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国家自然科学基金(90612015)

作品数:9 被引量:47H指数:5
相关作者:郭力李晓霞徐筱杰袁小龙李旭东更多>>
相关机构:中国科学院过程工程研究所北京大学中国科学院研究生院更多>>
发文基金:国家自然科学基金陈可冀中西医结合发展基金国家重点基础研究发展计划更多>>
相关领域:理学自动化与计算机技术医药卫生更多>>

文献类型

  • 9篇期刊文章
  • 9篇会议论文

领域

  • 13篇理学
  • 3篇自动化与计算...
  • 2篇医药卫生

主题

  • 6篇数据库
  • 6篇化学数据库
  • 4篇数据提取
  • 4篇化学信息
  • 4篇分子
  • 3篇化学信息学
  • 3篇XML
  • 2篇虚拟研究环境
  • 2篇引擎
  • 2篇搜索
  • 2篇索引
  • 2篇开源
  • 2篇开源软件
  • 2篇基于XML
  • 2篇分子力学
  • 2篇REPOSI...
  • 2篇SS
  • 2篇STRUTS...
  • 2篇WEB
  • 2篇EXTJS

机构

  • 13篇中国科学院过...
  • 3篇北京大学
  • 3篇中国科学院
  • 2篇中国科学院研...
  • 1篇福建中医学院

作者

  • 13篇李晓霞
  • 13篇郭力
  • 11篇袁小龙
  • 4篇聂峰光
  • 4篇刘增才
  • 3篇夏诏杰
  • 3篇徐筱杰
  • 2篇李旭东
  • 2篇杨小震
  • 2篇卓流艺
  • 1篇唐武成
  • 1篇乔学斌
  • 1篇胡娟
  • 1篇孔滨
  • 1篇毛伟
  • 1篇黄钦

传媒

  • 3篇计算机与应用...
  • 2篇物理化学学报
  • 2篇Scienc...
  • 1篇高等学校化学...
  • 1篇化学进展
  • 1篇第九届全国计...
  • 1篇第十一届全国...

