华侨大学化工学院工业生物技术研究所
- 作品数：23 被引量：82H指数：6
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- 相关领域：生物学化学工程轻工技术与工程医药卫生更多>>
- 来源于克雷伯氏菌的1,3-丙二醇氧化还原酶的同源建模被引量：3
- 2006年
- 用Swiss-Model和Modeller对来源于Klebsiella pneumonide的1,3-丙二醇氧化还原酶(PDOR)进行三级结构建模,并对所得的6个目标模型进行评价和比较,从中选择最好的一个模型,预测了辅酶NADP+和Fe2+在PDOR结构空间的近似位置,并定位了与NADP+和Fe2+作用的相关残基。
- 张燎原曹阳夏启容洪燕方柏山
- 关键词：1,3-丙二醇氧化还原酶同源建模
- 采用BP算法的多层感知机模型的蛋白识别被引量：2
- 2009年
- 采用误差反传(BP)算法的多层感知机模型,对嗜热蛋白和常温蛋白进行模式识别.通过增加训练数据及多种检验方法检验模型稳定性及泛化能力,探讨蛋白分子大小对识别效果影响.结果表明,当动态参数为0.2,学习速率为0.5,隐含层节点数为11时,该模型在自一致性检验、交叉验证和独立样本测试3种检验方法中的识别精度分别为91.5%,88.2%和92.1%,其表现优于一些常见的模式识别算法,且具有良好的稳定性及泛化能力.此外,对于较大的或者中等大小蛋白质分子,其识别的精度都较高;而对于较小的蛋白分子,其识别效果较差.
- 张光亚葛慧华方柏山
- 关键词：BP算法多层感知机模式识别蛋白质热稳定性
- 生物催化剂的发现及改造被引量：1
- 2006年
- 生物催化剂是限制工业生物催化的重要瓶颈,发现新型生物催化剂或生物催化剂的新功能及新底物是目前的主要任务。实现该目标的方法有三种:(1)从环境样品中筛选,(2)利用蛋白质工程改造现有生物催化剂,(3)探寻现有生物催化剂的新功能。本文描述了上述三种方法的关键步骤及技术,其中重点介绍了高通量培养技术以及新近发展起来的半理性设计改造生物催化剂的技术。
- 张光亚方柏山
- 关键词：生物催化剂蛋白质工程
- 基于k-近邻算法预测蛋白质热稳定性的研究被引量：1
- 2008年
- 基于一级结构信息预测蛋白质热稳定性,对于利用计算机筛选热稳定性蛋白具有重要意义。本文采用k-近邻算法从序列出发预测蛋白质的热稳定性,用自一致性检验、交叉验证和独立样本测试等三种方法评估。仅用20种氨基酸组成作为特征变量时,识别的正确率分别可达100%,87.7%和89.6%;而引入8个新变量后,其精度分别为100%,89.6%和90.2%,对小蛋白质分子识别的精度提高了2.4%。同时探讨了蛋白质分子大小对识别效果的影响。
- 张光亚李红春方柏山
- 关键词：K-近邻蛋白质热稳定性模式识别
- 黏质沙雷氏菌胞外几丁质酶的纯化及特性被引量：3
- 2012年
- 黏质沙雷氏菌几丁质酶发酵上清液经硫酸铵沉淀、透析、DEAE-琼脂糖凝胶阴离子交换层析和苯基-琼脂糖凝胶疏水层析,得到电泳纯的几丁质酶和几丁质结合蛋白CBP21。该几丁质酶和CBP21分子质量分别约为58 ku和21 ku,CBP21对该几丁质酶水解几丁质增效明显。几丁质酶反应最适温度为50℃,最适pH约为6.5～7.0。该酶在55℃以下、pH 4.5～8.0范围内稳定。酶的Km值为0.22 mg/mL,Vm为1.26μmol/(min.mg)。金属离子K+、Sn2+、Mn2+对酶有一定激活作用,而Pb2+、Hg2+和Cu2+则强烈抑制其活性。该几丁质酶的糖基含量约为3.3%。EDTA和2-ME可分别提高酶活力65%和105%。H2O2强烈抑制酶活力,提示其活性中心可能存在硫氢基。
- 施腾鑫黄秀菁刘嘉贺淹才
