和对应的结合蛋白的X射线衍射结构作为研究对象,运用分子动力学的模拟和拉伸动力学方法研究烯二炔环发色团分子从结合蛋白中释放的机理.模拟结果表明从萘酸基方向释放可能是烯二炔环发色团分子最佳的释放路径.; 赵熹王嵩徐晓华黄旭日; 关键词：分子动力学

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