张少龙
- 作品数：35 被引量：62H指数：4
- 供职机构：山东师范大学物理与电子科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金山东省自然科学基金山东省优秀中青年科学家科研奖励基金更多>>
- 相关领域：理学生物学医药卫生化学工程更多>>
- 激光等离子体产生条件的实验研究被引量：12
- 1999年
- 用时间和空间分辨光谱诊断法研究了激光轰击Ｔｉ靶产生的等离子体发射光谱，测得了等离子体形成的时间，与理论符合很好；通过对不同背景气体压强环境中等离子体羽的飞行速度和电子温度的计算，讨论了背景气体在激光诱导等离子体形成中的作用。
- 董全力王军张少龙满宝元王象泰于衍宏
- 关键词：激光诱导等离子体局域热力学平衡
- 分子动力学研究别构小分子在HIV-1蛋白酶与抑制剂结合中的作用
- 为了提高感染HIV病毒尤其那些感染MDR(multidrug resistance)突变株病人的长期治疗效果,急需发展具有新机制的药物.非活性位别构抑制剂被普遍认为是一种极具发展前景的选择,是当前的前沿热点课题.本工作是...
- 孟现美王加磊张少龙张庆刚
- HIV-1蛋白酶与抑制剂TMC-114作用机制的自由能研究
- 2009年
- HIV-1蛋白酶已经成为治疗艾滋病的主要药物靶标之一.文中采用分子动力学模拟和MM-PBSA方法计算了HIV-1蛋白酶与TMC-114的结合自由能.通过能量分解考察了HIV蛋白酶的各残基与TMC-114的相互作用.
- 陈建中张少龙张庆刚
- 关键词：分子动力学MM-PBSA
- SiH_4+H→H_2+SiH_3反应的约化维数计算
- 2005年
- 对SiH4+H→H2+SiH3反应体系应用SVRT模型进行了4维的量子动力学计算。将得到的速率常数与实验数据以及其他理论方法进行比较,得出了一些有意义的结论,并与CH4+H→H2+CH3反应在同种理论模型下做了对比,较好的与实验相吻合。最后验证了理论方法以及势能面的正确性。
- 张绪强张少龙张庆刚张怿慈
- 关键词：SVRT模型过渡态速率常数
- 大分子的动力学理论研究
- 用量子力学的方法理解化学反应的动力学规律、研究分子的物理化学特性是原子分子物理研究的重要课题之一。
本文分两大部分，第一部分是用半刚性振转靶(SVRT)模型研究多原子分子反应，第二部分是生物大分子的共轭...
- 张少龙
- 关键词：散射截面速率常数电荷密度
- 蛋白质微秒级折叠过程的快速模拟
- 2015年
- 使用ff12SB力场和广义玻恩(GB-Neck2)隐性水模型在GTX670 GPU上对4个蛋白质CLN025(2ZEI)、MHA6(2I9M)、Trp-Cage(1L2Y)、Villin(3TRW)的微秒级折叠过程进行了分子动力学模拟,2ZEI的折叠时间和均方根偏差为5.94μs和0.897,2I9M的折叠时间和均方根偏差为0.191μs和1.142,Villin的折叠时间和均方根偏差为4.23μs和1.37,Trp-Cage的折叠时间和均方根偏差为2.48μs和0.63。结果表明,蛋白质折叠模拟已经能够通过GPU计算在桌面计算机上实现。
- 林云张少龙张庆刚张怿慈
- 关键词：蛋白质折叠分子动力学GPU计算
- 分子动力学模拟别构抑制剂Efavirenz对HIV-1逆转录酶的作用被引量：2
- 2016年
