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呼吸道病毒核酸检测技术研究进展被引量：11: 2012年; 急性呼吸道感染是临床最常见的疾病之一。呼吸道病毒作为其最主要的致病病原体,种类繁多,不易区分。因此,建立一种快速、灵敏、特异的检测方法显得尤为重要。近年来,随着分子生物学的不断发展,呼吸道病毒检测方法日新月异,尤其是基于聚合酶链反应的分子诊断技术以其检测速度快、灵敏度高、特异性强等特点在呼吸道病毒检测过程中发挥了重要作用。; 彭贤慧刘琪琦陈苏红; 关键词：呼吸道病毒聚合酶链反应

中国幽门螺杆菌基因组多样性与种群结构分析被引量：2: 2016年; 目的了解中国幽门螺杆菌（Helicobacter pylori，HP）基因组特征及种群结构。方法利用中国不同地域不同疾病分离的10株HP的基因组序列，并整合公共数据库中其他地域的HP基因组数据，通过比较基因组和生物信息学方法分析中国HP的基因组与种群结构特征。结果中国HP核心基因为1 203个。菌株特异基因为19-32个，这些基因可能与中国HP在不同地域、不同疾病宿主中的适应性进化有关。基因组变异较大区域主要集中在编码限制修饰系统的基因和编码四型分泌系统的基因。基于核心基因组单核苷酸多态性（SNP）的种群分析确定中国菌株均属于hpEastAsia群，hspEAsia亚群，且不同地域菌株具有地域聚集性特点。在3株中国HP基因组序列中发现了前噬菌体序列，携带噬菌体组装所需的必要元件。结论基于核心基因组SNP分析中国菌株均属于hpEastAsia群，hspEAsia亚群，且具有地域聚集性。为深入挖掘中国不同地域不同疾病相关HP的遗传特征及研究噬菌体在HP进化与致病中的作用奠定了基础。; 尤元海何利华彭贤慧孙路张建中; 关键词：幽门螺杆菌种群结构基因组

一种新的定量16S rRNA基因扩增子测序方法被引量：4: 2020年; 近年来,16S扩增子测序技术被广泛应用于肠道微生物菌群结构和多样性研究,同时也常被用于临床样本中未知病原菌的检测。然而其对样本中物种组成的分辨率只能到属水平的相对丰度,且实验过程中多种因素皆可对结果产生一定影响,如样本起始浓度、PCR循环数、扩增引物等。为解决以上问题,本研究采用随机标签和内参法相结合的方法,开发了一套定量16S扩增子测序方法,将常规的16S rRNA编码基因测序结果中的相对丰度转化为绝对定量的拷贝数,有效提高了肠道菌群结构检测的精准性,降低了实验操作对结果的影响,也提高了测序与其他分子生物学方法间的可比性,有利于未来技术的进一步研发和改进。; 韩娜彭贤慧彭贤慧强裕俊张婷婷张雯; 关键词：RRNA 扩增子内参

胃液实时聚合酶链反应检测儿童幽门螺杆菌及宿主基因型的临床研究被引量：3: 2022年; 目的探讨胃液实时聚合酶链反应(real-time PCR)检测儿童幽门螺杆菌(HP)感染、克拉霉素敏感性和宿主CYP2C19基因代谢型方法的准确性,旨在寻求一种方便、快速、准确检测儿童HP感染,克拉霉素敏感性和CYP2C19基因代谢型的方法。方法选取2013年7月至2014年11月北京儿童医院消化科123例13C呼气试验检查阳性的胃炎或消化性溃疡患儿进行电子胃镜检查,胃镜下取胃黏膜并收集胃液标本。从胃液中提取DNA,然后通过聚合酶链式反应(PCR)扩增Rnase P酶和cag H以检测幽门螺旋杆菌的存在。通过PCR限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)分别检测HP23SrRNA和宿主CYP2C19基因代谢型。研究共利用5对引物和9条探针进行HPcag H基因和23SrRNA基因,以及人Rnase P基因和CYP2C19*2、CYP2C19*3基因检测。将胃液结果与胃黏膜活检标本HP培养和E-test药敏试验及CYP2C19基因代谢型检测结果进行比较分析。结果以胃黏膜HP培养、E-test药敏试验及CYP2C19基因代谢型检测结果为金标准,胃液实时PCR检测HP感染诊断敏感度为100%(94/94)、准确度为76.4%(94/123);检测克拉霉素是否耐药敏感度为98.9%(90/91)、特异度为66.7%(2/3),阳性符合率为98.9%(90/91)、阴性符合率为66.7%(2/3)、准确度为97.9%(92/94);检测宿主CYP2C19基因代谢型的准确度为90.0%(90/100)。结论胃液实时聚合酶链反应是检测儿童HP感染、克拉霉素敏感性和宿主CYP2C19基因代谢型有效方法,儿童临床值得推广。; 李东丹彭贤慧房永利王国丽周锦于飞鸿官德秀郭景何利华张建中周丽雅张晶徐樨巍; 关键词：幽门螺杆菌胃液耐药儿童

