安徽省高性能计算重点实验室
- 作品数：69 被引量：188H指数：5
- 相关作者：李小康孙昊和振华更多>>
- 相关机构：中国科学技术大学合肥工业大学国防科学技术大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金安徽省自然科学基金国家科技重大专项更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术电子电信生物学理学更多>>
- 生物序列数据K-mer频次统计问题的算法
- 2014年
- 生物序列的k-mer频次统计是生物信息处理中一个非常基础且重要的问题.本文针对多序列在对齐模式下,不同偏移处一段长度范围内的k-mer频次统计问题进行了研究.提出了一种逆向遍历k-mer计数算法BTKC.该算法能够充分利用长度的k-mer统计信息,快速得到长度的k-mer统计信息,从而避免了统计任意长度的k-mer频次信息时都需要对所有序列进行遍历.算法的时间复杂度分析及实验结果表明,相比于传统的前向遍历FTKC算法,BTKC算法性能提升非常明显,且其时间复杂度与k-mer长度的变化范围无关,非常适合于在k-mer长度变化范围较大的情况下使用.
- 张鑫鑫陈波何继凌徐云
- 关键词：生物信息处理
- Spark的内存重删优化
- Spark是类似于MapReduce的通用并行计算框架,它拥有MapReduce的所有优点.不同的是Spark将中间结果缓存到内存,减少了磁盘的读写次数,正因如此,Spark能更高效地支持迭代运算.虽然Spark的缓存策...
- 李佳伟郭帆刘军明许胤龙李永坤
- 关键词：SPARKFILTER
- 基于串联质谱的快速肽段鉴定算法被引量：1
- 2010年
- 在现有RT-PSM算法的基础上,完成蛋白质数据库酶切成肽段数据库的转换过程,提出有效峰提取的优化策略,设计一个肽段鉴定算法——FPI-PSM。对于没有翻译后修饰的情形,采用Keller数据集进行测试。与RT-PSM算法相比,FPI-PSM算法的灵敏度提高了5%,每个质谱的平均鉴定时间从13.6 ms下降到5.6 ms。
- 邵明芝徐云王颖李文军
- 关键词：串联质谱
- 基于轮转部署的RAID6分布式存储系统扩容方案被引量：1
- 2016年
- 随着用户数据和新型应用的爆炸式增长,存储系统需要更大的存储空间和更好的I/O性能,导致对原有存储系统进行扩容。研究基于RDP编码的存储系统的扩容问题。已有的扩容方案RS6、SDM等没有考虑到校验块的轮转部署与负载均衡等因素,导致扩容后的系统中各磁盘的负载不平衡。在基于校验块轮转部署的基础上,提出一种新型RDP扩容方案RSR。基于RSR的扩容方案,扩容后的系统中各磁盘上的数据块与校验块的分布都是均衡的。通过在Disksim上的一系列模拟实验证明,RSR的数据块和校验块迁移量上达到了最优,并且在扩容后的系统访问性能也接近于最优。
- 高帅梁杰吴思许胤龙
- 一种依赖社会网络的P2P视频点播推荐机制被引量：3
- 2013年
- 提出一种新颖实用的视频推荐机制,用于缓解高质量P2P视频点播服务中存在的节点带宽饥饿现象.通过分析中国科技大学校园视频点播系统10个月的点播日志,发现视频在视频关联网络有聚簇的趋势,社会网络的现象明显.基于视频的社会网络特性,利用P2P视频点播系统已有的gossip协议,设计了一种新颖实用的基于社会网络的分布式视频推荐机制.利用gossip协议和视频之间的社会网络关系属性,此机制能够分布式的并且低代价的给饥饿节点推荐最优的视频.饥饿的节点通过接受推荐来避免继续陷入饥饿.实验表明该推荐机制能有效地缓解点播节点的带宽饥饿,提高P2P网络资源的利用效率.
