广西青年科学基金(2012GXNSFBA053016)
- 作品数：4 被引量：5H指数：1
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- 犬乳腺癌预后分子标记的筛选
- 2014年
- 为了获得犬乳腺癌转移早期的分子标记,比较了27个淋巴结转移/不转移犬乳腺癌样本的基因芯片数据,获得了775个差异表达基因,并用Cox比例风险模型进行基因表达的单因素分析得到38个与生存显著相关的基因。在此基础上用惩罚Cox模型对样本进行生存预测,得到10个基因的分类器,可以比较准确预测样本的预后风险,准确率可达到92.3%。这些基因与雌激素代谢、细胞分化、转录等生物学过程相关,可能为犬乳腺癌预后分子标记和治疗靶标,这将给犬乳腺癌的临床诊断和治疗提供新的思路。
- 叶云钟英英张倩
- 关键词：淋巴结转移基因芯片
- 阿科特素体外处理乳腺癌细胞的基因表达通路分析被引量：1
- 2013年
- 近年来有研究表明黑升麻提取物阿科特素具有抗肿瘤活性,但其分子机制仍然不够清楚,研究用基因集富集分析的方法分析了20μg/mL和40μg/mL两种不同质量浓度的阿科特素处理乳腺癌细胞MDA-MB-453 6 h或24 h后的基因表达谱,获取处理后的乳腺癌细胞中的基因集富集情况.结果表明:处理6 h的乳腺癌细胞中没有获得有统计学意义的基因集,而在处理24 h的乳腺癌细胞中与细胞分裂、细胞周期等相关的生物学通路则表达下调,40μg/mL阿科特素处理还可以使得乳腺癌细胞中大分子降解相关通路表达上调.由于阿科特素可以促进细胞凋亡并抑制细胞周期,为其今后用于乳腺癌的预防和治疗的可能性提供了良好的理论依据.
- 叶云钟英英蒋东通
- 关键词：乳腺癌
- 乳腺癌外周血中分子检测标记的筛选被引量：1
- 2015年
- 目的对乳腺癌患者和健康者血液样本的基因表达谱进行分析,从中发现检测乳腺癌的分子标记。方法以公共数据库GEO中表达谱数据GSE11545作为训练集,利用BRB-Array Tools软件提取乳腺癌/正常血液样本的差异表达基因作为候选基因,选取两组间差异水平小于0.001的基因,通过复合变量预测、对角线线性判别分析、最邻近算法和支持向量机四种不同的方法对验证集GSE27562中的样本进行分类预测,留一法交叉验证计算错误分类率,ROC曲线评估预测结果。结果训练集中乳腺癌与正常血液样本的显著差异基因为61个,从中筛选出39个基因作为分类器,四种不同的方法对验证集进行的分类预测准确率都基本达到甚至超过80%,ROC曲线下面积达到0.925,表明分类预测效果良好。结论基因芯片分析可以筛选出外周血中乳腺癌的分子标记,有望为乳腺癌的早期临床检测提供一种新的方法。
- 叶云钟英英孙宇飞张倩
- 关键词：乳腺癌外周血基因表达谱
- 乳腺癌复发相关基因预测疾病的特异生存率研究被引量：3
- 2016年
- 目的复发是导致乳腺癌患者死亡的主要原因,通过研究与乳腺癌复发相关的分子标记有助于预测乳腺癌的预后。方法本研究采用BRB-ArrayTools分析了两组乳腺癌基因芯片(GSE1456和GSE2034),筛选与复发相关的差异基因,并用Cox比例风险模型进行基因表达的单因素分析得到与生存显著相关的基因,用于GSE1456中肿瘤特异生存率的预测,通过留一法交叉验证计算错误分类率,用受试者工作特征(ROC)曲线评估预测结果。结果用于预测的29个基因中,交叉验证准确率均超过96%,ROC曲线下面积为0.803,分类预测结果良好。通过基因功能注释,发现这些基因与细胞周期、细胞增殖、细胞运动与黏着及DNA修复等生物学功能相关,具有较强的肿瘤细胞特征。结论基因表达谱分析为研究乳腺癌的发病机制提供了新思路,也为转移性乳腺癌的分子诊断和个体化治疗奠定基础。
- 叶云黄临凌钟英英孙宇飞张倩
- 关键词：乳腺癌复发分子标记