可视化基因芯片技术检测肠道病毒方法的建立被引量：8: 2012年; 目的建立一种能同时检测10种肠道病毒的可视化基因芯片法。方法根据公开发表的10种常见肠道病毒的序列,设计病毒引物和探针,制备肠道病毒检测基因芯片。利用多重不对称PCR法扩增样品中的病毒靶片段,标记产物与基因芯片上的探针杂交,经清洗、可视化显色后进行结果分析。在优化的RT-PCR体系、杂交反应和可视化检测条件下,评价芯片的特异性、灵敏度和重复性。结果本研究共筛选出2对通用引物、3对特异性引物和1条肠道病毒属通用探针、9条特异性检测探针。该芯片具有较好的特异性和重复性,可检测出不低于102拷贝/μl的体外转录RNA。30例临床标本的芯片检测结果与荧光PCR法一致。结论本研究所建立的方法具有高通量、高特异性、高灵敏度等特点,因此在临床上具有潜在的应用前景,可以为肠道病毒诊断提供实验室依据。; 彭贤慧刘琪琦陈苏红刘志红张敏丽宋宏彬王升启; 关键词：肠道病毒基因芯片可视化

磁珠提取法和离心柱提取法在实时荧光定量聚合酶链反应中幽门螺杆菌核酸提取效果的对比研究被引量：2: 2017年; 目的比较磁珠提取法和离心柱提取法在实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)中幽门螺杆菌(HP)核酸提取效果、重复性及临床标本检测能力。方法将100~10-6系列梯度稀释的HP标准菌株作为模板,分别采用磁珠提取法和离心柱提取法平行提取HP核酸,比较两种提取方法的核酸提取效果、变异系数(CV);将35份胃液标本作为模板,分别采用磁珠提取法和离心柱提取法平行提取HP核酸,比较两种提取方法对临床标本的检测能力。结果两种核酸提取方法提取100、10-5浓度HP标准菌株核酸的CT值比较,差异无统计学意义(P>0.05);离心柱提取法提取10^(-1)、10^(-2)、10^(-3)、10^(-4)、10^(-6)浓度HP标准菌株核酸的CT值低于磁珠提取法(P<0.05)。两种提取方法提取HP标准菌株核酸的CV比较,差异无统计学意义(P>0.05)。两种提取方法提取胃液HP核酸的CT值比较,差异无统计学意义(P>0.05)。结论磁珠提取法在实时荧光定量PCR中的HP核酸提取效果优于离心柱提取法,而其重复性及临床样本检测能力与离心柱提取法相当。; 彭贤慧周丽雅何利华宋志强张建中; 关键词：聚合酶链反应幽门螺杆菌

纳米孔测序技术在DNA信息存储领域的应用: 2023年; 脱氧核糖核酸(DNA)存储是一种以人工合成的生物大分子DNA作为信息载体的新型存储技术,具有存储密度高、存储量大、存储时间长、损耗率低等优点,有望成为一种新的数据存储介质。随着DNA合成技术(数据写入)和DNA测序技术(数据读取)的快速发展,DNA存储已成为下一代存储技术的热点。然而目前通过二代测序技术实现DNA数据的读取仍然是一个操作复杂、耗时长且成本较高的过程。如何更深入融合和改进DNA合成技术和测序技术,将DNA信息的存储和读取进一步快速高效地实现,是目前需要解决的问题。本研究设计并实践了基于便携式的国产纳米孔测序平台开展DNA存储信息快速读取的可能性,实现了4 h内将存储于DNA片段中一首中文诗词进行重新测序和即时解码,验证了国产纳米孔测序技术从存储DNA信息的介质中即时读取信息的能力。; 韩娜黄蕾强裕俊彭贤慧张婷婷李秀文张雯; 关键词：纳米孔测序 DNA 信息存储信息读取

