张智俊
- 作品数：84 被引量：802H指数：17
- 供职机构：浙江农林大学更多>>
- 发文基金：浙江省自然科学基金国家自然科学基金中国博士后科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学建筑科学医药卫生更多>>
- 芦笋EST资源的SSR信息分析被引量：2
- 2012年
- 为了在芦笋中开发EST-SSR功能性标记,对来源于NCBI公共数据库的8590条芦笋(AsparagusofficinalisL.)EST序列进行简单重复序列SSR搜索。剔除冗余序列,得到非冗余序列8377条。在非冗余序列中共挖掘出469个EST-SSR,平均相隔14.80kb出现1个SSR。在所有的重复基序中,二核苷酸重复基序的SSR所占比例最高40.51%(190/469),其次是三核苷酸34.97%(164/469),六核苷酸21.11%(99/469)。在所有基序里,CT/AG出现的频率最高有62次,占全部重复基序的13.22%(62/469)。选取含SSR的EST序列30条,并利用primer5软件设计引物,进行SSR位点的扩增,其中27对引物扩增产物,24对有较清晰可靠的目标扩增条带,占引物数的80%,且所检测出的芦笋等位基因数量较丰富,平均4.93个/对。这些EST-SSR标记的开发将有助于芦笋群体遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位、分子标记和系谱分析等方面的研究。
- 吴建霞李亚玲张智俊管雨
- 关键词：芦笋引物
- H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列的变异分析被引量：4
- 2006年
- 从GenBank上获得194株不同来源的H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,利用MEGA3分析了HA基因核酸序列碱基突变的特点。并通过比较序列同源性,构建NJ系统进化树,探讨了不同来源的H5N1病毒的系统进化关系。序列分析结果表明,被研究的194条H5N1亚型禽流感病毒HA基因核酸序列,碱基长度大约在1700bp左右,共发现了757个可变位点,其中Parsimony-informative sites有537个,Singleton sites有220个;病毒的变异速率很快,平均变异率为3.23%;病毒的序列变异具有显著的地区特点和时间特点;同时,全球化的贸易以及候鸟的迁徙在传播病毒过程中起一定作用。
- 李佳张智俊田兴军
- 关键词：禽流感H5N1病毒HA基因核酸序列
- 胡桃EST-SSR标记的筛选及引物设计(英文)被引量：3
- 2011年
- [目的]筛选胡桃的EST-SSR分子标记并对其进行引物设计。[方法]利用生物信息学方法对NCBI网上公开的5213条胡桃(Juglans regia Linn.)ESTs序列进行EST-SSR特征分析,利用利用Primer3.0软件对筛选出的EST序列设计引物。[结果]在ESTs序列中共检索出207个SSR,其中无冗余序列188,检出率为3.97%,平均分布距离为21.12kb,包括92种重复基元,其中以二核苷酸和三核苷酸重复类型为主,分别占总数目的31.40%和35.27%;对随机筛选出的50条SSR引物进行PCR扩增验证,初步筛选出30对引物。[结论]通过对胡桃EST序列中SSR位点的发掘分析,有针对性地设计EST-SSR引物,将为胡桃科EST-SSR分子标记的开发奠定基础。
- 冯怡张智俊张舍龙罗淑萍
- 关键词：胡桃EST-SSR微卫星引物
- 茂原链霉菌谷氨酰胺转胺酶序列分析及三维结构建模被引量：2
- 2005年
