国家自然科学基金(31200240)
- 作品数：2 被引量：4H指数：1
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- 野生大豆抗胞囊线虫基因SHMT的序列多样性被引量：1
- 2014年
- 大豆丝氨酸羟基转移酶(serine hydroxymethyltransferase)基因(SHMT)是Rhg4位点的抗胞囊线虫基因。本研究根据基因序列设计PCR引物对92份野生大豆进行了扩增,并对扩增产物测序,研究了其遗传多样性及其与大豆对胞囊线虫抗性的关系,旨在为野生大豆资源的合理利用提供参考。在供试的92份野生大豆SHMT序列(2 430bp)中,共发现了13个SNP位点(7个转换,6个颠换)和4个Indel(均发生在非编码区),其中11个为简约信息位点;SHMT序列多样性为π=0.000 61和θ=0.001 06;多态性位点形成16个单倍型,其中9个单倍型的分布频率>2%,单倍型多样性为0.855;Tajima’s D、Fu and Li’s D和Z检验发现野生大豆SHMT不存在选择压力;卡方测验表明野生大豆SHMT与大豆对胞囊线虫的抗性没有直接关联;采用UPGMA法构建的SHMT分子进化树表明,供试92份野生大豆被聚类在6个类群,并表现出种质间的遗传关系与其生态区有一定的联系。
- 袁翠平赵洪锟王玉民刘晓冬齐广勋董英山
- 关键词：野生大豆大豆胞囊线虫
- 大豆胞囊线虫侵染下野生大豆根组织实时定量PCR分析中内参基因的筛选被引量：3
- 2018年
- 以高抗和高感HG 0大豆胞囊线虫的野生大豆种质为试验材料,采用q RT-PCR技术检测了ACT11(Glyma.18G290800)、Tubulin-motif(Glyma.19G194800)等24个候选持家基因在不同大豆胞囊线虫侵染时期(接种后9,15和20 d)野生大豆根系中的基因表达情况,除Actin(Glyma.08G182200)出现了非特异扩增外,其它23个持家基因的q RT-PCR扩增效果均理想,扩增特异性高。分析上述23个持家基因的表达丰度,并利用Best Keeper、ge Norm和Normfinder对其表达稳定性进行评价。结果表明:持家基因间的表达丰度不尽相同,而且有些持家基因在不同品种间或不同处理间(接种虫卵和接种水)也存在表达丰度的差异。23个持家基因的表达稳定性也不相同,综合来看,表达最不稳定的基因为Cons9(Glyma.10G152200)、Cons2(Glyma.17G138500)、Cons1(Glyma.15G270900)和Tubulin-motif(Glyma.20G136000),本试验条件下它们不适宜作内参基因;其余持家基因相对稳定,本试验条件下可选择Tubulinmotif(Glyma.15G132200),Cons6/SKIP16(Glyma.12G051100)或Tubulin-motif(Glyma.05G110200)作为内参基因,它们表达量较高,表达最为稳定,其Ct平均值分别为25.7、26.5和25.0,标准偏差分别为0.540、0.575和0.490,ge Norm软件评价其稳定性的M值分别为0.698、0.715和0.727。该研究为野生大豆抗胞囊线虫相关基因的表达分析提供了参考。
- 袁翠平齐广勋王玉民赵洪锟刘晓冬王英男李玉秋董英山
- 关键词：野生大豆内参基因实时定量PCR大豆胞囊线虫
