哈尔滨市科技攻关计划项目(2003AA3CS113)
- 作品数：7 被引量：32H指数：4
- 相关作者：郭政李霞屠康徐建震王栋更多>>
- 相关机构：哈尔滨医科大学哈尔滨工业大学更多>>
- 发文基金：哈尔滨市科技攻关计划项目国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 功能相关基因模块的共表达分析软件GeneHub
- 2005年
- 介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色体定位、蛋白质互作及蛋白质复合物、调控通路、信号传导通路和细胞位置5个方面的基因功能分类体系下基因组共表达现象.该软件有利于整合其他多种基因组信息源,从而为采用信息融合分析技术挖掘基因表达谱数据和发现新的基因功能知识建立了很好的基础.介绍了研制的功能相关基因模块的共表达信息融合分析软件GeneHub的7个功能模块:数据提交及分解、统一编号、数据标准化、差异表达基因筛选、基因功能分组、表达相关性统计分析和综合评价,Gene Hub涉及的生物学.数据库(LocusLink、Unists、GO、KEGG、BIND、MIPS).应用GeneHub,可选择不同的表达相似性测度(欧氏距离,Pearson相关系数,Spearman相关系数)在不同的实验数据集上研究功能相关基因的表达相关性.GeneHub已被用于研究按染色?
- 郭政张田文李霞屠康喻辉徐建震王辰光
- 关键词：基因芯片基因表达基因功能数据库
- GO功能类与基因差异表达的关联规则挖掘算法被引量：7
- 2004年
- 针对基因功能分类体系GeneOntology的层次结构特点 ,修改关联规则挖掘算法Apriori,开发“挖掘与基因差异表达关联的GO功能组合”软件 (RuleGO) .RuleGO以基因表达谱上的差异表达基因集合和不差异表达基因集合为输入 ,输出组合特征功能类与基因差异表达现象的关联规则 ,有助于解释基因差异表达现象的本质原因 ,如疾病发病机制、药物作用机理等 .将RuleGO和OntoExpress应用在结肠癌和腺癌表达谱数据集上 ,结果显示 ,RuleGO比OntoExpress能发现更多的与差异表达现象关联的特征功能类 ,更能看到在OntoExpress上不能发现的组合特征功能类 .另外 ,结果显示 ,将规则的置信度和支持度要求设置较高时 ,一般只有组合功能类才能满足要求 ,这提示在基因表达谱分析中不宜采用单个角度的单个功能分类单元 。
- 屠康喻辉郭政李霞
- 关键词：基因表达谱关联规则ONTOLOGY基因芯片技术
- 利用GeneHub软件多角度分析基因功能相关与表达相关的联系被引量：2
- 2006年
- 我们研制的GeneHub软件可以用来评价基因功能分类体系中各个功能单元的表达相关性的显著性,从而筛选与实验条件相关的功能单元。采用不同的相似性测度与不同的数据集,使用GeneHub研究了分别按染色体定位、蛋白质细胞位置与互作、代谢通路、信号传导通路等五个方面分类的基因的表达相关性,结果显示按照这些不同的方面分类的基因显著共表达,并且这种共表达现象往往受相关实验条件影响。为基因表达谱分析中广泛采用的假设“功能相关的基因表达相关”提供了进一步的实验证据。
- 王晨光郭政李霞余辉徐建震
- 关键词：基因芯片基因表达基因功能数据库
- 安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因功能类表达影响的初步研究被引量：12
- 2007年
- 目的研究安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因功能类表达的影响。方法分析抑郁症大鼠模型组和安佳欣胶囊组各8例样本的基因表达谱数据,筛选差异表达基因。利用基因功能分类体系Gene Ontology中的生物学过程子树和细胞组分子树,寻找和分析显著聚集差异表达基因的复合功能类,从分子水平和基因功能模块水平探索安佳欣胶囊对抑郁症模型大鼠基因表达谱的影响。结果筛选出330个差异表达基因,并进一步识别了8个差异表达基因功能模块,主要涉及糖代谢、蛋白转运、谷氨酰胺代谢、凋亡诱导和神经发生。通过文献证实进一步发现了差异功能模块中7个可能与抑郁症发病相关的基因(Pfkm、Gpx1、Stx1a、Ninj2、Plp、Evl、Nrn1)在两组动物中差异表达。结论安佳欣胶囊可能增加抑郁症模型大鼠的单胺递质合成和释放,改善神经保护和神经发生功能,这些改变可能与安佳欣胶囊的抗抑郁作用有关。
- 钟国才李强柯尊洪吕莹丽郝晓峰李崇前杨达王海敏王栋郭政
- 关键词：抑郁症基因表达谱GENEONTOLOGY基因功能
- 利用基因表达谱挖掘差异表达功能类的稳健性被引量：5
- 2006年
- Gene Ontology广泛地应用于基于基因芯片数据的差异表达功能类分析。基因芯片技术存在检测缺失与检测误差等问题。本文探讨上述这二个因素对利用基因表达谱挖掘Gene Ontology中差异表达功能类的影响。结果显示,差异表达功能类对于检测缺失与检测误差干扰等有一定的稳健性。
- 颜兴起郭政李霞王栋屠康
- 关键词：基因芯片稳健性ONTOLOGY
- 基于功能模块组织癌细胞系基因表达谱的关联规则被引量：2
- 2006年
- 目的提出一种在功能模块化水平上组织大量基因表达谱关联规则的新方法。方法以高频出现在关联规则后件中的基因为基础分类关联规则,再选择显著聚集前件基因的GO基因功能类作为功能模块关联规则的前件,获得功能模块表达关联规则。结果根据NC I60数据,发现了一些与癌症相关的基因及相应的基因功能模块表达关联规则。结论利用功能模块表达关联规则可以有效地挖掘疾病基因表达谱。
- 王晨光郭政李霞王健
- 关键词：基因芯片关联规则GENEONTOLOGY
- 结合基因功能分类体系筛选聚类特征基因被引量：6
- 2005年
- 使用两套基因表达谱数据,按各基因的表达值方差,选择表达变异基因对样本聚类,发现一般使用方差较大的前10%的基因作为特征基因,就可以较好地对疾病样本聚类。对不同的疾病,包含聚类信息的特征基因有不同的分布特点。在此基础上,结合基因功能分类体系(Gene Ontology,GO),进一步筛选聚类的特征基因。通过检验在Gene Ontology中的每个功能类中的表达变异基因是否非随机地聚集,寻找疾病相关功能类,再根据相关功能类中的表达变异基因进行聚类分析。实验结果显示:结合基因功能体系进一步筛选表达变异基因作为聚类特征基因,可以保持或提高聚类准确性,并使得聚类结果具有明确的生物学意义。另外,发现了一些可能和淋巴瘤和白血病相关的基因。
- 徐建震郭政李霞李永进刘帅屠康
- 关键词：基因表达谱聚类ONTOLOGY
