国家自然科学基金(20276026)
- 作品数：15 被引量：88H指数：6
- 相关作者：方柏山张光亚陈宏文胡宗定王蔚更多>>
- 相关机构：华侨大学天津大学浙江大学更多>>
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- 相关领域：生物学轻工技术与工程化学工程医药卫生更多>>
- 主成分分析的神经网络及其在木聚糖酶最适pH建模中的应用被引量：7
- 2005年
- 木聚糖酶结构与功能、性质的关系错综复杂,传统的回归分析往往不能满足要求。本文采用主成分分析法对样本数据集进行预处理,将得到的新样本数据集输入神经网络,籍助于均匀设计(UD),构建了木聚糖酶氨基酸组成和最适pH的模型。当学习速率为0.08、动态参数为0.7、Sigmoid参数为0.92,隐含层结点数为9时,模型的拟合残差为0.001 09,对pH值拟合的平均绝对百分比误差为3.29%,同时具有良好的预测效果,预测的平均绝对误差为0.59个pH单位。比文献报道的用逐步回归方法更好。
- 张光亚葛慧华方柏山
- 关键词：主成分分析BP神经网络木聚糖酶最适PH
- 宏基因组——生物催化剂的新来源被引量：8
- 2005年
- 生物催化剂是工业生物催化的重要组成部分,宏基因组是生物催化剂的新来源。该文介绍了从宏基因组中寻找生物催化剂的主要步骤,着重描述了DNA的分离和目标克隆的筛选这两个关键技术,并列举了利用宏基因组技术所获得的生物催化剂。
- 张光亚方柏山
- 关键词：宏基因组生物催化剂DNA分离
- 甘油脱水酶再激活酶的克隆表达及活性鉴定
- ＜正＞3-羟基丙醛（3-HPA）和1,3-丙二醇（1,3-PD）在化学工业中都是重要的化工原料。甘油脱水酶是甘油转化生成1,3-丙二醇代谢途径中的关键性限速酶,对3-HPA及1,3-PD的转化速率起至关重要的作用。甘油脱...
- 李雯君方柏山洪燕王晓霞林锦霞刘桂兰
- 文献传递
- 来源于克雷伯氏菌的1,3-丙二醇氧化还原酶的同源建模被引量：3
- 2006年
- 用Swiss-Model和Modeller对来源于Klebsiella pneumonide的1,3-丙二醇氧化还原酶(PDOR)进行三级结构建模,并对所得的6个目标模型进行评价和比较,从中选择最好的一个模型,预测了辅酶NADP+和Fe2+在PDOR结构空间的近似位置,并定位了与NADP+和Fe2+作用的相关残基。
- 张燎原曹阳夏启容洪燕方柏山
- 关键词：1,3-丙二醇氧化还原酶同源建模
- 系统生物学(Systems Biology)的几大重要问题被引量：3
- 2007年
- 近几年来,系统生物学从正式提出到受到普遍关注和研究,对生物学的研究发展起了革命性的变化。主要从系统生物学的发展及其内容进行分析,讨论了生物数据整合,模型建立和模拟分析等几点关键性的问题,并展望了系统生物学的研究。
- 陈铭
- 关键词：系统生物学生物信息学
- 嗜热和常温蛋白模式识别的研究被引量：3
- 2005年
- 采用主成分分析、偏最小二乘回归和BP神经网络三种方法对嗜热和常温蛋白进行模式识别。结果表明,三种方法对训练集拟合的平均正确率分别为92%、95%和98%,对测试集进行预测的平均正确率分别为60%、72.5%和72.5%,对嗜热蛋白预测正确率最高为75%,常温蛋白最高为85%。构建了数学模型并对其生物学意义进行了解释,建立了一种基于序列的识别嗜热和常温蛋白的新方法。
