黑龙江省自然科学基金(F201237)
- 作品数：10 被引量：10H指数：1
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- 基于人类信号转导网络与Toll样受体信号通路挖掘心血管疾病风险基因被引量：1
- 2014年
- 目的挖掘潜在的心血管疾病风险基因，为疾病的预防、诊断和治疗提供一定的参考。方法根据人类信号转导网络、心血管疾病相关的Toll样受体信号通路以及相关的表达谱信息，以网络motif及其包含的基因为研究对象，采用基因芯片显著性分析、网络motif筛选以及基因功能富集分析等方法对候选基因进行分析。结果经分析得到21个潜在的心血管疾病风险基因，有12个为已知心血管疾病风险基因。结论对所发现的潜在心血管疾病风险基因进行研究，以阐明心血管疾病发病机制有重要的生物学意义。
- 侯敏徐松杜悠雯黄昊李琬陈丽娜
- 关键词：心血管疾病TOLL样受体信号转导网络
- 基于整合网络和联合策略预测心肌梗死的新致病基因被引量：1
- 2013年
- 目的:基于整合网络和联合策略预测心肌梗死的新致病基因。方法:从系统生物学的角度,提出基于蛋白质亚细胞定位信息,构建区域化的蛋白质互作的整合网络;通过疾病风险基因与已知致病基因的功能一致性程度和互作相关性的强度联合筛选的新策略,预测心肌梗死的新致病基因。结果:预测出10个心肌梗死的新致病基因(CCL19、CCL25、COMP、CCL11、CCL7、F2、KLKB1、HTR6、ADRB1、BDKRB2),其中8个基因(CCL19、CCL25、CCL11、CCL7、F2、KLKB1、ADRB1、BDKRB2)经文献证实与心肌梗死的发生发展有着密切的联系;另外2个基因(COMP、HTR6)尚需实验验证。结论:基于整合网络和联合策略预测出10个心肌梗死的新致病基因,此方法为探索复疾病的致病基因提供了新的思路,有助于阐明复杂疾病的致病机理。
- 吕亚娜陈丽娜徐晋李琬苗正强曲晓莉张思雅李为国贾婿冯陈晨何月涵黄昊侯敏
- 关键词：心肌梗死蛋白质互作网络
- 整合冠心病风险SNPs功能及分子网络特征筛选疾病易感基因
- 2016年
- 目的:冠心病(Coronary Heart Disease,CHD)是一种由多因素(遗传因素、环境因素以及它们之间的相互作用)引起的复杂疾病。本文从遗传因素和分子互作模式识别新的冠心病易感基因。方法:结合冠心病群体遗传SNPs数据和PPI数据,通过群体遗传数据的风险评估、功能SNPs的判定和PPI网络基因的分类,以功能SNPs属性、网络拓扑属性和基因功能属性为特征,利用两步分类的方法筛选新的冠心病易感基因。结果:获得了69个新的冠心病易感基因,其中43个被文献证实与冠心病的发生发展密切相关,且识别的新的易感基因注释的KEGG通路中有很多是已知的易感基因所没有注释到的,如MAPK signaling pathway,Calcium signaling pathway,Focal adhesion和Chemokine signaling pathway等,其中Chemokine signaling pathway被证实是CHD发展的关键通路。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与冠心病相关的新的易感基因,可为冠心病的预防、诊断和治疗提供新的研究方向。
- 周艳艳朱莉娜谢瑞强姜晶陈彬彬史宇晨李琬何月涵黄昊李怡然陈丽娜
- 关键词：PPI网络易感基因
- 基于共表达网络研究巨噬细胞在动脉硬化中的作用
- 2015年
- 目的探讨巨噬细胞在动脉粥样硬化形成和发展中的作用机理。方法从GEO数据库中下载一组人类冠状动脉粥样硬化（AS）的单核细胞转录组基因表达谱数据。通过Bicor相关方法分别构建基于正常和疾病样本差异基因共表达网络，用ClusterOne挖掘疾病候选功能模块后进行富集分析，对模块之间重叠度及功能富集情况进行分析。结果在疾病和正常网络中分别得到3个功能相关模块，共富集到11个功能类，从正常到疾病状态中模块间基因存在差异，富集到的功能类也存在差异。结论不同模块中基因的突变、凋亡、磷酸化和去磷酸化等在巨噬细胞致AS过程中起着重要作用。
- 赵宏群张一骅李琬何月涵吕俊杰黄昊陈丽娜
- 关键词：动脉粥样硬化巨噬细胞
- 基于人类信号网络和表达谱数据挖掘动脉粥样硬化相关模块被引量：1
- 2015年
