中国博士后科学基金(20060400344)
- 作品数：17 被引量：53H指数：5
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- Partial Words Used for DNA Encoding
- Finding a good DNA code is a very basic problem in DNA computation. Apart from the fact that we must provide a...
- Zhen Li
- DNA编码限制条件与编码策略被引量：2
- 2009年
- 以评价DNA编码的基本限制条件之一——Hamming距离为出发点分析了DNA编码的三个参量:码字个数、码字长度与Watson-Crick Hamming距离,并得到它们之间的内在联系;讨论了Watson-Crick Hamming距离与DNA码字重量之间的关系;在此基础上得到了DNA编码的编码策略;提出了适合DNA编码的改进Watson-Crick Hamming距离及DNA编码模块化的定义,对DNA编码的优化做出了详细分析,为DNA计算的发展注入了活力。
- 李珍王淑栋
- 关键词：DNA计算DNA编码WATSON-CRICKHAMMING距离
- 活体生物计算模型的研究进展及展望(英文)
- 2008年
- 活体生物计算模型是基于生物体内各种生化分子以特定的形式互相协作、处理信息的能力而出现的一种新的计算模型.由于其计算组成部件是直接镶嵌在生物活体里面,并且显示具有一定的计算能力,这可以使人们深入研究生物体信息处理能力以及获得对这种能力的有效控制.该文介绍了近几年几类体内生物计算模型,用于求解NP完全问题、基因逻辑电路、分子自动机研究状况,并对未来的发展方向进行了展望.
- 刘向荣赵东明郗方李菲
- 关键词：生物计算NP问题
- 基于粘贴和删除系统的图着色问题分析(英文)被引量：6
- 2008年
- 图着色问题是图与组合优化中的一个NP-完全问题.现有算法在求解图着色问题时,计算复杂性随着待解问题规模的增大呈指数增长.粘贴系统和删除系统是分别基于粘贴运算和删除运算的两种语言生成器.文中将图着色问题和图的坏边数结合起来,将图着色问题转化成搜索最长序列的问题,然后利用粘贴系统和删除系统的并行性,得到了图的色数及其所有色类.与已有求解图着色问题的DNA算法相比,新的算法具有较低的复杂性.
- 王淑栋
- 关键词：DNA计算图着色
- DNA Golay码的设计与分析被引量：6
- 2009年
- DNA编码是DNA计算初始数据库中寡核苷酸序列的设计问题.合理的DNA编码可以提高实验的稳定性和正确性,从而确保DNA计算的成功率.本文给出DNA码字重量和DNA码字间Watson-Crick Hamming距离的定义;提出DNA Golay码的设计方法;分析了DNA Golay码的性质和规模;与随机搜索优码方法相比,DNA Golay码求解优码更加简单可行.
- 王淑栋宋弢李二艳
- 关键词：DNA计算DNA编码GOLAY码HAMMING距离
- DNA自组装技术的研究进展及难点(英文)被引量：5
- 2008年
- 近年来,DNA自组装成为DNA计算及纳米材料科学等领域研究的热点,它关系着DNA计算机的发展.DNA分子如何组装已成为许多学者关注的焦点.为此,文中主要围绕着DNA分子组装成的初级元件的类型:一条长的DNA单链、多条短寡核苷酸链和自组装单元,重点从自组装的初级元件形成的一维、二维及三维结构上讨论DNA自组装技术与方法.文中讨论了这些技术的原理及应用的研究进展,并且分析了DNA自组装应用于DNA计算的主要难点及解决方案.首先,编码的好坏决定着实验是否能实施;其次,DNA单链之间组装的角度及初级原件之间的连接是影响自组装体产量的关键因素;从具体的实验操作上看,每条DNA单链的浓度比例及退火温度则决定着自组装的成败.随着学科之间的高度交叉,DNA自组装将是材料学、信息学、生物学等领域的重要研究方向,也是推动DNA计算机发展的重要手段.
- 杨静张成
- DNA计算中核酸序列设计方法比较研究(英文)被引量：4
- 2008年
- DNA计算是将现实问题进行编码,映射到DNA分子上,然后通过分子生物实验产生出代表问题解的DNA分子,最后通过检测技术提取出该DNA分子.高质量的DNA编码可以尽可能避免或减少计算过程中出现的错误,并使检测阶段易于提取出代表问题解的DNA分子.文中对基于汉明距离和基于自由能的DNA核酸编码方法进行研究,分析了两类方法的约束条件对DNA编码质量的影响,比较了两类方法排除非特异性杂交的完备性和计算量,进一步分析了两类方法编码DNA序列的效率.通过分析和比较得到,两类DNA计算编码方法都能有效地限制DNA分子间的非特异性杂交,其中基于汉明距离的DNA编码方法的计算量比较小,但是它仅能近似地估计DNA分子间杂交的热力学稳定性,不能完全替代最小自由能的编码方法.在满足DNA计算试验精度要求的条件下,采用基于汉明距离的DNA编码设计方法不仅能有效地的挑选出特异性杂交和非特异性杂交的DNA序列,还能有效地减少计算量,从而提高DNA序列设计的效率.
- 张凯耿修堂肖建华赵东明
- 关键词：DNA计算自由能汉明距离
- 求解0-1规划问题的DNA计算模型(英文)被引量：2
- 2008年
- DNA计算是以DNA分子作为数据的一种新型计算模式.在DNA计算中首要面对的问题是编码问题.文中提出了一种双编码方法,利用这种编码方法可以使得在DNA计算的读解过程类似于DNA测序过程,容易实现自动化操作.基于该编码方法所建立的DNA计算模型可用于求解0-1规划问题,只需4次PCR反应即可读取问题的可行解.与其他DNA计算模型相比,该模型具有操作简单、易于实现的优点.
- 强小利曾波王子成寇铮
- 关键词：DNA计算
- 用于DNA编码的部分字
- 2011年
- 寻找合理的DNA编码是DNA计算中一个基本的问题.因此要给出一种方法使得DNA序列不会产生不想要的结构,尤其是假阳性是解决此问题的关键.传统方法是要求码字间的Hamming距离足够大.因此考虑用部分字的方法来解决DNA编码问题,利用部分字的洞的定义及其性质得到了关于部分字的洞、Hamming距离和Watson-CrickHamming距离的3个命题,通过部分字对DNA编码进行了优化,解决了DNA编码中的部分疑难问题.
- 李珍王淑栋李二艳
- 关键词：DNA编码HAMMING距离WATSON-CRICKHAMMING距离
- 三元DNA编码法与扩元DNA编码法被引量：1
- 2009年
- DNA编码是DNA计算中初始数据库的寡核苷酸序列的设计问题,合理的DNA编码可以提高试验的成功率,从而确保DNA计算的稳定性和正确性。提出了更为合理的DNA编码改进Hamming距离与用于DNA编码的DNA码矩阵;给出设计优码字的三元DNA编码法以及扩元DNA编码法并对算法的复杂性进行了分析;结合算例给出算法设计DNA码字的优点。
- 宋弢王淑栋马芳芳
- 关键词：DNA计算DNA编码HAMMING距离