- 张光亚方柏山
- 关键词：模式识别主成分分析偏最小二乘回归BP神经网络
- 1,3-丙二醇氧化还原酶结构与功能关系的探讨被引量：1
- 2005年
- 用生物信息学方法对来源于klebsiella pneumonide的1,3-丙二醇氧化还原酶(即1,3-丙二醇氧化还原酶,PDOR)进行高级结构模建,并搜索其功能位点,以所得三维结构为对象,定位其铁信号结合位点、辅酶NADP大致位置以及可能的底物结合部位;在此基础上模拟PDOR活性部位,探讨该酶的构效关系。
- 林锦霞张光亚方柏山
- 关键词：1,3-丙二醇氧化还原酶同源模建活性部位
- 克雷伯杆菌生产1,3-丙二醇关键酶酶活分析方法研究被引量：5
- 2004年
- 有氧条件下,建立了克雷伯杆菌破碎方法及其生产1,3-丙二醇代谢途径中关键酶酶活测定方法。超声波细胞破碎优化条件为:超声频率30kHz,100%振幅,间歇频率0.6,超声时间12min。细胞抽提液中甘油脱氢酶、1,3-丙二醇氧化还原酶、甘油脱水酶酶活测定的最适pH分别为12、9.5和7.0,最适温度分别为45oC、45oC和37 。甘油脱氢酶、1,3-丙二醇氧化还原酶用初速度法测定。甘油脱水酶用终止法测定。
- 陈宏文王蔚方柏山胡宗定
- 关键词：克雷伯杆菌关键酶1,3-丙二醇脱水酶酶活测定
- 克雷伯杆菌甘油脱氢酶的分离纯化及性质被引量：13
- 2005年
- 在有氧条件下,利用Q Sepharose Fast Flow离子交换层析和Blue Sepharose CL 6B亲和层析提纯克雷伯杆菌胞内甘油脱氢酶.酶的纯化倍数和回收率分别为 32.61 倍和 5.83%.通过SDS PAGE电泳测得该酶亚基的相对分子质量约为 34 000.该酶最适表观反应温度和最适反应pH值分别为60 ℃和11.在30 ℃以下及pH值10~12时,该酶具有良好的稳定性.在45 ℃和pH值11条件下,该酶以甘油和NAD+为底物的米氏常数Km分别为 0.75 mmol/L和 0.12 mmol/L.甘油脱氢酶对甘油的生理反应活性最大,对其它醇类如 1,2 丙二醇、乙二醇也有氧化能力.NH4+和Na+对酶有显著激活作用.巯基保护剂可明显地提高酶的活力.
- 陈宏文吴雅红吴振华方柏山胡宗定
- 关键词：甘油脱氢酶克雷伯杆菌纯化
- 克雷伯杆菌生产1,3-丙二醇关键酶发酵条件研究被引量：25
- 2004年
- 研究了克雷伯杆菌生产1,3-丙二醇关键酶(甘油脱氢酶、1,3-丙二醇氧化还原酶、甘油脱水酶)的发酵条件。研究各种碳源、无机氮源、有机氮源及无机盐对产酶的影响,应用均匀设计、神经网络和遗传算法优化发酵培养基组成,结果为(gL-1):甘油30、KCl 1.6、NH4Cl 6.7、CaCl2 0.28、酵母浸膏2.8。在温度37 C、初始pH 7.0、摇床转速200rmin-1和接种量5%条件下,发酵24h,无细胞抽提液中甘油脱氢酶、1,3-丙二醇氧化还原酶和甘油脱水酶活力(U·mg-1)分别为9.16、18.72、0.48,发酵34h,发酵液中1,3-丙二醇(1,3-PD)最大浓度为7.96gL-1。代谢过程中关键酶酶活与1,3-PD峰值出现时间不一致,且提早于1,3-PD峰值的出现。此外,结果表明优化后的培养基去除了多种微量元素,克雷伯杆菌生产1,3-丙二醇关键酶可以在微氧条件下进行。
- 陈宏文王蔚方柏山胡宗定
- 关键词：1,3-丙二醇甘油脱氢酶1,3-丙二醇氧化还原酶甘油脱水酶发酵
