徐长明
- 作品数：9 被引量：31H指数：4
- 供职机构：国防科学技术大学机电工程与自动化学院自动控制系更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学自动化与计算机技术理学更多>>
- 应用于Bottom-up蛋白质鉴定的质谱数据采集策略研究进展被引量：3
- 2013年
- 蛋白质组的高度复杂性给基于质谱的蛋白质鉴定提出了很大的挑战。技术需求促进质谱技术不断向前发展。仪器平台在软硬件方面的进步,为高通量蛋白质鉴定提供了更多选择和支撑。但是,仪器性能的充分发挥,还需要根据生物学问题的需求和分析样本的特性,设计高质量的数据采集策略。本文对目前高通量蛋白质鉴定中已开发的质谱数据采集策略进行了综述,重点介绍了Bottom-up策略中使用的简单重复、离子排除和监测、在线智能化扫描和分段扫描等技术,并关注了这些策略对高通量蛋白质鉴定的影响,总结了各种策略的优缺点并展望了其未来发展方向。
- 徐长明张纪阳张伟谢红卫
- 关键词：蛋白质鉴定质谱
- 基于马尔科夫链的胰蛋白酶肽段蛋白酶切位点概率预测被引量：6
- 2011年
- 在基于质谱技术的蛋白质鉴定过程中,数据库搜索是主要的方法。漏切位点和酶切规则决定了图谱候选肽段的范围,是数据库搜索算法的重要参数。对于常用的胰蛋白酶切来说,除了局部构象、三维结构、实验条件,以及其它偶然因素会影响赖氨酸K或者精氨酸R后的位点能否被酶切外,该位点附近的其它氨基酸也会影响蛋白水解酶的酶切效果。从质谱图谱中时常会鉴定出包含漏切位点的肽段,因此,预测蛋白质的酶切位点能够为数据库搜索算法提供更为可靠的模型,也能够为了解和分析蛋白质的酶切规律提供依据。本文提出了一种基于马尔科夫(Markov)链的预测方法,能够利用蛋白质的序列信息来预测候选酶切位点的酶切概率,在蛋白酶切过程中,预测肽段的覆盖率可以达到85%以上。
- 刘辉张纪阳孙汉昌徐长明张伟马海滨朱云平谢红卫
- 关键词：蛋白鉴定马尔科夫链
- 定量蛋白质组学质谱平台肽段检测效率预测研究
- 目前,生命科学研究已进入后基因组时代,研究重点已经从遗传信息的发现转移到功能解析,蛋白质组学试图直接从整体上定性和定量地研究某一生物样本在特定条件下表达的全套蛋白质,是后基因组时代的研究热点。随着研究的不断深入和实验技术...
- 徐长明
- 关键词：定量蛋白质组学
- 基于滤波对角化方法提升傅里叶变换质谱数据质量
- 2014年
- 傅里叶变换质谱仪能够达到很高的分辨率,在分子生物研究中得到广泛应用。数据处理方法,特别是底层信号的处理,对于提升数据质量至关重要。滤波对角化(filter diagonalization method,FDM)相比传统的快速傅里叶变换算法(fast Fourier transform method,FFT),能进一步提高图谱分辨率、降低信号强度测量误差。本工作通过仿真以及实际质谱数据分析,证明了相对FFT而言,FDM可将图谱的分辨率提高1个数量级左右,并且可以有效降低信号强度测量误差。另外,还研究了算法参数优化问题,为算法应用推广提供了参考。
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- 一种基于iSRM策略的蛋白质组质谱数据分析工具
- 2013年
- 由于重复性好、定量精度高,基于质谱的选择反应监测(SRM)技术在蛋白质定量分析中的应用越来越广泛。智能选择反应监测(iSRM)是一种新型的SRM实验策略。针对该策略产生的质谱数据,开发了一个肽段定量信息提取工具——iSQuant。该工具使用MATLAB脚本语言编写,简便易用。利用重复实验数据和标准实验数据对iSQuant的性能评估表明,iSQuant具有优越的可重复性能,定量结果和理论丰度线性度很高。
- 张伟张伟卫军营徐长明徐长明张纪阳朱云平钱小红张养军
- 关键词：质谱分析蛋白质组
- 串联质谱图谱从头测序算法研究进展被引量：9
- 2010年
- 近年来,基于质谱技术的高通量蛋白质组学研究发展迅速,利用串联质谱图谱鉴定蛋白质是其数据处理中一个基础而又重要的环节.由于不需要利用蛋白质序列数据库,从头测序方法能够分析新物种或者基因组未测序物种的串联质谱数据,具有数据库搜索方法不可替代的优势.简要介绍高通量串联质谱图谱从头测序问题及其研究现状.归纳出几种典型的计算策略并分析了各种策略的优缺点.总结常用的从头测序算法和软件,介绍算法评估的各种指标和常用评估数据集,概括各种算法的特点,展望未来研究可能的发展方向.
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- 关键词：肽段串联质谱从头测序
- 蛋白质组学质谱平台肽段可检测性预测研究进展被引量：7
- 2010年
- 生物质谱是蛋白质组研究中的核心技术之一,可以实现大规模、高通量的蛋白质定性和定量分析。由于样品和实验过程自身的复杂性,质谱实验的重复性还存在一些问题,肽段鉴定和定量结果有很大的随机性,肽段的质谱检测概率问题在蛋白质组研究中,特别是定量蛋白质组研究中备受关注。本文总结了影响肽段可检测性的重要因素,分析了已经提出的计算预测方法,并对其在实验研究中的应用进行了综述。
- 徐长明张纪阳刘辉孙汉昌朱云平谢红卫
- 关键词：生物质谱蛋白质组学
- 蛋白质组学质谱数据深度解析关键问题研究
- 质谱已经成为蛋白质组学研究的核心技术。质谱数据是蛋白质组信息挖掘的主要源头，质谱数据解析则是蛋白质组生物信息学的研究重点。如何从相对简单的物理信号解析出肽段和蛋白质的各种信息，并且延伸至具体的生物学问题，是蛋白质组质谱数...
- 徐长明
- 关键词：生物信息学蛋白质组学
- 文献传递
- 蛋白质质谱分析的无标记定量算法研究进展被引量：10
- 2011年
- 作为发现疾病相关生物标志物的重要途径,定量研究已成为蛋白质组学的热点问题.随着实验方法的发展和改进,定量数据处理算法也在不断更新和完善.将现有的无标记定量方法归纳为需要/不需要鉴定结果两类方法,分析比较了两类方法的异同及优缺点,详细讨论了所涉及的主要算法,总结了一些常用的无标记定量软件及对应的网络资源.展望了无标记定量数据分析的未来研究方向.
- 张伟张纪阳刘辉孙汉昌徐长明马海滨朱云平谢红卫
- 关键词：质谱