年份

  • 1篇2011
  • 1篇2010
  • 2篇2009
  • 11篇2008
  • 2篇2007
  • 1篇2006
9 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
XML技术在化学深层网数据提取中的应用被引量:10
2006年
Internet上的化学数据库是宝贵的化学信息资源,如何有效地利用这些数据是化学深层网所要解决的问题。本文总结了化学深层网的特点,基于XML技术实现从数据库检索返回的半结构化HTML页面中提取数据的目标,使之成为可供程序直接调用做进一步计算的数据。在数据提取过程中,先采用JTidy规范化HTML,得到格式上完整、内容无误的XHTML文档,利用包含着XPath路径语言的XSLT数据转换模板实现数据转换和提取。其中XPath表达式的优劣决定了XSLT数据转换模板能否长久有效地提取化学数据,文中着重介绍了如何编辑健壮的XPath表达式,强调了XPath表达式应利用内容和属性特征实现对源树中数据的定位,并尽可能地降低表达式之间的耦合度,前瞻性地预测化学站点可能出现的变化并在XSLT数据转换模板中采取相应的措施以提高表达式的长期有效性。为创建化学深层网数据提取的XSLT数据提取模板提供方法指导。
卓流艺李晓霞郭力
关键词:XMLXSLTXPATH化学数据库
Catalytic activity correlation of Ni(Ⅱ),Co(Ⅱ) and Pd(Ⅱ) complexes to metal atom net charge
2009年
The metal atom net charge correlation(MANCC) method was developed in prediction of catalyst activity of asymmetric late-transition metal complexes,2-quinoxalinyl-6-iminopyridine Ni(Ⅱ),2-imino-1,10-phenanthroline Co(Ⅱ) and 2-methoxycarbonyl-6-iminopyridine Pd(Ⅱ) complexes,from the net charge of the metal atom for ethylene polymerization.Dreiding force field was modified according to the X-ray diffraction data.We found that the asymmetric structure of the complexes resulted in a charge differ-ence between two halogen atoms coordinated to the metal atom.In order to remove such contribution we introduced the effective charge Qeff,which was obtained by the charge equilibration(QEq) approach.The results verified the successful introduction of Qeff and showed that the catalytic activities of different complexes are related to central metal atom effective charge.
HSU Shaw Ling
关键词:ASYMMETRICCHARGE
基于XML的化学深层网数据提取模板生成工具
分布在 Internet 上的化学数据库是宝贵的化学信息资源,化学深层网是这类数据库的集合,化学深层网检索的目标是利用一个查询,实现多个化学数据库数据的同时检索和数据集成。基于 XML 的化学深层网数据提取方法是通过构造...
卓流艺李晓霞袁小龙郭力
关键词:XML化学数据库
文献传递
基于XML的半结构化化学信息提取系统的重构与优化
ChemDB Portal 系统是基于 XML 技术面向多个远程化学数据库的半结构化数据采集引擎。该系统通过单一检索入口同对多个远程化学数据库发送针对不同数据库构造的查询请求,并将返回的包含半结构化数据的页面分别转化为结...
袁小龙刘增才李晓霞郭力
文献传递
利用ChemDB Portal检索化学深层网
<正>Internet的普及为专业人员获取数据信息、利用计算工具提供了统一的平台,检索网络化学信息资源的工具也从化学浅层网向化学深层网发展。中国科学院过程工程研究所高性能计算与
李晓霞袁小龙夏诏杰井银铃聂峰光唐武成郭力
关键词:化学数据库搜索引擎化学信息学
文献传递
用耗散粒子动力学方法研究高分子链取向对形变液滴回缩法测定界面张力值的影响
2008年
在利用形变液滴回缩法(DDRM)测量了分子共混体系界面张力的过程中,要求椭球液滴内高分子链应力松弛速度远快于椭球的回缩速度.我们建立高分子链取向模型,用耗散粒子动力学研究高分子链的取向及应力松弛对界面张力测量值的影响.结果表明,当高分子链沿着流场方向取向时,应力是否完全松弛对界面张力测量值的影响较大,当高分子链取向方向垂直于流场方向时,应力是否松弛对测量值影响较小.
毛伟孔滨杨小震
关键词:耗散粒子动力学
中药方剂血府逐瘀汤中分子在靶标-配体空间的分布被引量:17
2008年
研究了中药方剂血府逐瘀汤(XFZYD)中501个分子在心血管疾病重要的靶酶肾素(renin),血管紧张素转化酶I(angiotensin-converting enzyme I,ACE I),3-羟基-3-甲基戊二酰辅酶A还原酶(HMG-CoAR)和P-糖蛋白的靶标-配体空间分布.
李旭东黄钦徐筱杰
关键词:血府逐瘀汤药物化学
Molecular dynamics simulations of the hydration of poly(vinyl methyl ether):Hydrogen bonds and quasi-hydrogen bonds被引量:5
2008年
Atomistic detailed hydration structures of poly(vinyl methyl ether)(PVME) have been investigated by molecular dynamics simulations under 300 K at various concentrations. Both radial distribution functions and the distance distributions between donors and acceptors in hydrogen bonds show that the hydrogen bonds between the polymer and water are shorter by 0.005 nm than those between water molecules. The Quasi-hydrogen bonds take only 7.2% of the van der Waals interaction pairs. It was found the hydrogen bonds are not evenly distributed along the polymer chain,and there still exists a significant amount(10%) of ether oxygen atoms that are not hydrogen bonded to water at a concentration as low as 3.3%. This shows that in polymer solutions close contacts occur not only between polymer chains but also between chain segments within the polymer,which leads to inefficient contacts between ether oxygen atoms and water molecules. Variation of the quasi-hydrogen bonds with the concentration is similar to that of hydrogen bonds,but the ratio of the repeat units forming quasi-hydrogen bonds to those forming hydrogen bonds approaches 0.2. A transition was found in the demixing enthalpy at around 30% measured by dynamic testing differential scanning calorimetry(DTDSC) for aqueous solutions of a mono-dispersed low molecular weight PVME,which can be related to the transition of the fractions of hydrogen bonds and quasi-hydrogen bonds at ~27%. The transition of the fractions of hydrogen bonds and quasi-hydrogen bonds at ~27% can be used to explain the demixing enthalpy transition at 30% at a molecular scale. In addition,at the concentration of 86%,each ether oxygen atom bonded with water is assigned 1.56 water molecules on average,and 'free' water molecules emerge at the concentration of around 54%.
WU RongLiangJI QingKONG BinYANG XiaoZhen
关键词:BONDBOND
Internet推动的化学信息学重要进展被引量:4
2008年
Internet的普及为专业人员获取数据信息、利用计算工具提供了统一的平台,由此为化学信息学的发展带来了新的空间,推动了化学信息学以网络为基础,以化学相关的数据、信息及计算资源共享为目标的快速发展。本文将从不同侧面回顾近10年来化学信息学的重要进展,包括:(1)网络化学信息检索:索引对象从化学浅层网向化学深层网发展;检索工具从web化学信息资源导航向化学专业搜索引擎(包括文本信息和化合物标识信息)、及化学深层网检索引擎(化合物物性数据提取)发展;索引粒度从web站点向页面、乃至页面中的特定内容发展,一般页面特定内容的数据提取(即非结构化数据提取)是未来发展的方向。(2)可共享的化学数据库:从可免费访问和使用的化学数据库向数据库内容通过集成多来源数据(包括数据库拥有者主动收集、多来源数据主动提交达到共享的方式,repository)实现数据库内容免费下载和共享,以及不同数据库之间的相关内容实现无缝连接的方向发展(如NIH建成的药物小分子共享数据库PubChem)。(3)开源(open source)化学软件工具包:从化学结构基本处理模块如CDKJ、OELib向集成开发环境如化学信息学与生物信息学集成环境Bioclipse发展。(4)与化合物及其数据共享相关的推荐标准:包括用于共享数据交换的化学标记语言CMLI、UPAC推荐的学术论文相关热力学实验数据提交标准ThermoML及化合物结构唯一描述码InChI。(5)计算化学资源共享及基于网格的应用:从可执行程序的下载向在线计算、基于网格的应用发展。(6)eChemistry和虚拟研究环境:网络也成为化学相关日常的科学活动中不可缺少的平台。构建以网络为平台、支持开展科研活动的数字化基础设施和服务的eChemistry探索开始出现,根据需要自主集成多来源数据和计算资源,形成不同层次的支持协同工作的虚拟研�
李晓霞郭力袁小龙夏诏杰聂峰光
关键词:化学信息学SOURCEREPOSITORY虚拟研究环境
一种面向化学深层网的移动可变数据窗提取技术
网络上的免费化学数据库资源网站一般属于化学深层网范畴,其数据页面隐藏于以表单为特征的网站检索入口之后为动态生成或独立存在的网页。这些化学数据页面无法通过超链接分析被通用搜索引擎索引和检索,具有形式统一、数据规范的特点。为...
袁小龙李晓霞郭力
关键词:数据提取XML
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