- 关键词：黏质沙雷氏菌几丁质酶纯化
- 重组基因工程菌几丁质酶C的可溶性表达研究
- 2013年
- 在不同培养温度条件下对产几丁质酶C的基因工程菌BL21(DE3)进行诱导,使其表达可溶性蛋白。随后在较佳培养温度诱导条件的基础上向培养基中添加不同浓度的甘油,甘氨酸,山梨醇/甜菜碱等成分来更进一步的提高几丁质酶C的可溶性表达。其结果是在25℃诱导条件下,以添加2 g/L葡萄糖的LB培养基作为基础培养基进行培养,在基础培养基中添加3 g/L甘油的总酶活最高,达到了18.17 U/mL,较之仅含2 g/L葡萄糖的LB培养基在37℃及25℃诱导培养条件下酶活力分别提高了41.6%和20.3%;添加0.3%甘氨酸约90%的可溶性几丁质酶表达到了胞外,胞外酶活达到14.68 U/mL;添加0.5 M山梨醇/2.5 mM甜菜碱工程菌胞内酶活达到最高,为8.43 U/mL。结果表明适当降低工程菌诱导表达时的培养温度提高了几丁质酶C的可溶性表达,在较佳温诱导表达的基础上向培养基中添加不同浓度的甘油,甘氨酸,山梨醇/甜菜碱更进一步的提高了几丁质酶C的可溶性表达。
- 刘嘉黄芳施腾鑫贺淹才
- 关键词：可溶性表达
- 利用牛蒡菊糖筛选产菊糖酶菌株的研究被引量：8
- 2006年
- 筛选出一株能分解牛蒡菊糖并产生低聚糖的菌株,经鉴定为黑曲霉AC 1.正交设计法优化摇瓶发酵产菊糖酶的条件,实验结果表明:最佳发酵条件为基质菊糖质量浓度为0.03 g/mL,pH为6.0,磷酸氢二钾质量浓度为0.006 g/mL,酶活力可达26.41 U/mL.利用高效液相色谱检测AC 1产生的菊糖酶粗酶液分解牛蒡菊糖后的产物,结果表明:经分解后检测出低聚糖的存在.对AC 1产生的菊糖酶粗酶液的酶学性质分析,结果表明:pH 5.5,50℃反应温度下表现出最大且稳定的酶活力.
- 罗巅辉王昭晶
- 关键词：牛蒡菊糖菊糖酶高效液相色谱
- 嗜热和常温蛋白模式识别的研究被引量：3
- 2005年
- 采用主成分分析、偏最小二乘回归和BP神经网络三种方法对嗜热和常温蛋白进行模式识别。结果表明,三种方法对训练集拟合的平均正确率分别为92%、95%和98%,对测试集进行预测的平均正确率分别为60%、72.5%和72.5%,对嗜热蛋白预测正确率最高为75%,常温蛋白最高为85%。构建了数学模型并对其生物学意义进行了解释,建立了一种基于序列的识别嗜热和常温蛋白的新方法。
- 张光亚方柏山
- 关键词：模式识别主成分分析偏最小二乘回归BP神经网络
- 木聚糖酶氨基酸组成与其最适pH的神经网络模型被引量：11
- 2005年
- 籍均匀设计(UD)方法,构建了G/11家族木聚糖酶氨基酸组成和最适pH的神经网络(NNs)模型。当学习速率为0·09、动态参数为0·4、Sigmoid参数为0·98,隐含层结点数为10时,该模型对最适pH的拟合和预测平均绝对百分比误差可分别达到3·02%和4·06%,均方根误差均为0·19个pH单位,平均绝对误差分别为0·11和0·19个pH单位。该结果比文献报道的用逐步回归方法好。
- 张光亚方柏山
- 关键词：木聚糖酶均匀设计神经网络氨基酸组成最适PH
- 乙醇脱氢酶氨基酸组成和最适温度均匀设计的神经网络模型被引量：1
- 2006年
- 构建了乙醇脱氢酶氨基酸组成和最适温度的神经网络模型,并运用均匀设计优化神经网络结构。结果表明,当最小训练率为0．12,动态参数为0．6,Sigmoid参数为0．98,隐含层结点数为9时,神经网络的拓扑结构为最优。所得样本误差为0．00999,模型对温度预测的平均绝对百分比误差为5．13%,均方根误差为5．12℃,平均绝对误差为3．82℃,优于逐步回归计算的结果。
- 张光亚李猛方柏山
- 关键词：乙醇脱氢酶BP神经网络最适温度
