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段勃
作品数:
5
被引量:4
H指数:1
供职机构:
中国科学院计算技术研究所
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发文基金:
国家自然科学基金
国家高技术研究发展计划
中国科学院知识创新工程重要方向项目
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相关领域:
自动化与计算机技术
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合作作者
张春明
中国科学院计算技术研究所
王文迪
中国科学院计算技术研究所
谭光明
中国科学院计算技术研究所
魏征
中国科学院计算技术研究所
邢晶
中国科学院计算技术研究所
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作者
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段勃
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一种DNA活字印刷机、基于DNA的数据存储设备和方法
本发明实施例提供了一种DNA活字印刷机、基于DNA的数据存储设备和方法,所述DNA活字印刷机包括:PCR反应区,用于通过PCR反应将获取的多种DNA活字序列按序连接为表示二进制信息的DNA序列,其中,每种DNA活字序列是...
邢晶
陈非
卜东波
马灌楠
段勃
王晨阳
高艳珍
魏征
谭光明
文献传递
一种基于数据通路重构的运算加速平台
可重构计算是当前高性能计算领域中的一个重要的研究方向.可重构处理器通过折中通用处理器的编程灵活性与专用处理器的高性能,可以为加速一类领域专用应用程序提出更高效的解决方案.本文提出了一种适合加速流式应用程序的数据通路重构加...
段勃
王文迪
张春明
李想
关键词:
体系结构
软件设计
文献传递
基于Hash索引的高通量基因序列比对并行加速技术研究
被引量:4
2013年
近年来随着高通量基因测序技术的迅速发展,测序成本和周期都得到了大幅降低.然而,新一代测序技术海量数据生成能力以及各类测序算法蕴含的高并发性却对现有计算机的运算能力提出了新挑战.以一个基于Hash索引算法实现的开源重测序程序(PerM)为例,研究了在商用多核CPU上加速该应用程序的关键技术.在一个64核SMP系统上的实验结果证明,提出的优化技术可以使Cache缺失率降低90%,性能提升4~11倍.接下来探讨了在一个包含XilinxLX330FPGA的加速卡上设计实现专用并行加速系统的相关问题.作为原型验证系统,在基于FPGA的PCIe加速卡上设计并实现了包含11个处理单元的脉动陈列并行计算系统.和IntelXeonX75508核CPU相比,提出的并行加速器有30~65倍性能功耗比优势.
王文迪
汤文
段勃
张春明
张佩珩
孙凝晖
关键词:
生物信息学
高通量测序
FPGA
一种基于数据通路重构的运算加速平台
可重构计算是当前高性能计算领域中的一个重要的研究方向。可重构处理器通过折中通用处理器的编程灵活性与专用处理器的高性能,可以为加速一类领域专用应用程序提出更高效的解决方案。本文提出了一种适合加速流式应用程序的数据通路重构加...
段勃
王文迪
张春明
李想
关键词:
可重构计算
文献传递
一种DNA活字印刷机、基于DNA的数据存储设备和方法
本发明实施例提供了一种DNA活字印刷机、基于DNA的数据存储设备和方法,所述DNA活字印刷机包括:PCR反应区,用于通过PCR反应将获取的多种DNA活字序列按序连接为表示二进制信息的DNA序列,其中,每种DNA活字序列是...
邢晶
陈非
卜东波
马灌楠
段勃
王晨阳
高艳珍
魏征
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