- 和振华田野
- 关键词：视频点播分布式社会网络
- 基于网络编码的分层媒体多播中的层速率分配优化被引量：4
- 2010年
- 该文研究了基于网络编码的分层媒体多播中的层速率优化分配问题。通过优化分配层速率,最大化所有接收节点的接收速率总和。由于该问题是一个非线性整数规划的问题,该文提出了一个时间复杂度为O(|V||T|2|E|2)的启发式的层速率分配算法MRAA。算法MRAA根据各接收节点的接收带宽将网络图按分层层数优化分解成子图,每个子图中各接收节点的最大流的最小值即是相应的层速率。模拟实验表明,算法MRAA相比已有算法对网络吞吐量提高15%-18%,对各接收节点的平均带宽利用率改善6%-10%。
- 林晓斌许胤龙詹成王青山
- 关键词：网络编码非线性整数规划
- MATLAB到高性能C的代码转换系统设计与实现
- 2022年
- MATLAB被广泛应用于算法设计及验证,但由于平台限制及性能因素影响,实际工作中通常使用C语言及高性能库来重写和优化代码。人工转换MATLAB到C工作繁琐,而大部分已有的自动转换方法又难以解决MATLAB的高性能矢量运算和库函数与C的对接问题。为此,设计了一个MATLAB到高性能C的自动转换系统,通过将MATLAB代码转换为中间表示,进一步转换为C代码。同时,将MATLAB的高性能矢量运算和库函数对接到高性能C函数库Math Kernel Library(MKL)上。在相同MATLAB代码上的实验结果表明,该系统转换生成的C代码性能与人工编写的C代码相当,优于已有的转换方法生成的C代码。
- 余泽霖徐云
- 关键词：MATLAB代码转换
- 推测执行技术在HPMR系统通信优化中的应用被引量：2
- 2010年
- HPMR(high performance MapReduce)系统是一个采用MapReduce模型的高性能计算软件支撑平台.在进行高性能计算时,HPMR往往需要很多轮Map-Reduce过程,中间的通信过程由KV路由和KV传输组成.KV传输依照KV路由阶段产生的KV路由表进行.HPMR程序的典型通信特征是每一轮的KV传输以高概率使用上一轮的KV路由表.根据这一特点,提出在HPMR的通信模型中引入推测执行技术,由此减少了KV路由的次数,使得HPMR的通信性能得到大大地提升.
- 王昊王向前郑启龙
- 关键词：MAPREDUCE
- 未知网络中可分负载的分布式调度被引量：2
- 2009年
- 针对未知网络参数的异构网络系统,提出了一个基于探测技术的多阶段负载调度策略.该策略首先将整个负载分成一些子负载,每个阶段将一个子负载分配给各个处理器.在不知道网络性能参数或网络性能随时间动态变化的情况下,从子负载中分出一小部分负载作为探测片段来探测网络的当前性能参数,作为调度的基础.实验结果表明,该算法的优越性明显.在同样的调度时间复杂度下,其调度结果较已有算法最好时可以缩短调度时间超过20%,平均缩短调度时间约15%.
- 黎鹤孙广中许胤龙
- 区块链中Merkle树性能研究被引量：7
- 2020年
- 区块链技术具有去中心化、安全可靠和不可篡改等特性,已经得到广大的重视.Merkle树是区块中核心组成部分,占据区块存储空间的96%以上,主要用来解决在区块链交易中的简化支付验证问题,因此选择合适的Merkle树结构会极大影响区块链系统性能.但是,目前缺乏公共的平台对不同区块链系统下的Merkle树性能进行分析和实验验证.本文提出了一整套相关性能评价与分析指标,从存储、验证和构建时间等方面,综合评价比特币、以太坊和超级账本三种主流区块链的Merkle树的性能.本文提出的指标及评价方法不仅为Merkle树的进一步研究提供了定量的数据支持,也为区块链从业者选择Merkle树结构提供了理论依据.
- 黄根邹一波徐云
- 关键词：区块链MERKLE树
