云南省应用基础研究基金(2013FZ136)
- 作品数：5 被引量：8H指数：2
- 相关作者：马绍辉邵聪文朱艳菊潘玥陈俊英更多>>
- 相关机构：中国医学科学院北京协和医学院更多>>
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- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 一株柯萨奇病毒A9分离株的VP1基因遗传特征分析被引量：3
- 2016年
- 目的 分析引起病毒性脑炎（viral encephalitis,VE）的一株柯萨奇病毒（Coxsackievirus,CV）A9分离株（CVA9）的VP1基因遗传特征。方法 采用KMB17细胞对VE患儿粪便标本进行病毒分离,利用RT-PCR法从分离的病毒中扩增VP1全基因,并测序,采用Mega 6.1和Geneious 5.6.5等软件分析其序列,并构建系统进化树。结果 从5份VE患儿粪便中分离到一株人CVA9,命名为A108/YN/CHN/2009,其全长VP1基因的核苷酸长度与其他CVA9一致,均为906 bp。与中国其他分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为88.4%～98.2%和96.4%～99.3%,而与国外分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.0%～96.0%和92.7%～99.0%。在进化树上与其他中国分离株属同一分支中不同两个亚分支,与JB141230009亲缘关系较近。结论 A108/YN/CHN/2009分离株为肠道病毒CVA9血清型,与其他中国分离株同属一个基因簇。
- 王晓辉张海浩俞泽煦杨舜乔朱艳菊白巍邵聪文马绍辉
- 关键词：VP1基因
- 一株引起病毒性脑炎的埃可病毒30型分离株的VP1基因序列特征分析被引量：2
- 2014年
- 目的分析2009年昆明市病毒性脑炎患儿粪便中分离获得的埃可病毒30型（Echovirus30,Echo30）分离株A363/KM/2009全长VP1基因序列特征。方法从疑似病毒性脑膜炎患儿粪便样本中分离Echo30,提取病毒RNA,采用RT-PCR法扩增病毒VP1基因,并进行测序。采用NCBI BLAST软件对所测定的序列进行数据库比对;采用Geneious软件对Echo30分离株全长VP1基因的核苷酸及氨基酸同源性进行分析;采用Mega 5.1软件对A363/KM/2009分离株进行VP1基因分析,并与20个参考株的VP1序列进行比较。结果分离株为A363/KM/2009,其VP1基因的核苷酸长度与其他Echo30一致,均为867 bp;与其他Echo30分离株核苷酸同源性在76.9%-95.7%之间,氨基酸同源性在88.7%-99.7%之间;与中国株的核苷酸和氨基酸的同源性分别为84.5%-95.7%和96.9%-99.7%,其中与中国浙江分离株Echo30/zhejiang/10/4的同源性最高,为95.7%;与广西分离株GX10/15的同源性最低,为84.5%。氨基酸序列分析显示,与其他中国株包括脑脊液分离株相比,未见特异的突变位点;与国外分离株的核苷酸和氨基酸同源性分别为76.9%-86.3%和88.7%-97.3%;基因进化树分析显示,与其他中国株分属不同的两个分支,而与Echo30/zhejiang/10/4和Echo30/zhejiang/4/04（CSF）株亲缘关系较近。结论 A363/KM/2009分离株为肠道病毒Echo30,属于中国两个分支中的一支。
- 陈俊英潘玥吉玛张云昆朱云朱艳菊邵聪文马绍辉
- 关键词：病毒性脑炎埃可病毒30型VP1基因
- 一株柯萨奇病毒B2分离株的VP1基因序列特征分析被引量：1
- 2015年
- 目的分析一株柯萨奇病毒（Coxsackievirus,CV）B2分离株（CVB2）全VP1基因序列特征。方法用RD细胞对10份HFMD疑似患儿的粪便标本进行病毒分离,利用RT-PCR法从分离的病毒中扩增VP1基因,并测序,采用NCBI BLAST、Mega 6.1和Geneious等软件进行序列分析,并构建系统进化树。结果从10份HFMD疑似患儿粪便中分离到一株CVB2,命名为509/YN/CHN/2010,其全长VP1基因的核苷酸长度与其他CVB2一致,均为846 bp。与中国其他分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.0%～95.3%和97.9%～98.9%,而与国外分离株的核苷酸和氨基酸序列同源性分别为81.1%～87.8%和97.9%～98.6%。在进化树上与其他中国分离株分属不同的两个分支,而与M10MG17亲缘关系较近。结论 509/YN/CHN/2010分离株为肠道病毒CVB2,为两个中国分支中的一支。
- 苏婷朱艳菊闫姗姗陈俊英杨舜乔潘玥陈伟邵聪文马绍辉
- 关键词：VP1基因
- 2009年云南省 Echo30分离株 KM／A363／09全基因组序列分析被引量：1
- 2014年
- 目的：对2009年从中国云南省1名脑炎患儿粪便标本中分离到的Echo30云南分离株KM／A363／09进行全基因组测序和分析，了解该株病毒的遗传特性。方法设计针对Echo30引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．1软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7425 bp，编码2194个氨基酸。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Bastianni的同源性分别为81．2％和95．8％；与其他Echo30型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．2％～88．6％和95．8％～97．8％；进化分析发现KM／A363／09毒株属于中国Echo30分支中的一支。而且发现KM／A363／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论云南分离株KM／A363／09属于中国Echo30分支中的一支，而中国分离株已经发生一定的进化。
- 白巍陈俊英潘玥朱艳菊邵聪文刘建生马绍辉
- 关键词：ECHO30全基因序列ECHOVIRUS
- 2009年云南省柯萨奇病毒B3型分离株A103／KM／09全基因序列分析被引量：1
- 2013年
- 目的分析2009年云南省脑炎患儿粪便标本分离的柯萨奇病毒B3型分离株A103／KM／09全基因序列，了解其遗传特性。方法设计针对柯萨奇病毒B3型引物，提取病毒RNA、RT-PCR扩增和产物直接测序获得全基因组序列，利用Geneious和Mega5．05软件进行核苷酸、氨基酸序列比对及其系统进化分析，应用RDP3和SimPlot3．5．1重组软件对序列进行重组分析。结果该分离株全基因组核苷酸序列长度为7389bp。其核苷酸和氨基酸序列与其原型株Nancy的同源性分别为81．0％和95．7％；与其他柯萨奇病毒B3型毒株的各区段核苷酸和氨基酸同源性分别为81．0％～88．0％和95．7％～98．0％；进化分析发现CVB3可分为5个分支（I～V），核苷酸之间的差异为16．2％-24．3％；中国分离株属V分支，又可分为A～D亚分支，核苷酸之间的差异为4．3％～11．4％。并发现A103／KM／09株基因序列在非结构区可能存在重组事件。结论柯萨奇病毒B3型分为5个基因型，云南分离株A103／KM／09属于V—D亚型，而中国分离株已经发生一定进化。
- 杨卉娟刘建生张云昆马忠飞赵卫中潘玥陈俊英邵聪文马绍辉
- 关键词：全基因序列