- 利用DNASTAR、VectorNTI9、SignalP等生物信息学平台对茂原链霉菌(Streptomyces mobaraensis)谷氨酰胺转胺酶(TGase)进行了序列分析和三维结构建模。结果表明:茂原链霉菌TGase同已报道其他微生物来源的TGase有较高的同源性,无信号肽,存在一个跨膜结构区,二级结构是由多个α螺旋、转角和少量β折叠构成。同时在一二级结构分析的基础上,利用同源建模的方法完成了三维结构的建模。
- 张智俊田兴军李亚玲罗淑萍
- 关键词：谷氨酰胺转胺酶
- 菠萝EST资源的SSR信息分析与开发被引量：1
- 2017年
- 表达序列标签-简单重复序列(EST-SSRs)存在于表达序列标签中,是一种最常用的新型微卫星标记。它可以被嵌入到功能基因序列中,有效并高效地提供更多的相关信息。通过对已公开的5 659条菠萝Ananas comosus的表达序列标签(ESTs)进行电子筛选,获得了617条含有简单重复序列(SSR)的菠萝EST。平均7.39 kb EST序列中含有1个SSR,其中二核苷酸,三核苷酸和六核苷酸是SSR的主要重复类型,分别占SSR总数的42.61%,29.25%和20.13%。所有重复类型中重复次数最少的是四核苷酸序列(3.46%)。AG/TC是二核苷酸中的优势单元。根据搜索出的EST序列,共设计出30对物,其中27对引物扩增产物具有多态性。本次实验中开发的EST-SSR标记是迄今为止有关于菠萝的第1次大规模SSR标记开发。研究结果为利用EST-SSR分子标记进行菠萝连锁图谱构建,数量基因定位,种质资源遗传多样性,亲缘关系研究和指纹图谱构建奠定了基础。
- 陈俊浩陆洋倪燕婕张智俊钟雅萍鲍晶晶罗淑萍
- 关键词：分子生物学菠萝表达序列标签简单重复序列
- 油茶总RNA及mRNA的分离与纯化被引量：37
- 2003年
- 利用改良的CTAB法,从富含酚类糖类等次生物质油茶叶片中分离出总RNA,并从总RNA中,通过两次过Oligo(dT)柱分离纯化得到mRNA.实验结果证明:所提取的RNA和mRNA完整,质量较高,并应用到油茶cDNA文库的构建.
- 张智俊谭晓风陈永忠
- 关键词：油茶总RNAMRNA纯化改良CTAB法CDNA文库
- 植物MADS-box基因研究进展被引量：17
- 2006年
- 植物中的MADS-box基因是一个序列特异的调节基因家族,其编码的MADS-box蛋白转录因子以二聚体化的形式通过保守的MADS结构域与特定的DNA序列结合来调控基因的表达,从而调节植物的生长发育.对植物MADS-box基因的分布、分类、结构、功能和前景作了简要的综述。
- 马辉张智俊罗淑萍
- 关键词：MADS-BOX基因植物
- 哈密瓜组织培养和离体快繁被引量：2
- 2003年
- 张智俊罗淑萍
- 关键词：哈密瓜离体快繁子叶移栽
- 高盐胁迫下毛竹抗逆基因PeLRR-RLKs的克隆及其表达分析
- (Phyllostachys edulis)是禾本科竹亚科刚竹属竹种，是我国竹类植物中分布范围最广、栽培面积最大、蓄积量最多的一个材用和笋用竹种。它具有生长快、成材早、产量高、用途广等特点，不但具有很高的经济价值，还能产...
- 杨丽黄业伟张智俊
- 关键词：毛竹高盐胁迫抗逆基因基因克隆
- 山核桃EST-SSR引物的筛选及通用性分析被引量：9
- 2013年
- 为了研究核桃EST序列的通用性以及山核桃的遗传多样性,从NCBI数据库的核桃EST序列中设计了20对引物,并从中筛选出6对,对24份山核桃以及27份核桃样品进行分析,共检测到46个位点,其中多态性位点41个。利用Popgen32软件对6组引物进行分析。结果表明,观察等位基因数(N a)平均为1.869 6,有效等位基因数(N e)平均为1.623 4,基因多样性指数(H)平均为0.344 7,Shannon信息指数(I)平均为0.502 3。采用UPGMA法进行聚类分析,在相似系数为0.73时所有样品可明显区分为2个类群,说明由核桃EST筛选出的EST-SSR引物具有较好的通用性,可用于山核桃遗传分析、系统分类以及品种鉴定。
- 黄少勇张智俊罗淑萍李疆
- 关键词：山核桃EST-SSR