基于NGS方法评估不同保存条件对粪便样本中菌群含量的影响: 2021年; 目的评估粪便样本的不同保存条件对肠道微生态研究结果的影响。方法设计相关实验,比较7种不同的保存方法,基于高通量测序技术比对不同时间、不同贮存温度对粪便样本DNA质量、菌群多样性及病原菌检出等结果之间的差异。结果证实了对于粪便样本采集仍建议采取即刻提取核酸或-20℃保存的方法。同时比较多种保存方法后发现,采用不同样本保存方法受到影响的菌属集中在低丰度菌属(≤0.01%),对应较高丰度的病原菌检测结果的可靠性影响较小,样本中丰度超过千分之一的病原菌检测率超过95%。结论对于肠道微生态研究建议对粪便样本采取即刻提取核酸或-20℃保存的方法。对于由于其他原因未能妥善保存的粪便样本(如常温保存48 h),仍可对丰度超过千分之一的病原菌进行检测。以上结果对于肠道菌群研究中异地所采集的粪便样本运输和贮存具有一定的指导意义。; 强裕俊韩娜彭贤慧张婷婷李秀文张雯; 关键词：肠道菌群高通量测序粪便

四环素类耐药基因在不同国家人体、动物和环境微生态中的多样性被引量：12: 2019年; 目的了解四环素类耐药基因在不同国家人体、动物和环境微生态中的分布情况及其多样性。方法利用生物信息学方法,对2 036份不同来源的微生态样本宏基因组测序数据进行四环素耐药基因的鉴定,研究四环素耐药基因在不同来源、不同国别、不同人体部位的分布及耐药机制。结果2 036份样本中,四环素耐药基因检出率为44.70%(910份),其中人源样本检出率最高,达78.99%(880/1 114),其次是动物样本,检出率40.98%(25/61)。共检出28种四环素耐药基因,248份样本至少检出10种以上四环素耐药基因,在人源性样本中28种基因全部检出,动物源样本中检出6种基因。28种四环素类耐药基因中,包括10种编码核糖体保护蛋白基因,其中5种(tetQ、tet32、tet W、tetO、tet M)在50%以上的人源样本中检出,4种在动物源样本中检出率>16%。338份人源样本具有国别(中国、丹麦、西班牙、美国和日本)信息,耐药基因分析显示,tetO、tetQ和tet W 3种耐药基因在5个国家均有检出;来源于中国的样本均检出tet32、tet40、tetO、tetQ和tet W5种耐药基因,并匹配上24种四环素耐药基因型。在人体不同部位微生态四环素类耐药基因分布中,肠道中的耐药基因型分布最丰富,共有26种四环素耐药基因匹配到肠道样本中,其中tetQ、tet W、tetO、tet32、tet40 5种耐药基因型检出率>70%。结论在人体、动物微生态中存在着大量的、多样的四环素类耐药基因,公众健康和生态环境受到巨大威胁,需要引起高度重视。; 张婷婷苗娇娇强裕俊李秀文李秀文张雯彭贤慧; 关键词：宏基因组学四环素耐药性四环素耐药基因

幽门螺杆菌感染者胃内菌群特征分析被引量：13: 2017年; 目的通过比较幽门螺杆菌(Helicobacter pylori,H.pylori)感染者和H.pylori阴性健康人群胃内菌群差异,探讨H.pylori对胃内菌群的影响。方法 30例H.pylori感染者和30名H.pylori阴性健康志愿者胃黏膜标本,经组织研磨匀浆后提取基因组,对16S r DNA基因V3-V4高变区进行扩增,构建小片段文库,基于Illumina Hi Seq 2000测序平台,利用250 bp Paired-End的方法进行双末端测序。下机数据经过生物信息处理后,得到有效序列,以97%一致性将序列聚类成为OTUs,经聚类及物种注释后获得每个样本在各分类水平的分布情况。比较分析两组样品α多样性差异和β多样性差异。统计分析两组在各分类水平相对丰度变化情况。寻找因H.pylori感染引起相对丰度发生显著变化的物种。结果与H.pylori阴性对照组相比,H.pylori阳性组α多样性显著降低。β多样性结果显示,组内的菌群结构相似度高,而组间的菌群相似度较低。H.pylori阴性对照组内优势菌属为Shewanella、Streptococcus、Escherichia、Pseudomonas、Prevotella、Neisseria、Oscillospira;而H.pylori阳性组内优势菌属为Helicobacter、Prevotella、Pseudomonas、Fusobacterium和Streptococcus。H.pylori阳性组内Streptococcus、Prevotella、Fusobacterium、Campylobacter、Porphyromonas、Rothia、Neisseria、Heamophilus[Prevotella]、Veillonella、Leptotrichia、Actinomyces、Bulleidia相对丰度显著升高;而阴性对照组Shewanella显著升高。结论H.pylori能够显著影响胃黏膜菌群结构,H.pylori可能与胃内菌群共同促进消化性溃疡、萎缩性胃炎、胃癌、MALT淋巴瘤的发生、发展。; 彭贤慧周丽雅何利华宋志强张建中; 关键词：幽门螺杆菌高通量测序

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