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ITS序列在酵母批量分子鉴定中的适用性被引量：6: 2012年; 内部转录间隔区(internal transcribed spacer,ITS)序列是目前最常用的酵母分子鉴定标识之一。该文利用ITS序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心的623株酵母分离物进行了鉴定。实验结果显示:581株酵母分离物(93.3%)可通过ITS序列直接鉴定到种一级,40株分离物(6.4%)可鉴定至属一级,仅有2株酵母分离物无法通过ITS序列获得有效鉴定。上述结果表明,ITS序列在大多数酵母种属鉴定中具有很高的敏感性和特异性,可以作为第一分子标识用于大批量酵母分离物的分子鉴定。; 陈源源陈浩石贵阳王正祥; 关键词：酵母 ITS序列分子鉴定

GenBank数据库中微生物rDNA序列准确性研究被引量：4: 2012年; rDNA序列同源性分析是目前常用的一种微生物分子鉴定方法。在该方法中,待鉴定微生物的rDNA序列需要与GenBank数据库中的相关序列进行同源性比对,从而得出该菌株的具体种属。从GenBank数据库中收集了细菌16S rDNA序列、丝状真菌ITS序列以及酵母26S rDNA D1/D2区域序列共88条,通过BLAST比对和构建系统发育树的方法对所收集rDNA序列的准确性进行了验证。结果发现有17条序列(19.3%)的长度过短,无法提供足够的系统发育信息;5条序列(5.6%)存在错误命名或测序不准确问题;58条序列(65.9%)没有相关文章发表;62条序列(70.4%)无法获取对应的微生物保藏物。从而提示了GenBank数据库的有限参考价值,在微生物分子鉴定过程中需要对相关rDNA序列的准确性进行验证。; 陈源源沈微樊游石贵阳王正祥; 关键词：微生物鉴定 GENBANK数据库 RDNA序列

一种快速鉴定细菌的方法被引量：8: 2007年; 16S rDNA基因同源性分析是一种常用的细菌分子鉴定方法,16S rDNA基因的扩增需要细菌染色体DNA作为模板。传统的细菌染色体DNA提取方法费时费力,限制了细菌分子鉴定的规模化。文中建立了1种新的快速高效的细菌染色体DNA提取方法,整个提取过程仅耗时20min,从而使得细菌的快速鉴定成为可能。用该方法制备的染色体DNA无需任何处理即可作为模板用于PCR扩增细菌的16S rDNA基因,并获得了良好的扩增结果以及扩增产物的测序结果。; 陈源源牛丹丹王正祥; 关键词：细菌 DNA 扩增

16S rDNA序列在大批量细菌分离物分子鉴定中的应用研究被引量：3: 2013年; 利用16S rDNA序列同源性分析法对保藏于中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIMCU)的3 726株细菌分离物进行了分子鉴定。实验结果显示:其中3 073株细菌分离物可被成功鉴定至种一级水平,分属于210个种,45个属,占整个细菌分离物的82.5%;其余653株细菌分离物可鉴定到属一级,占整个细菌分离物的17.5%。研究中也发现,16S rDNA序列在芽孢杆菌属(Bacillus)和土芽孢杆菌属(Geobacillus)等少数菌属中的部分种间鉴定的敏感性不高。上述结果表明16S rDNA序列在大多数细菌种属鉴定中具有较高的特异性和敏感性,可以作为第一轮分子标识用于大批量细菌分离物的鉴定。; 陈源源沈微樊游陈献忠Suren Singh石贵阳王正祥; 关键词：RDNA序列

