王文睿
- 作品数：5 被引量：7H指数：2
- 供职机构：中国科学技术大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金教育部留学回国人员科研启动基金更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 基于网格计算环境的蛋白质折叠模拟应用
- 2004年
- 利用当前网格计算和服务最新技术Web Service,设计并实现了基于网格计算环境的蛋白质折叠模拟的分布式计算模型,在生物计算领域有着重要的应用价值。同时,它整合了当前先进的网络计算技术,在算法上和平台建设上有着广泛的指导和示范意义。
- 洪宇杨寿保陈华平王文睿吴佳骥
- 关键词：网格计算WEB
- 一种分布式网格计算框架以及在大规模分子动力学模拟中的应用被引量：1
- 2006年
- 分子动力学(m o lecu lar dynam ics)模拟蛋白质等大分子内原子间的相互作用.蛋白质折叠所需的时间通常在微秒(10-6s)量级,而进行模拟的时间步长在飞秒(10-15s)量级,并且每步需要计算大量的相互作用(O(n2),n为原子数),以致于无法模拟足够长时间的折叠过程.现今在满足精确度的需求下没有更好的模拟算法.最近,生物学家研究了一种分布式的动力学方法,使得可以利用分布在In ternet上的计算机进行并行模拟成为可能.本文的目标是设计并实现在分布式P 2P和网格计算环境等多种异构计算资源下进行动力学模拟的可靠框架,以便更大限度地利用计算资源,加快计算过程.我们基于Java和W eb serv ice技术,已经实现了对应用透明的计算框架,并已将它扩展到我们的网格计算环境.实验表明分子动力学模拟程序在该框架下运行良好.
- 王文睿陈国良邢利荣陈华平孙广中单久龙
- 关键词：网格计算分子动力学模拟分布式计算P2P
- 合肥节点网格Portal的设计与实现被引量：4
- 2005年
- 网格计算和P2P计算是近年来出现的以最大限度资源共享为目的的新兴技术,而网格Portal则主要致力于增强网格环境的好用性并最终提高资源利用率.本文在制定“采用Portlet框架、面向服务的网格Portal”开发策略的基础上,进行了网格Portal的总体结构设计以及基本原型实现,支持了对网格计算资源和P2P计算资源的协同调度;并在所开发的网格环境中分别部署了生物和化学应用,通过实验验证了网格Portal的有效性.
- 单久龙陈国良陈华平陈昕王文睿
- 关键词：网格PORTAL网格计算P2P计算
- 异构网络计算环境及其在分子动力学模拟中的应用
- 本文介绍了围绕问题和分子动力学模拟应用， 提出了经典分子动力学软件GROMOS96的优化算法：分析了著名经典分子动力学软件GROMOS96的计算模型和串行算法，针对其中耗时50﹪的部分进行了优化，使得改进的算法的时间复...
- 王文睿
- 关键词：网络计算环境分子动力学网络计算
- 文献传递
- GROMOS96分子动力学模拟的并行优化算法被引量：2
- 2004年
- 介绍了流行的分子动力学软件GROMOS96中的MD算法 ,分析了制约GRO MOS96性能的原因 ,并提出一种优化的算法 ,将邻域原子搜索的时间复杂度从O(N2 )降低到O(NlogN) ;同时并行化了GROMOS96算法 ,并进一步在国产曙光并行机上开发了基于MPI的软件 。
- 王文睿陈国良孙广中
- 关键词：分子动力学模拟