- 为了理解非核苷类逆转录酶抑制剂(NNRTIs)与HIV-1逆转录酶(RT)的相互作用机制,利用新力场ff12SB对未结合和结合Efavirenz(EFV)逆转录酶的三种RT大分子体系分别进行了100 ns的长时间动力学模拟。通过分析EFV对RT结构的影响、不同残基柔性和不同体系构象的动力学行为等,发现EFV的结合会导致RT结构变化,从而影响RT的活性;证实了EFV的"分子楔"作用;还发现EFV的结合不但引起"拇指关节炎",而且引起轻度"手指关节炎";整个模拟过程中没有出现不同构象间的跃迁,但是无别构分子时的RT张开构象表现出明显的闭合倾向。这些结果有助于理解NNRTIs的抑制机制和RT构象变化的动力学性质。另外,还比较分析了模拟方法对计算结果的影响,对大分子体系的动力学模拟具有重要借鉴意义。
- 孟现美张少龙张庆刚
- 关键词：逆转录酶抑制剂分子动力学模拟
- 抑制剂RVX08、SF2535、RVXOH与BRD4蛋白第一结构域结合模式的分子动力学研究
- 2019年
- 该工作采用分子动力学模拟和主成分分析等方法研究了抑制剂SF2535、RVX08和RVXOH与BRD4蛋白第一结构域(BRD4-1)的结合对BRD4-1蛋白构象的影响.此外,为进一步研究三个抑制剂与BRD4-1蛋白的结合能力,采用分子力学泊松-玻尔兹曼表面积(MM-PBSA)方法计算了抑制剂与BRD4-1蛋白的结合自由能.结果表明SF2535与BRD4-1蛋白的结合能力最强.本研究不仅有助于更好的了解BRD4-1的功能和内在动力学,而且还可为以BRD4-1为靶标的有效抗癌药物的研发提供理论基础.
- 孙鲁艳苏静闫芳芳刘新国张少龙
- 关键词：分子动力学模拟主成分分析MM-PBSA
- 两种雌激素受体与抑制剂作用的机制
- 2011年
- 对雌激素受体ERα和ERβ与抑制剂244结合的体系进行了12 ns的分子动力学模拟,用MM-PBSA方法计算了体系的结合自由能,抑制剂与ERα的结合自由能是-30.11 kJ/mol,与ERβ的是-33.32 kJ/mo。lERα中Met421侧链原子与抑制剂间的静电排斥作用使活性口袋周围的残基构象发生变化,导致活性区域中结合空穴变大,从而使ERα与抑制剂的亲和性降低。自由能分解计算进一步说明了各个残基对自由能的贡献。
- 李龙飞孙德福张少龙张庆刚
- 抑制剂对溴结构域蛋白4的两个溴结构域选择机制的多副本分子动力学模拟和自由能分析
- 2023年
- 溴结构域蛋白4在细胞周期调节中至关重要,已成为治疗各种癌症的潜在靶标、溴结构域蛋白4包含两个溴结构域,即BD1和BD2.研究表明,选择性地抑制BD1或BD2可能提供更有效的治疗方案.因此,了解抑制剂对BD1和BD2结合的选择性机制对于开发BD1和BD2的高选择性抑制剂至关重要.本文利用多副本分子动力学模拟研究了抑制剂SG3-179、GSK778和GSK620对BD1和BD2的结合选择性.结果显示,BD1比BD2具有更强的结构灵活性,而且BD1和BD2表现出不同的内部动力学.对自由能景观的分析表明,BD1和BD2的构象分布存在明显的差异.结合自由能预测表明,熵变、静电相互作用和范德华相互作用是SG3-179、GSK778和GSK620对BD1和BD2选择性结合的关键因素.单个残基能量贡献的计算表明,(BD1,BD2)中的残基(W81,W374)、(P82,P375)、(Q85,K378)、(V87,V380)、(L92,L385)、(N93,G386)、(L94,L387)、(C136,C429)、(N140,N433)、(K141,P434)、(D144,H437)和(I146,V439)在SG3-179、GSK778和GSK620与BD1和BD2的结合中产生明显的能量差异,它们可以作为开发针对BD1或BD2的高选择性抑制剂的有效靶点.相关信息可为提高抑制剂对BD1和BD2的选择性提供重要的理论指导.
- 李梦刘新国张少龙孙嘉豪张庆刚陈建中