一株产紫杉醇的南方红豆杉内生真菌的分离及分类研究被引量：32: 2006年; 从生长在湖北的南方红豆杉树皮中韧皮部分离出一批内生真菌，从中获得一株能产紫杉醇的菌株TPF6。对其形态特征的研究以及生理生化特性的测定（bilog）结果表明，菌株TPF6与链格孢属有很大的相似性；与18SrDNA分析比对表明，菌株TPF6属于链格孢属，并与链格孢属其他种共享95％～99％的保守序列，其中与交链格孢（Alternaria alternata）18SrDNA的保守度高达99％；全细胞脂肪酸分析结果显示，18：2CIS9、12／18：0a为TPF6的主要脂肪酸组分，该菌株与链格孢属（Alternaria）相似度最高，SIM值为59．8％。根据分类学研究结果，菌株TPF6属于半知菌门链格孢属，定名为交链格孢（A．a／ternata）。应用高压液相色谱技术测定结果表明，菌株TPF6发酵液中紫杉醇含量为84．5μg／L。; 田仁鹏杨桥周国玲谈静泉张珞珍方呈祥; 关键词：紫杉醇脂肪酸分析

利用针对16S rDNA序列的限制性酶切分析鉴定栖热菌属被引量：2: 2009年; 目的:建立一套酶切体系,用于鉴定栖热菌。方法:收集和整理栖热菌属16S rDNA序列信息,利用限制性内切酶对信息进行位点分析。结果:建立了一套鉴定栖热菌的酶切体系,通过模拟电泳对该体系进行验证。结论:该系统可有效地对已经公开发表但未鉴定到种的栖热菌属菌株进行种间分类。; 王浩竹王正祥; 关键词：栖热菌属 RDNA 限制性酶切

两种分子标识在酵母分子鉴定中的比较被引量：2: 2011年; rDNA序列同源性分析是一种通用的酵母分子鉴定方法,26S rDNA D1/D2区域和rDNA内部转录间隔区(Internal Transcribed Spacer,ITS)是rDNA序列同源性分析中最为常用的两种分子标识。同时使用这两种分子标识对20株分离自水果表面的酵母菌株进行分子鉴定,结果显示19株酵母分离物的鉴定结果相一致,两种分子标识序列在认定酵母种内和种间关系时都拥有足够的差异,能将大部分酵母菌株直接鉴定到种一级水平。; 陈源源沈微石贵阳王正祥; 关键词：RDNA ITS序列

微生物资源库中产纤维素酶菌株的筛选及其酶学性质研究被引量：3: 2011年; 利用平板碘液染色法对中国高校工业微生物资源与信息中心(CICIM-CU)资源库中保藏的625株细菌和放线菌进行筛选,从中筛出112株具有纤维素酶产生能力的菌株,建立了一个产纤维素酶微生物资源库。对筛选得到的纤维素酶产生菌株进行16S rDNA鉴定后发现,其中的Streptomyces tanashiensis、Paenibacillus tundrae和Comamonas testosteroni等微生物产生的纤维素酶国内外未见文献报道。对Streptomyces tanashiensis CICIM B4515菌株产生的纤维素酶的酶学性质进行了初步研究,发现其最适反应温度为50℃,在60℃以下活性稳定;最适反应pH为6.0,在pH 5.0～7.0范围内酶活相对稳定。较好的温度耐受性和较宽的pH作用范围使得该菌株产生的纤维素酶具有一定的工业应用前景。; 陈源源沈微石贵阳王正祥; 关键词：纤维素酶酶学性质

一种酵母快速批量分子鉴定方法被引量：2: 2011年; 26S rDNA D1/D2区域序列同源性分析是一种常用的酵母分子鉴定方法。D1/D2区域序列的扩增需要酵母染色体DNA作为模板,目前常用的酵母染色体DNA提取方法繁琐耗时且难以进行批量操作,限制了酵母分子鉴定的规模化。研究中建立了一种快速高效的批量酵母染色体DNA提取方法,整个提取过程仅耗时20min,从而使得酵母大规模快速分子鉴定成为可能。用该方法制备的染色体DNA不需要任何后续处理即可作为模板用于扩增酵母的26S rDNA D1/D2区域序列,获得了良好的扩增结果以及扩增产物的测序结果。; 陈源源石贵阳王正祥; 关键词：酵母染色体DNA RDNA

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