中央级公益性科研院所基本科研业务费专项(200810018)
- 作品数：5 被引量：14H指数：2
- 相关作者：郑清川张红星孙家锺张继龙楚慧郢更多>>
- 相关机构：吉林大学更多>>
- 发文基金：国家教育部博士点基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：理学医药卫生更多>>
- 人类胞外信号调节激酶1的同源模建及其抑制剂的对接与结构改造被引量：3
- 2010年
- 通过同源模建和分子动力学模拟构建了人类胞外信号调节激酶1(hERK1)的三维结构,并利用profile-3D和procheck方法评估了模型的合理性.对所得的结构使用分子对接程序Affinity和CDOCKER进行了两种抑制剂的对接.结果显示这两种抑制剂与酶的结合方式相似,它们均与残基K36,Q87之间存在氢键作用,二者取代基的不同导致了抑制能力的差别.基于对接结果分析,对已知抑制剂进行结构改造,得到了一个理论上结合能力更强的抑制剂.它在保持与K36和Q87之间氢键的同时,又与残基D93,K96,S135形成了四条氢键,显著提高了与酶的相互作用.对接相互作用能显著下降,MM-PBSA结合自由能降为负值,这些均体现了抑制能力的提高.本工作对于针对该酶的抑制剂设计和相关疾病的新药开发具有理论指导价值.
- 张继龙侯瑞哲李卓郑清川张红星
- 关键词：同源模建分子动力学对接抑制剂
- 基质金属蛋白酶的新型抑制剂效能的理论研究被引量：2
- 2009年
- 采用分子力学和分子动力学方法,考察了MMPs抑制剂、焦性没食子酸(Pyrogallic acid)和杨梅黄酮(Myricetin)与MMP-7的具体结合方式以及相互作用的情况.研究结果表明,在与MMP-7结合时,杨梅黄酮比焦性没食子酸具有更高的亲合性,因此杨梅黄酮对MMP-7有更好的效能,这与实验测得的活性顺序相符.另外,密度泛函理论的计算结果表明,此类抑制剂能够通过ZBG以单配位的形式与MMPs的Zn2+相互作用.理论计算的结果可能有助于抑制剂的设计及其效能的改善.
- 李岱霖郑清川张红星姬海涛杨金刚房学迅
- 关键词：基质金属蛋白酶分子对接密度泛函理论焦性没食子酸
- Exendin-4中13号残基的分子动力学模拟被引量：2
- 2009年
- Exendin-4作为胰腺GLP-1受体上的一种有效的激活剂,是一种含有39个氨基酸残基的多肽,其第13号氨基酸Gln突变为Tyr,使活性增强.应用分子动力学模拟方法,分别优化了突变前后,Exendin-4与蛋白的复合物结构,并对整体结构的性质、静电势、相互作用模式及能量进行了分析.阐明了Gln突变为Tyr的活性增强的内在原因,结果表明,突变的Exendin-4能够通过改变自身结构的局部柔性调整与蛋白受体相互作用,从而可以改善Exendin-4与其蛋白受体的结合能力.
- 王嵩赵熹郑清川黄旭日孙家锺
- 关键词：EXENDIN-4分子动力学模拟复合物静电作用
- 人类谷胱甘肽S-转移酶M1a-1a催化的亲核芳香取代反应的理论研究被引量：1
- 2009年
- 利用分子力学和量子力学方法研究人类谷胱甘肽S-转移酶M1a-1a催化谷胱甘肽对1-氯-2,4二硝基苯(CDNB)的亲核芳香取代反应的细节.所获得的反应路径显示反应仅经历一个过渡态且能垒很低.电荷布居分析证明电子从谷胱甘肽基团流向二硝基苯,验证了反应的发生.计算结果表明活性位点3个残基(Tyr6,His107和Tyr115)参与了催化反应,尤其是His107,它在反应后期通过与产物形成氢键从而加速了Cl的释放.结果支持了Patskovsky等人提出的机理,并有助于其他谷胱甘肽S-转移酶的研究.
- 张继龙郑清川张红星
- 关键词：过渡态
- 人类乙酰胆碱酯酶(ACHE)与抑制剂小分子的对接研究被引量：6
- 2009年
- 阿尔茨海默病(Alzheimer’s disease,AD)是一种中枢神经系统致死性神经原发性退行病变,是老年痴呆症中最常见的一种类型.乙酰胆碱酯酶抑制剂(AChEI)是目前治疗AD的主要药物.我们选择他克林、利伐斯的明、石杉碱甲、在研药物TV-3326、多奈哌齐和Anseculin,分别与AChE进行分子对接研究.结果表明:抑制剂与AChE结合能力的大小顺序为:他克林<利伐斯的明<石杉碱甲
- 郑清川楚慧郢牛瑞娟孙家锺
- 关键词：阿尔茨海默病乙酰胆碱酯酶抑制剂分子对接