- 目的:动脉粥样硬化是一种高致死率的慢性炎症疾病,其发生和发展的机制尚不明确。本文基于人类信号网络和基因表达谱数据对动脉粥样硬化相关模块进行挖掘,以探究其在疾病发生发展中的作用机制。方法:结合人类信号网络和基因表达谱数据,设计显著差异模块筛选策略,通过功能分析,挖掘动脉粥样硬化相关模块,对动脉粥样硬化的致病机制进行研究。结果:基于网络模块的平均表达值改变量,采用两种随机方法,进行显著差异模块筛选,最终获得8个动脉粥样硬化相关的显著差异模块。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与动脉粥样硬化相关的模块,获得潜在的致病基因,并从外周血的基因表达改变来探究动脉粥样硬化致病机制,这对动脉粥样硬化的诊断、治疗以及发生发展机制的研究具有重要意义。
- 黄昊杜悠雯谢瑞强侯敏冯陈晨李琬陈丽娜
- 关键词：动脉粥样硬化基因表达谱
- 基于信号网络研究T细胞在动脉粥样硬化中的作用
- 2017年
- 目的探讨T细胞在动脉粥样硬化形成和发展中的作用机理。方法基于人类信号网络和动脉粥样硬化相关T细胞转录组表达谱数据，采用ClusterOne方法并通过随机差异显著性检验识别疾病相关候选模块，进一步通过功能富集分析筛选出动脉硬化显著相关风险模块。结果共识别出5个动脉粥样硬化显著相关风险模块和19个在模块中处于中心地位且具有功能一致性的潜在疾病基因。结论基于人类信号网络，采用疾病显著相关风险模块识别策略，不仅能识别出与疾病密切相关的风险模块和潜在致病基因，还为T细胞在致动脉粥样硬化的作用研究提供新的视角。
- 李连胜汪利宋朝娜邹宇情娄哲琪黄昊陈丽娜
- 关键词：动脉粥样硬化T细胞
- 基于人类信号网络和表达谱数据研究静脉血栓复发机制
- 2015年
- 目的:静脉血栓是一种高复发风险和高致死率的疾病,其形成和复发的分子机制尚不明确。基于人类信号网络和基因表达谱数据可针对静脉血栓经华法令抗凝治疗后的复发机制进行研究。方法:结合表达谱数据和人类信号网络,设计差异模块筛选策略,通过功能分析、差异表达分析和已知血栓相关基因及药物靶基因的互作关联研究,获得与静脉血栓复发相关的显著差异模块。结果:最终获得8个与静脉血栓复发密切相关的显著差异模块,评估了华法令治疗静脉血栓的效能,提出了联合用药的3种可能途径。结论:应用本文提出的整合筛选策略,能识别与静脉血栓复发相关的模块,探究静脉血栓复发的分子机制和评估华法令的治疗效能。还提供了潜在的联合用药途径,这对治愈血栓、防治血栓复发及复发机制的研究具有重要意义。
- 张思雅周艳艳谢瑞强曲晓莉史宇晨吕亚娜贾婿冯陈晨李琬何月涵黄昊侯敏陈丽娜
- 关键词：静脉血栓华法令
- 基于SNP互作识别类风湿性关节炎的潜在致病基因被引量：5
- 2015年
- 目的探讨单核苷酸多态性(SNP)间的上位作用对类风湿性关节炎产生的影响。方法依据人类基因,复杂疾病相关信号通路,以及人类蛋白质互作网络识别3个不同层面互作的SNP对。采用Logistic回归模型来检测互作SNP与疾病的显著相关性。结果分析疾病相关SNP对,获得34个潜在的类风湿性关节炎疾病风险基因,其中5个为类风湿性关节炎已知疾病基因,16个已有文献证实为疾病风险基因。结论通过对SNP间上位效应的研究可获得类风湿性关节炎新的潜在疾病基因。
- 李怡然周艳艳黄昊侯敏朱莉娜李琬陈丽娜
- 关键词：类风湿性关节炎单核苷酸多态性全基因组关联研究
- 基于SNP互作识别潜在冠心病致病基因被引量：1
- 2016年
- 目的:基于全基因组关联分析(Genomewideassociationstudy,GWAS)数据与生物信息学方法,识别冠心病潜在致病基因。方法:利用生物信息学方法和GWAS数据,对单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphisms,SNP)进行疾病风险打分,依据特定距离阈值内的SNP-SNP互作关系,筛选出疾病相关SNP显著风险模块,识别潜在致病基因。结果:设定阈值20kb,经筛选获得279个SNP显著风险模块,映射到79个基因,文献验证率为71.01%。结论:基于SNP互作识别的潜在致病基因,能更加准确的分析冠心病的发生发展过程。
- 黄昊张一骅赵锡磊李怡然谢瑞强姜晶陈彬彬李琬吕俊杰何月涵陈丽娜
- 关键词：SNP冠心病
- 基于共表达网络挖掘肺癌相关模块被引量：1
- 2013年
- 目的:识别肺癌疾病相关功能模块,对了解肺癌疾病的发病机制至关重要。方法:本文提出一个挖掘疾病相关功能模块的整合方法。采用包括正常和肺癌样本的微阵列数据,首先,应用rank-based方法构建基因共表达网络;其次,通过Qcut挖掘基因共表达模块;然后基于肺癌差异表达基因及基因模块功能一致性的联合测度,最终筛选出疾病相关功能模块。结果:研究发现,我们的方法获得7个显著疾病相关功能模块,经文献证实都与肺癌的发生发展有着密切的联系。进一步分析发现不仅能获得与传统方法功能一致的模块,而且还发现了传统方法没有获得的病毒层面的两个模块(模块351和352)。结论:我们的方法能够有效地发现新的功能模块,为探索癌症致病机理提供新的视角及依据。
- 吕亚娜何月涵苗正强贾婿冯陈晨陈丽娜
- 关键词：基因表达肺癌
